gt-chain2dim: en línea en la nube

PROGRAMA:

NOMBRE

gt-chain2dim - Coincidencias por pares de cadenas.

SINOPSIS

gt cadena2dim [opciones] -m matchfile

DESCRIPCIÓN

-m [nombre de archivo]
Especifique el archivo que contiene la opción obligatoria de coincidencias (predeterminado: indefinido)

-global
realizar encadenamiento global

· El parámetro opcional gc activa los costos de brecha (según el modelo L1)

· Parámetro opcional ov significa que se permiten superposiciones entre coincidencias

· Parámetro opcional all significa que se procesan todas las cadenas óptimas

-local
realizar encadenamiento local computar cadenas locales (de acuerdo con el modelo L1).

· Si no se proporciona ningún parámetro, calcule las cadenas locales con puntaje máximo.

· Si se da un parámetro, este debe ser un número positivo seguido opcionalmente por el
carácter b o p.

· Si solo se da el número, digamos k, esta es la puntuación mínima de las cadenas
salida.

· Si un número es seguido por el carácter b, entonces imprima todas las cadenas con el mayor k
puntuaciones.

· Si un número es seguido por el carácter p, entonces imprima todas las cadenas con puntajes como máximo
k por ciento de la mejor puntuación.

-wf [valor]
especificar factor de peso> 0.0 para obtener la puntuación de un fragmento requiere una de las opciones
-local const -global gc -global ov (predeterminado: 1.000000)

-maxgap [valor]
especificar el ancho máximo del espacio en la cadena (predeterminado: 0)

-silencio [si | no]
no genera las cadenas, solo informa sus longitudes y puntuaciones (predeterminado: no)

-v [si | no]
ser detallado (predeterminado: no)

-ayuda
mostrar ayuda y salir

-versión
mostrar información de la versión y salir

PRESENTACIÓN DE INFORMES LOCO

Informar errores a[email protected]>.

Use gt-chain2dim en línea usando los servicios de onworks.net