Este es el comando gt-eval que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
gt-eval: compara archivos de anotaciones y muestra medidas de precisión (predicción frente a referencia).
SINOPSIS
gt eval archivo_de_referencia archivo_de_predicción
DESCRIPCIÓN
-nuc [si | no]
evaluar el nivel de nucleótidos (el consumo de memoria es proporcional al tamaño de los archivos de entrada)
(predeterminado: sí)
-litro [si | no]
evaluar una predicción de retrotransposón LTR en lugar de una predicción de genes (todos
Se considera que los elementos LTR_retrotransposon tienen una hebra indeterminada) (predeterminado:
No)
-ltrdelta [propuesta de]
establecer el delta permitido para que los bordes LTR se consideren iguales (predeterminado: 20)
-v [si | no]
ser detallado (predeterminado: no)
-o [nombre de archivo]
redirigir la salida al archivo especificado (predeterminado: indefinido)
-gzip [si | no]
escribir archivo de salida comprimido gzip (predeterminado: no)
-bzip2 [si | no]
escribir archivo de salida comprimido bzip2 (predeterminado: no)
-fuerza [si | no]
forzar la escritura en el archivo de salida (predeterminado: no)
-ayuda
mostrar ayuda y salir
-versión
mostrar información de la versión y salir
El programa muestra valores de sensibilidad y especificidad para ciertos tipos de características (p. Ej.,
gen, ARNm y exón). Para algunos tipos de características, el número de características incorrectas o faltantes
ese tipo también se muestra. Por lo tanto, "faltante" significa la cantidad de características de ese tipo de
la "referencia" sin superposición a una característica de ese tipo de la "predicción". Vicio
viceversa, "incorrecto" denota el número de características de ese tipo de la "predicción" sin
superposición a una característica de ese tipo de la "referencia".
PRESENTACIÓN DE INFORMES LOCO
Informar errores a[email protected]>.
Use gt-eval en línea usando los servicios de onworks.net
