go2pathlistp: en línea en la nube

PROGRAMA:

NOMBRE

go2fmt, go2obo_xml, go2owl, go2rdf_xml, go2obo_text - herramienta de conversión y sus envoltorios

SINOPSIS

go2fmt.pl -w obo_xml -e errlog.xml ontología / *. ontología
go2fmt.pl -w obo_xml -e errlog.xml ontology / gene_ontology.obo

DESCRIPCIÓN

analiza cualquier archivo de ontología de estilo GO / OBO y lo escribe en un formato diferente

ARGUMENTOS
-e ARCHIVO DE ERRORES

escribe errores de análisis en XML: el valor predeterminado es STDERR (no debe haber errores de análisis en el pozo
archivos formados)

-p FORMATO

determina qué analizador utilizar; si no se especifica, hará una suposición basada en el archivo
sufijo. Vea a continuación los formatos

-w | escritor FORMATO

formato para la salida - vea la lista a continuación

- | xslt XSLT

El nombre o el nombre de archivo de una transformación XSLT

Esto puede ser una ruta absoluta a un archivo en cualquier lugar del sistema de archivos, o simplemente
sea ​​el nombre del xslt; p.ej

go2fmt.pl -xslt oboxml_to_owl go.obo

Si se especifica el nombre, primero se buscará $ GO_ROOT / xml / xsl / *. Xsl; si
GO_ROOT no está configurado, entonces se buscará el directorio de módulos de perl donde está instalado GO (el
xslts se instalará aquí automáticamente si sigue el proceso de instalación normal)

-use_cache
Si se especifica este modificador, se activa el modo de almacenamiento en caché.

Con el modo de almacenamiento en caché, la primera vez que analice un archivo, se mostrará un archivo adicional.
exportado en un formato especial que es rápido de analizar. Este archivo tendrá el mismo nombre de archivo
como el archivo original, excepto que tendrá el sufijo ".cache".

La próxima vez que analice el archivo, este programa comprobará automáticamente la existencia
del archivo ".cache". Si existe y es más reciente que el archivo que especificó, este
se analiza en su lugar. Si no existe, se reconstruye.

Esto traerá una mejora de velocidad para b de los formatos de salida a continuación (como
lista de rutas). La mayoría de los formatos de salida funcionan con análisis basado en eventos, por lo que el almacenamiento en caché del objeto trae
ningún beneficio y, de hecho, será más lento que omitir el caché

FORMATOS
Los formatos de escritura son

ir_ont
Archivos con sufijo ".ontology"

Estos almacenan los DAG de ontología

go_def
Archivos con sufijo ".defs"

ir_xref
Referencias de bases de datos externas para términos de GO

Archivos con el sufijo "2go" (por ejemplo, ec2go, metacyc2go)

ir_asoc
Anotaciones de genes o productos genéticos que utilizan GO

Archivos con el prefijo "asociación de genes".

obo_texto
Archivos con sufijo ".obo"

Se trata de un nuevo formato de archivo que sustituye a los formatos de archivo planos GO existentes. Eso
maneja ontologías, definiciones y referencias externas (pero no asociaciones)

obo_xml
Archivos con sufijo ".obo.xml" o ".obo-xml"

Esta es la versión XML del formato de archivo plano OBO anterior

prólogo
Prolog hechos: necesitará un compilador / intérprete de prolog para usarlos. Usted puede
razonar estos hechos utilizando Obol o el próximo proyecto Bio-LP

tbl representación tabular simple (con pérdida)

resumen
se puede utilizar tanto en archivos de ontología como en archivos de asociación

lista de rutas
muestra todos los caminos a la raíz

búho formato OWL (predeterminado: OWL-DL)

OWL es un formato estándar de W3C para ontologías

Necesitará los archivos XSL de la distribución completa de go-dev para ejecutar esto; ver el XML
sección enhttp://www.godatabase.org/dev>

obj_yaml
una representación YAML de un objeto GO :: Model :: Graph

obj_almacenable
Un volcado del objeto perl GO :: Model :: Graph. Necesita Storable de CPAN para que esto
trabaja. Esto está destinado a almacenar en caché los objetos en el sistema de archivos, para un acceso rápido. los
La representación obj_storable puede no ser portátil

texto_html
Un formato de salida OBO con formato html

diosb_prestore
XML que se asigna directamente al esquema relacional GODB (luego se puede cargar usando
ciervo-storenode.pl)

chadodb_prestore
XML que se asigna directamente al esquema relacional de Chado (luego se puede cargar usando
ciervo-storenode.pl)

DOCUMENTACIÓN
<http://www.godatabase.org/dev>

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