Este es el comando go-show-path-to-rootp que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
go-show-paths-to-root.pl: muestra todas las rutas posibles desde un término hasta la parte superior
SINOPSIS
go-show-paths-to-root.pl -id GO: 0008021 ontology / gene_ontology.obo
go-show-paths-to-root.pl -names -id GO: 0008021 ontology / gene_ontology.obo
DESCRIPCIÓN
atraviesa DAG mostrando todos los caminos (términos y relaciones intermedias) a la raíz
Este script se basa exclusivamente en archivos; necesita analizar la ontología cada vez
Los análisis posteriores se pueden acelerar utilizando la opción use_cache
Si desea utilizar la base de datos GO MySQL, consulte el script go-db-show-paths-to-root.pl en el archivo go-
distribución db-perl
ARGUMENTOS
-e ARCHIVO DE ERRORES
escribe errores de análisis en XML: el valor predeterminado es STDERR (no debe haber errores de análisis en el pozo
archivos formados)
-p FORMATO
determina qué analizador utilizar; si no se especifica, hará una suposición basada en el archivo
sufijo. Vea a continuación los formatos
-use_cache
Si se especifica este modificador, se activa el modo de almacenamiento en caché.
Con el modo de almacenamiento en caché, la primera vez que analice un archivo, se mostrará un archivo adicional.
exportado en un formato especial que es rápido de analizar. Este archivo tendrá el mismo nombre de archivo
como el archivo original, excepto que tendrá el sufijo ".cache".
La próxima vez que analice el archivo, este programa comprobará automáticamente la existencia
del archivo ".cache". Si existe y es más reciente que el archivo que especificó, este
se analiza en su lugar. Si no existe, se reconstruye.
DOCUMENTACIÓN
<http://www.godatabase.org/dev>
Use go-show-path-to-rootp en línea usando los servicios de onworks.net
