gmx-tune_pme: en línea en la nube

PROGRAMA:

NOMBRE

gmx-tune_pme: tiempo mdrun en función de los rangos de PME para optimizar la configuración

SINOPSIS

gmx tune_pme[-s [<.tpr>]] [-ipc [<.cpt>]] [-mesa [<.xvg>]]
[-tableta [<.xvg>]] [-mesa [<.xvg>]]
[-mesa [<.xvg>]] [-repetición [<.xtc / .trr / ...>]]
[-ei [<.edi>]] [-p [<.out>]] [-errar [<.log>]]
[-asi que [<.tpr>]] [-o [<.trr / .cpt / ...>]] [-x [<.xtc / .tng>]]
[-cpo [<.cpt>]] [-c [<.gro / .g96 / ...>]] [-e [<.edr>]]
[-g [<.log>]] [-dhdl [<.xvg>]] [-campo [<.xvg>]]
[-tpi [<.xvg>]] [-tpid [<.xvg>]] [-eo [<.xvg>]]
[-devoto [<.xvg>]] [-runav [<.xvg>]] [-px [<.xvg>]]
[-pf [<.xvg>]] [-ro [<.xvg>]] [-real academia de bellas artes [<.log>]]
[-rs [<.log>]] [-rt [<.log>]] [-mtx [<.mtx>]]
[-dn [<.ndx>]] [-intercambio [<.xvg>]] [-bo [<.trr / .cpt / ...>]]
[-bx [<.xtc>]] [-bcpo [<.cpt>]] [-antes de Cristo [<.gro / .g96 / ...>]]
[-ser [<.edr>]] [-bg [<.log>]] [-beo [<.xvg>]]
[-bdhdl [<.xvg>]] [-bcampo [<.xvg>]] [-btpi [<.xvg>]]
[-btpid [<.xvg>]] [-bdevoto [<.xvg>]] [-brunav [<.xvg>]]
[-bpx [<.xvg>]] [-bpf [<.xvg>]] [-hermano [<.xvg>]]
[-sostén [<.log>]] [-brs [<.log>]] [-brt [<.log>]]
[-bmtx [<.mtx>]] [-bdn [<.ndx>]] [-intercambio de bs [<.xvg>]]
[-xvg ] [-mdrun ] [-notario público ]
[-npcadena ] [-ntmpi ] [-r ]
[-máx ] [- mín. ] [-npme ] [-reparar ]
[-rmax ] [-rmin ] [- [no] scalevdw]
[-ntpr ] [-pasos ] [-restablecer paso ]
[-pasos ] [- [no] lanzamiento] [- [no] banco] [-[sin verificación]
[-gpu_id ] [- [no] adjuntar] [- [no] cpnum]
[-deffnm ]

DESCRIPCIÓN

Para un número dado -notario público or -ntmpi de rangos, GMX sintonizar_pme sistemáticamente veces GMX mdrun
con varios números de rangos de solo PME y determina qué configuración es la más rápida. Va a
También pruebe si el rendimiento se puede mejorar cambiando la carga de la recíproca a la
parte del espacio real de la suma de Ewald. Simplemente pase su .tpr presentar a la GMX sintonizar_pme juntos
con otras opciones para GMX mdrun según sea necesario.

GMX sintonizar_pme necesita llamar GMX mdrun y, por lo tanto, requiere que especifique cómo llamar a mdrun
con el argumento de la -mdrun parámetro. Dependiendo de cómo haya construido GROMACS, los valores
como 'gmx mdrun', 'gmx_d mdrun' o 'mdrun_mpi' podrían ser necesarios.

El programa que ejecuta programas MPI se puede configurar en la variable de entorno MPIRUN (valores predeterminados
a 'mpirun'). Tenga en cuenta que para ciertos marcos MPI, debe proporcionar una máquina o
hostfile. Esto también se puede pasar a través de la variable MPIRUN, p. Ej.

exportar MPIRUN = "/ usr / local / mpirun -archivo de máquina Hospedadores" Tenga en cuenta que en tales casos es
normalmente necesario para compilar y / o ejecutar GMX sintonizar_pme sin soporte MPI, para que pueda
llame al programa MPIRUN.

Antes de realizar las pruebas comparativas reales, GMX sintonizar_pme hará una comprobación rápida de si GMX
mdrun funciona como se esperaba con los ajustes paralelos proporcionados si el -cheque opción es
activado (el predeterminado). Por favor llama GMX sintonizar_pme con las opciones normales pasarías
a GMX mdrun y añade -notario público para el número de rangos en los que realizar las pruebas, o -ntmpi para
el número de subprocesos. También puede agregar -r repetir cada prueba varias veces para mejorar
estadísticas.

GMX sintonizar_pme puede probar varias cargas de trabajo de espacio real / espacio recíproco para usted. Con -ntpr
tu controlas cuantos extra .tpr Los archivos se escribirán con cortes ampliados y más pequeños.
Cuadrículas de Fourier respectivamente. Normalmente, la primera prueba (número 0) será con el
configuración de la entrada .tpr expediente; la última prueba (número ntpr) tendrá el Coulomb
corte especificado por -rmax con una rejilla PME algo más pequeña al mismo tiempo. En este ultimo
prueba, el espaciado de Fourier se multiplica por rmáx/ rcoulomb. El restante .tpr los archivos serán
tienen radios de Coulomb igualmente espaciados (y espaciamientos de Fourier) entre estos extremos. Nota: que
puedes configurar -ntpr a 1 si solo busca el número óptimo de rangos solo de PME; en ese caso
tu aportación .tpr El archivo permanecerá sin cambios.

Para las ejecuciones de referencia, el valor predeterminado de 1000 pasos de tiempo debería ser suficiente para la mayoría de los sistemas MD.
El equilibrio de carga dinámico necesita aproximadamente 100 pasos de tiempo para adaptarse a los desequilibrios de carga locales,
por lo tanto, los contadores de pasos de tiempo se restablecen por defecto después de 100 pasos. Para grandes sistemas
(> 1 M de átomos), así como para una mayor precisión de las mediciones, debe configurar
-restablecer paso a un valor más alto. De las entradas de desequilibrio de carga 'DD' en la salida md.log
archivo puede saber después de cuántos pasos la carga está suficientemente equilibrada. Ejemplo de llamada:

GMX sintonizar_pme -notario público 64 -s proteína.tpr -lanzamiento

Después de llamar GMX mdrun varias veces, la información detallada sobre el rendimiento está disponible en
el archivo de salida perf. de salida. Nota: que durante los benchmarks, un par de archivos temporales
están escritos (opciones -B*), estos se eliminarán automáticamente después de cada prueba.

Si desea que la simulación se inicie automáticamente con los parámetros optimizados, utilice
la opción de línea de comando -lanzamiento.

Soporte básico para GPU habilitado mdrun existe. Dar una cadena que contenga los ID de las GPU
que desea utilizar en la optimización en el -gpu_id argumento de la línea de comandos. diferente a
mdrun -gpu_id, esto no implica un mapeo, sino simplemente el conjunto elegible. g_tune_pme will
construir llamadas a mdrun que usen este conjunto de manera apropiada, asumiendo que PP se clasifica con bajo
Los índices deben mapearse en GPU con índices bajos y aumentar ambos de manera monótona a lo largo del
respectivos conjuntos.

OPCIONES

Opciones para especificar archivos de entrada:

-s [<.tpr>] (topol.tpr)
Archivo de entrada de ejecución xdr portátil

-ipc [<.cpt>] (estado.cpt) (Opcional)
Archivo de punto de control

-mesa [<.xvg>] (tabla.xvg) (Opcional)
archivo xvgr / xmgr

-tableta [<.xvg>] (tabletf.xvg) (Opcional)
archivo xvgr / xmgr

-mesa [<.xvg>] (tablap.xvg) (Opcional)
archivo xvgr / xmgr

-mesa [<.xvg>] (tabla.xvg) (Opcional)
archivo xvgr / xmgr

-repetición [<.xtc / .trr / ...>] (reejecutar.xtc) (Opcional)
Trayectoria: xtc trr CPT gro g96 pdb tng

-ei [<.edi>] (sam.edi) (Opcional)
Entrada de muestreo ED

Opciones para especificar archivos de salida:

-p [<.out>] (salida perf.)
Archivo de salida genérico

-errar [<.log>] (bencherr.log)
Archivo de registro

-asi que [<.tpr>] (sintonizado.tpr)
Archivo de entrada de ejecución xdr portátil

-o [<.trr / .cpt / ...>] (traj.trr)
Trayectoria de precisión total: trr CPT tng

-x [<.xtc / .tng>] (traj_comp.xtc) (Opcional)
Trayectoria comprimida (formato tng o formato xdr portátil)

-cpo [<.cpt>] (estado.cpt) (Opcional)
Archivo de punto de control

-c [<.gro / .g96 / ...>] (confout.gro)
Archivo de estructura: gro g96 pdb brk ent esp

-e [<.edr>] (ener.edr)
Archivo de energía

-g [<.log>] (md.log)
Archivo de registro

-dhdl [<.xvg>] (dhdl.xvg) (Opcional)
archivo xvgr / xmgr

-campo [<.xvg>] (campo.xvg) (Opcional)
archivo xvgr / xmgr

-tpi [<.xvg>] (tpi.xvg) (Opcional)
archivo xvgr / xmgr

-tpid [<.xvg>] (tpidist.xvg) (Opcional)
archivo xvgr / xmgr

-eo [<.xvg>] (edsam.xvg) (Opcional)
archivo xvgr / xmgr

-devoto [<.xvg>] (desviación.xvg) (Opcional)
archivo xvgr / xmgr

-runav [<.xvg>] (runaver.xvg) (Opcional)
archivo xvgr / xmgr

-px [<.xvg>] (pullx.xvg) (Opcional)
archivo xvgr / xmgr

-pf [<.xvg>] (pulf.xvg) (Opcional)
archivo xvgr / xmgr

-ro [<.xvg>] (rotación.xvg) (Opcional)
archivo xvgr / xmgr

-real academia de bellas artes [<.log>] (rotangles.log) (Opcional)
Archivo de registro

-rs [<.log>] (rotslabs.registro) (Opcional)
Archivo de registro

-rt [<.log>] (rottorque.log) (Opcional)
Archivo de registro

-mtx [<.mtx>] (nm.mtx) (Opcional)
matriz Hessiana

-dn [<.ndx>] (dipolo.ndx) (Opcional)
Archivo de índice

-intercambio [<.xvg>] (intercambios.xvg) (Opcional)
archivo xvgr / xmgr

-bo [<.trr / .cpt / ...>] (banco.trr)
Trayectoria de precisión total: trr CPT tng

-bx [<.xtc>] (banco.xtc)
Trayectoria comprimida (formato xdr portátil): xtc

-bcpo [<.cpt>] (banco.cpt)
Archivo de punto de control

-antes de Cristo [<.gro / .g96 / ...>] (banco.gro)
Archivo de estructura: gro g96 pdb brk ent esp

-ser [<.edr>] (banco.edr)
Archivo de energía

-bg [<.log>] (banco.log)
Archivo de registro

-beo [<.xvg>] (benchedo.xvg) (Opcional)
archivo xvgr / xmgr

-bdhdl [<.xvg>] (bancodhdl.xvg) (Opcional)
archivo xvgr / xmgr

-bcampo [<.xvg>] (benchfld.xvg) (Opcional)
archivo xvgr / xmgr

-btpi [<.xvg>] (benchtpi.xvg) (Opcional)
archivo xvgr / xmgr

-btpid [<.xvg>] (benchtpid.xvg) (Opcional)
archivo xvgr / xmgr

-bdevoto [<.xvg>] (benchdev.xvg) (Opcional)
archivo xvgr / xmgr

-brunav [<.xvg>] (benchrnav.xvg) (Opcional)
archivo xvgr / xmgr

-bpx [<.xvg>] (bancopx.xvg) (Opcional)
archivo xvgr / xmgr

-bpf [<.xvg>] (bancopf.xvg) (Opcional)
archivo xvgr / xmgr

-hermano [<.xvg>] (benchrot.xvg) (Opcional)
archivo xvgr / xmgr

-sostén [<.log>] (benchrota.log) (Opcional)
Archivo de registro

-brs [<.log>] (benchrots.log) (Opcional)
Archivo de registro

-brt [<.log>] (benchrott.log) (Opcional)
Archivo de registro

-bmtx [<.mtx>] (bancon.mtx) (Opcional)
matriz Hessiana

-bdn [<.ndx>] (banco.ndx) (Opcional)
Archivo de índice

-intercambio de bs [<.xvg>] (benchswp.xvg) (Opcional)
archivo xvgr / xmgr

Otras opciones

-xvg
formato de trazado xvg: xmgrace, xmgr, none

-mdrun
Línea de comando para ejecutar una simulación, por ejemplo, 'gmx mdrun' o 'mdrun_mpi'

-notario público (1)
Número de rangos para ejecutar las pruebas (debe ser> 2 para rangos de PME separados)

-npcadena (notario público)
Nombre del $ MPIRUN opción que especifica el número de rangos a usar ('np' o 'n';
use 'none' si no existe tal opción): np, n, none

-ntmpi (1)
Número de subprocesos MPI para ejecutar las pruebas (desactiva MPI y mpirun)

-r (2)
Repita cada prueba con esta frecuencia

-máx (0.5)
Fracción máxima de rangos de PME para probar

- mín. (0.25)
Fracción mínima de rangos de PME para probar

-npme (auto)
Dentro de -min y -max, compare todos los valores posibles para -npme, o simplemente una razonable
subconjunto. Auto ignora -min y -max y elige valores razonables alrededor de una suposición
para npme derivado de .tpr: auto, all, subconjunto

-reparar (-2)
Si> = -1, no varíe el número de rangos solo de PME, en su lugar use este valor fijo
y solo varían el rcoulomb y el espaciado de la cuadrícula PME.

-rmax (0)
Si> 0, rcoulomb máximo para -ntpr> 1 (el aumento de escala de rcoulomb da como resultado una cuadrícula de Fourier
reducción de escala)

-rmin (0)
Si> 0, rcoulomb mínimo para -ntpr> 1

- [no] scalevdw (si)
Escale rvdw junto con rcoulomb

-ntpr (0)
Número de .tpr archivos para comparar. Crea tantos archivos con diferentes rcoulomb
factores de escala que dependen de -rmin y -rmax. Si <1, elija automáticamente el
número de .tpr archivos para probar

-pasos (1000)
Tome los tiempos para esta cantidad de pasos en las ejecuciones comparativas

-restablecer paso (100)
Deje que dlb equilibre todos estos pasos antes de que se tomen los tiempos (restablezca los contadores de ciclo
después de tantos pasos)

-pasos (-1)
Si no es negativo, realice esta cantidad de pasos en la ejecución real (sobrescribe n pasos de
.tpr, Añade .cpt pasos)

- [no] lanzamiento (no)
Lanzar la simulación real después de la optimización

- [no] banco (si)
Ejecute los puntos de referencia o simplemente cree la entrada .tpr los archivos?

-[sin verificación (si)
Antes de que se ejecute el punto de referencia, verifique si mdrun funciona en paralelo

-gpu_id
Lista de ID-s de dispositivos GPU que son elegibles para su uso (a diferencia de mdrun, no implica ninguna
cartografía)

- [no] adjuntar (si)
Anexar a los archivos de salida anteriores al continuar desde el punto de control en lugar de agregar
el número de parte de la simulación para todos los nombres de archivo (solo para lanzamiento)

- [no] cpnum (no)
Mantener y numerar archivos de puntos de control (solo lanzamiento)

-deffnm
Establecer los nombres de archivo predeterminados (solo lanzamiento)

Use gmx-tune_pme en línea usando los servicios de onworks.net