Este es el comando gmx-sham que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
gmx-sham: calcula energías libres u otros histogramas a partir de histogramas
SINOPSIS
farsa gmx [-f [<.xvg>]] [-ge [<.xvg>]] [-ene [<.xvg>]] [-distrito [<.xvg>]]
[-histo [<.xvg>]] [-compartimiento [<.ndx>]] [-lp [<.xpm>]]
[-ls [<.xpm>]] [-lsh [<.xpm>]] [-lss [<.xpm>]]
[-ls3 [<.pdb>]] [-g [<.log>]] [-[ahora] [-xvg ]
[-[no hay tiempo] [-b ] [-e ] [-ttol ]
[-n ] [-[asentir] [- [no] farsa] [-tsham ]
[-pmín ] [-oscuro ] [-ngred ]
[-xmín ] [-xmax ] [-pmáx ]
[-gmax ] [-emin ] [-emax ]
[-niveles ]
DESCRIPCIÓN
GMX impostor realiza gráficas multidimensionales de energía libre, entalpía y entropía. GMX impostor lee
uno o mas .xvg archivos y analiza conjuntos de datos. El propósito básico de GMX impostor es trazar
Paisajes de energía libre de Gibbs (opción -ls) de Bolzmann invirtiendo multidimensional
histogramas (opción -lp), pero también puede generar entalpía (opción -lsh) y entropía (opción
-lss) parcelas. Los histogramas se pueden realizar para cualquier cantidad que suministre el usuario. Una línea en
el archivo de entrada puede comenzar con una hora (ver opción -hora) y cualquier número de y-los valores pueden
seguir. También se pueden leer varios conjuntos cuando están separados por & (opción -n), en esto
caso solo uno y-valor se lee de cada línea. Todas las líneas que comienzan con # y @ son
omitido.
Optión -ge se puede utilizar para suministrar energías libres a un archivo cuando el conjunto no es un
Conjunto de Boltzmann, pero necesita estar sesgado por esta energía libre. Un valor de energía libre es
requerido para cada punto de datos (multidimensional) en el -f entrada.
Optión -ene se puede utilizar para suministrar energía a un archivo. Estas energías se utilizan como
función de ponderación en el método de análisis de histograma único de Kumar et al. Cuando
se proporcionan las temperaturas (como una segunda columna en el archivo), una ponderación experimental
se aplica el esquema. Además, los valles se utilizan para hacer gráficos de entalpía y entropía.
Con la opción -oscuro, las dimensiones se pueden dar para distancias. Cuando una distancia es 2 o
Tridimensional, la circunferencia o superficie muestreada por dos partículas aumenta con
aumentando la distancia. Dependiendo de lo que le gustaría mostrar, se puede optar por corregir
el histograma y la energía libre para este efecto de volumen. La probabilidad está normalizada por r
y r ^ 2 para dimensiones de 2 y 3, respectivamente. Un valor de -1 se utiliza para indicar un
ángulo en grados entre dos vectores: se aplicará una normalización sin (ángulo). Note
que para ángulos entre vectores, el producto interno o coseno es la cantidad natural a
utilizar, ya que producirá contenedores del mismo volumen.
CAMPUS
Opciones para especificar archivos de entrada:
-f [<.xvg>] (gráfico.xvg)
archivo xvgr / xmgr
-ge [<.xvg>] (gibbs.xvg) (Opcional)
archivo xvgr / xmgr
-ene [<.xvg>] (esham.xvg) (Opcional)
archivo xvgr / xmgr
Opciones para especificar archivos de salida:
-distrito [<.xvg>] (ener.xvg) (Opcional)
archivo xvgr / xmgr
-histo [<.xvg>] (edist.xvg) (Opcional)
archivo xvgr / xmgr
-compartimiento [<.ndx>] (bindex.ndx) (Opcional)
Archivo de índice
-lp [<.xpm>] (problema.xpm) (Opcional)
Archivo de matriz compatible con X PixMap
-ls [<.xpm>] (gibbs.xpm) (Opcional)
Archivo de matriz compatible con X PixMap
-lsh [<.xpm>] (entalpía.xpm) (Opcional)
Archivo de matriz compatible con X PixMap
-lss [<.xpm>] (entropía.xpm) (Opcional)
Archivo de matriz compatible con X PixMap
-ls3 [<.pdb>] (gibbs3.pdb) (Opcional)
Archivo del banco de datos de proteínas
-g [<.log>] (shamlog.log) (Opcional)
Archivo de registro
Otras opciones
-[ahora (no)
Ver salida .xvg, .xpm, .eps y .pdb archivos
-xvg
formato de trazado xvg: xmgrace, xmgr, none
-[no hay tiempo (si)
Espere un tiempo en la entrada
-b (-1)
Primera vez para leer del set
-e (-1)
Última vez para leer del conjunto
-ttol (0)
Tolerancia a tiempo en unidades apropiadas (generalmente ps)
-n (1)
Lea este número de conjuntos separados por líneas que contienen solo un ampersand
-[asentir (no)
Usa la derivada
- [no] farsa (si)
Apague la ponderación de energía incluso si se dan energías
-tsham (298.15)
Temperatura para análisis de histograma único
-pmín (0)
Probabilidad mínima. Cualquier valor inferior a esto se establecerá en cero.
-oscuro (1 1 1)
Dimensiones para distancias, utilizadas para corrección de volumen (máx.3 valores, dimensiones> 3
obtendrá el mismo valor que el último)
-ngred (32 32 32).
Número de contenedores para paisajes energéticos (valores máximos de 3, las dimensiones> 3 obtendrán el
mismo valor que el último)
-xmín (0 0 0)
Mínimo para los ejes en el panorama energético (ver arriba para> 3 dimensiones)
-xmax (1 1 1)
Máximo para los ejes en el panorama energético (ver arriba para> 3 dimensiones)
-pmáx (0)
Máxima probabilidad en la salida, el valor predeterminado es calcular
-gmax (0)
Energía libre máxima en la salida, el valor predeterminado es calcular
-emin (0)
Entalpía mínima en la salida, el valor predeterminado es calcular
-emax (0)
Entalpía máxima en la salida, el valor predeterminado es calcular
-niveles (25)
Número de niveles para el panorama energético
Use gmx-sham en línea usando los servicios de onworks.net
