gmx-wham: en línea en la nube

PROGRAMA:

NOMBRE

gmx-wham: realiza un análisis de histograma ponderado después del muestreo general

SINOPSIS

gmx ¡zas!-ix [<.dat>]] [-si [<.dat>]] [-eso [<.dat>]] [-ip [<.dat>]]
[-es [<.dat>]] [-iiact [<.dat>]] [-lengüeta [<.dat>]]
[-o [<.xvg>]] [-historia [<.xvg>]] [-oiacto [<.xvg>]]
[-bsres [<.xvg>]] [-bsprof [<.xvg>]] [-xvg ]
[- mín. ] [-máx ] [- [no] automático] [-cubos ]
[-temperatura ] [-tol ] [-[nov] [-b ]
[-e ] [-dt ] [- [no] solo] [- [no] límite solo]
[- [no] registro] [-unidad ] [-zprof0 ] [- [no] ciclo]
[- [no] sym] [- [no] ac] [-acsig ] [-ac-trestart ]
[-nBootstrap ] [-bs-método ] [-bs-tau ]
[-bs-semilla ] [-Histbs-block ] [- [no] vbs]

DESCRIPCIÓN

GMX wham es un programa de análisis que implementa el método de análisis de histograma ponderado
(WHAM). Está destinado a analizar archivos de salida generados por simulaciones de muestreo general.
para calcular un potencial de fuerza media (PMF).

GMX wham actualmente no está completamente actualizado. Solo admite configuraciones de extracción donde la primera
las coordenadas de extracción son coordenadas de extracción de paraguas y, si se necesitan varias coordenadas
ser analizados, todos utilizaron la misma geometría y dimensiones. En la mayoría de los casos, esta no es una
problema.

Actualmente, se admiten tres modos de entrada.

· Con opción -eso, el usuario proporciona un archivo que contiene los nombres de archivo del paraguas.
archivos de entrada de ejecución de simulación (.tpr archivos), Y, con la opción -ix, un archivo que contiene
nombres de archivo del pullx mdrun archivos de salida. los .tpr y los archivos pullx deben estar en
orden correspondiente, es decir, la primera .tpr creó el primer pullx, etc.

· Igual que el modo de entrada anterior, excepto que el usuario proporciona la salida de fuerza de tracción
nombres de archivopullf.xvg) con opción -si. De la fuerza de tracción la posición en el
se calcula el potencial general. Esto no funciona con potenciales paraguas tabulados.

· Con opción -ip, el usuario proporciona los nombres de los archivos .pdo (comprimidos con gzip), es decir, los GROMACS
3.3 archivos de salida de paraguas. Si tiene alguna coordenada de reacción inusual, también puede
generar sus propios archivos .pdo y alimentarlos con el -ip opción a GMX wham.
El encabezado del archivo .pdo debe ser similar al siguiente:

# PARAGUAS 3.0
# Selección de componentes: 0 0 1
# nSaltar 1
# Ref. Grupo 'TestAtom'
# Nr. de grupos de tracción 2
# Grupo 1 'GR1' Umb. Pos. 5.0 Umb. Contras. 1000.0
# Grupo 2 'GR2' Umb. Pos. 2.0 Umb. Contras. 500.0
#####

El número de grupos de tracción, posiciones de paraguas, constantes de fuerza y ​​nombres pueden (de
por supuesto) difieren. Después del encabezado, una columna de tiempo y una columna de datos para cada extracción
sigue el grupo (es decir, el desplazamiento con respecto al centro del paraguas). Hasta cuatro
Los grupos de extracción son posibles por archivo .pdo en la actualidad.

De forma predeterminada, todos los grupos de extracción que se encuentran en todos los archivos pullx / pullf se utilizan en WHAM. Si solo algunos
de los grupos de extracción se debe utilizar, un archivo de selección de grupo de extracción (opción -es) puede ser
previsto. El archivo de selección debe contener una línea para cada archivo tpr en tpr-files.dat.
Cada una de estas líneas debe contener un dígito (0 o 1) para cada grupo de extracción en el archivo tpr.
Aquí, 1 indica que el grupo de extracción se usa en WHAM y 0 significa que se omite. Ejemplo:
Si tiene tres archivos tpr, cada uno con 4 grupos de extracción, pero solo los grupos de extracción 1 y 2
debe usarse, groupsel.dat se ve así:

1 1 0 0
1 1 0 0
1 1 0 0

De forma predeterminada, los archivos de salida son

· -o Archivo de salida PMF

· -historia Archivo de salida de histogramas

Compruebe siempre si los histogramas se superponen lo suficiente.

Se supone que el potencial paraguas es armónico y las constantes de fuerza se leen de la
.tpr o archivos .pdo. Si se aplicó una fuerza de paraguas no armónica, un potencial tabulado puede
estar provisto de -lengüeta.

¡GUAU! opciones
· -cubos Número de contenedores utilizados en el análisis

· -temperatura Temperatura en las simulaciones

· -tol Detenga la iteración si el perfil (probabilidad) cambió menos que la tolerancia

· -carro Determinación automática de límites

· -mínimo máximo Límites del perfil

Los puntos de datos que se utilizan para calcular el perfil se pueden restringir con opciones -b,
-e y -dt. Ajustar -b para asegurar un equilibrio suficiente en cada ventana de paraguas.

Con -Iniciar sesión (predeterminado) el perfil se escribe en unidades de energía, de lo contrario (con -nolog) como
probabilidad. La unidad se puede especificar con -unidad. Con la producción de energía, la energía en el
El primer contenedor se define como cero. Si desea que la energía libre en una posición diferente
ser cero, establecer -zprof0 (útil con bootstrapping, ver más abajo).

Para coordenadas de reacciones cíclicas o periódicas (ángulo diedro, canal PMF sin osmotic
gradiente), la opción -ciclo es útil. GMX wham hará uso de la periodicidad de la
sistema y generar un PMF periódico. El primer y el último bin de la coordenada de reacción
Se supondrá que serán vecinos.

Opción -sim simetriza el perfil alrededor de z = 0 antes de la salida, lo que puede ser útil para,
por ejemplo, membranas.

Paralelización
Si está disponible, el número de subprocesos OpenMP utilizados por g_wham se controla con -Nuevo Testamento.

Autocorrelaciones
Con -C.A, GMX wham estima el tiempo de autocorrelación integrado (IACT) tau para cada
ventana de paraguas y pesa la ventana respectiva con 1 / [1 + 2 * tau / dt]. Los IACT son
escrito en el archivo definido con -oiacto. En modo detallado, todas las funciones de autocorrelación
(ACF) se escriben en hist_autocorr.xvg. Porque los IACT pueden subestimarse gravemente
en caso de muestreo limitado, opción -acsig permite suavizar los IACT a lo largo del
coordenada de reacción con un gaussiano (sigma provisto de -acsig, ver salida en iact.xvg).
Tenga en cuenta que los IACT se estiman mediante la integración simple de los ACF, mientras que los ACF son
mayor 0.05. Si prefiere calcular los IACT con un método más sofisticado (pero posiblemente
menos robusto) como el ajuste a un doble exponencial, puede calcular los IACT
con GMX analizar y proporcionárselos a GMX wham con el archivo iact-in.dat (opción -iiact),
que debe contener una línea por archivo de entrada (archivo .pdo o pullx / f) y una columna por
tire del grupo en el archivo respectivo.

Error de clientes
Los errores estadísticos se pueden estimar con análisis bootstrap. Úselo con cuidado, de lo contrario
el error estadístico puede subestimarse sustancialmente. Más antecedentes y ejemplos
para la técnica bootstrap se puede encontrar en Hub, de Groot y Van der Spoel, JCTC (2010)
6: 3713-3720. -nBootstrap define el número de bootstraps (use, por ejemplo, 100). Cuatro
Los métodos de arranque son compatibles y seleccionados con -bs-método.

· b-historia Predeterminado: los histogramas completos se consideran puntos de datos independientes y
bootstrap se lleva a cabo asignando pesos aleatorios a los histogramas ("Bayesian
bootstrap "). Tenga en cuenta que cada punto a lo largo de la coordenada de reacción debe estar cubierto por
múltiples histogramas independientes (por ejemplo, 10 histogramas); de lo contrario, el error estadístico es
subestimado

· hist Los histogramas completos se consideran puntos de datos independientes. Para cada
bootstrap, N histogramas se eligen al azar de los N histogramas dados (lo que permite
duplicación, es decir, muestreo con reemplazo). Para evitar lagunas sin datos a lo largo del
bloques de coordenadas de reacción de histogramas (-Histbs-block) puede definirse. En ese caso,
Los histogramas dados se dividen en bloques y solo se muestran los histogramas dentro de cada bloque.
mezclado. Tenga en cuenta que los histogramas dentro de cada bloque deben ser representativos de todos
posibles histogramas, de lo contrario se subestima el error estadístico.

· bandeja Los histogramas dados se utilizan para generar nuevas trayectorias aleatorias, de modo que el
los puntos de datos generados se distribuyen de acuerdo con los histogramas dados y
autocorrelacionado. Debe conocerse el tiempo de autocorrelación (ACT) para cada ventana, así que use -C.A
o proporcionar al ACT -iiact. Si el ACT de todas las ventanas es idéntico (y conocido),
también puede proporcionarles -bs-tau. Tenga en cuenta que este método puede subestimar gravemente
el error en caso de muestreo limitado, es decir, si los histogramas individuales no representan
el espacio de fase completo en las posiciones respectivas.

· traj-gauss Lo mismo que el método bandeja, pero las trayectorias no se arrancan de la
histogramas de paraguas pero de gaussianos con el promedio y el ancho del paraguas
histogramas. Ese método produce estimaciones de error similares al método bandeja.

Salida de bootstrapping:

· -bsres Perfil promedio y desviaciones estándar

· -bsprof Todos los perfiles de arranque

Con -vb (bootstrap detallado), se escriben los histogramas de cada bootstrap y, con
método bootstrap bandeja, las funciones de distribución acumulativa de los histogramas.

OPCIONES

Opciones para especificar archivos de entrada:

-ix [<.dat>] (archivos pullx.dat) (Opcional)
Archivo de datos genéricos

-si [<.dat>] (pulf-files.dat) (Opcional)
Archivo de datos genéricos

-eso [<.dat>] (archivos tpr.dat) (Opcional)
Archivo de datos genéricos

-ip [<.dat>] (archivos pdo.dat) (Opcional)
Archivo de datos genéricos

-es [<.dat>] (groupel.dat) (Opcional)
Archivo de datos genéricos

-iiact [<.dat>] (iact-in.dat) (Opcional)
Archivo de datos genéricos

-lengüeta [<.dat>] (umb-pot.dat) (Opcional)
Archivo de datos genéricos

Opciones para especificar archivos de salida:

-o [<.xvg>] (perfil.xvg)
archivo xvgr / xmgr

-historia [<.xvg>] (histo.xvg)
archivo xvgr / xmgr

-oiacto [<.xvg>] (iact.xvg) (Opcional)
archivo xvgr / xmgr

-bsres [<.xvg>] (resultadobs.xvg) (Opcional)
archivo xvgr / xmgr

-bsprof [<.xvg>] (bsProfs.xvg) (Opcional)
archivo xvgr / xmgr

Otras opciones

-xvg
formato de trazado xvg: xmgrace, xmgr, none

- mín. (0)
Coordenada mínima en el perfil

-máx (0)
Coordenada máxima en el perfil

- [no] automático (si)
Determine el mínimo y el máximo automáticamente

-cubos (200)
Número de contenedores en el perfil

-temperatura (298)
Temperatura

-tol (1e-06)
Tolerancia

-[nov (no)
Modo detallado

-b (50)
Primera vez para analizar (ps)

-e (1e + 20)
Última vez para analizar (ps)

-dt (0)
Analizar solo cada dt ps

- [no] solo (no)
Escribir histogramas y salir

- [no] límite solo (no)
Determine el mínimo y el máximo y salga (con -carro)

- [no] registro (si)
Calcule el registro del perfil antes de imprimir

-unidad (kJ)
Unidad de energía en caso de salida logarítmica: kJ, kCal, kT

-zprof0 (0)
Defina el perfil en 0.0 en esta posición (con -Iniciar sesión)

- [no] ciclo (no)
Cree un perfil cíclico / periódico. Supone que el mínimo y el máximo son el mismo punto.

- [no] sym (no)
Simetrizar el perfil alrededor de z = 0

- [no] ac (no)
Calcule los tiempos de autocorrelación integrados y utilícelos en wham

-acsig (0)
Tiempos de autocorrelación suaves a lo largo de la reacción coordinada con gaussiana de este sigma

-ac-trestart (1)
Al calcular las funciones de autocorrelación, reinicie el cálculo de cada .. (ps)

-nBootstrap (0)
nr de bootstraps para estimar la incertidumbre estadística (p. ej., 200)

-bs-método (b-historia)
Método de Bootstrap: b-hist, hist, traj, traj-gauss

-bs-tau (0)
Se supone el tiempo de autocorrelación (ACT) para todos los histogramas. Opción de uso -C.A si ACT es
desconocido.

-bs-semilla (-1)
Semilla para bootstrapping. (-1 = tiempo de uso)

-Histbs-block (8)
Al mezclar histogramas, mezcle solo dentro de bloques de -Histbs-block.

- [no] vbs (no)
Bootstrapping detallado. Imprima los CDF y un archivo de histograma para cada bootstrap.

Utilice gmx-wham en línea utilizando los servicios de onworks.net