Este es el comando gt-ltrharvest que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
gt-ltrharvest: predice los retrotransposones LTR.
SINOPSIS
gt ltrcosecha [opción ...] -index
DESCRIPCIÓN
-índice [cadena]
especificar el nombre del índice de matriz de sufijo mejorado (obligatorio) (predeterminado: indefinido)
-rango [comienzo final]
especificar el rango en las secuencias de entrada en las que se buscan los pares LTR (predeterminado:
[0..0])
-semilla [propuesta de]
especificar la longitud mínima de la semilla para repeticiones exactas (predeterminado: 30)
-minlenltr [propuesta de]
especificar la longitud mínima para cada LTR (predeterminado: 100)
-maxlenltr [propuesta de]
especificar la longitud máxima para cada LTR (predeterminado: 1000)
-mindistltr [propuesta de]
especificar la distancia mínima de las posiciones de inicio LTR (predeterminado: 1000)
-maxdistltr [propuesta de]
especificar la distancia máxima de las posiciones de inicio LTR (predeterminado: 15000)
-similar [propuesta de]
especificar el umbral de similitud en el rango [1..100%] (predeterminado: 85.000000)
-mentas [propuesta de]
especificar la longitud mínima para cada TSD (predeterminado: 4)
-maxtsd [propuesta de]
especificar la longitud máxima para cada TSD (predeterminado: 20)
-motivo [cadena]
especificar 2 nucleótidos startmotif + 2 nucleótidos endmotif: ** (predeterminado: indefinido)
-motivos [propuesta de]
especificar el número máximo de discrepancias en el motivo [0,3] (predeterminado: 4)
-vic [propuesta de]
especificar el número de nucleótidos (a la izquierda y a la derecha) que se buscarán
para TSD y / o motivos alrededor de los límites 5 'y 3' de los retrotransposones LTR predichos
(predeterminado: 60)
-superposiciones [...]
especificar no | mejor | todo (predeterminado: mejor)
-xdrop [propuesta de]
especificar xdropbelowscore para la alineación de la extensión (predeterminado: 5)
-estera [propuesta de]
especificar la puntuación de coincidencia para la alineación de la extensión (predeterminado: 2)
-mal [propuesta de]
especificar puntuación de falta de coincidencia para la alineación de la extensión (predeterminado: -2)
-En s [propuesta de]
especificar puntaje de inserción para alineación de extensión (predeterminado: -3)
-del [propuesta de]
especificar el puntaje de eliminación para la alineación de la extensión (predeterminado: -3)
-v [si | no]
modo detallado (predeterminado: no)
-sobre [si | no]
Mostrar los ancianos salida tabular en lugar de GFF3 en stdout (predeterminado: sí)
-seqids [si | no]
usar descripciones de secuencia en lugar de números de secuencia en la salida GFF3 (predeterminado: no)
-md5 [si | no]
agregar hash MD5 a seqids en la salida GFF3 (predeterminado: no)
-largo rendimiento [si | no]
motivo adicional / salida TSD (predeterminado: no)
-fuera [cadena]
especificar nombre de archivo de salida FASTA (predeterminado: indefinido)
-exterior [cadena]
especificar el nombre de archivo de salida FASTA para las regiones internas (predeterminado: indefinido)
-gff3 [cadena]
especificar nombre de archivo de salida GFF3 (predeterminado: indefinido)
-compensar [propuesta de]
desplazamiento agregado a las coordenadas GFF3 (predeterminado: 0)
-escanear [si | no]
escanee el índice secuencialmente en lugar de mapearlo en la memoria por completo (predeterminado: sí)
-ayuda
mostrar ayuda para opciones básicas y salir
-ayuda +
mostrar ayuda para todas las opciones y salir
-versión
mostrar información de la versión y salir
ADICIONAL INFORMACIÓN:
Para obtener información detallada, consulte el manual de ltrharvest.
PRESENTACIÓN DE INFORMES LOCO
Informar errores a[email protected]>.
Use gt-ltrharvest en línea usando los servicios de onworks.net
