Este es el comando gt-seqmutate que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
gt-seqmutate: mute las secuencias de los archivos de secuencia dados.
SINOPSIS
gt secmutar [opción ...] [archivo_secuencia ...]
DESCRIPCIÓN
-Velocidad [propuesta de]
establecer la tasa de mutación (predeterminado: 1)
-anchura [propuesta de]
establecer el ancho de salida para la impresión de secuencia FASTA (0 deshabilita el formateo) (predeterminado: 0)
-o [nombre de archivo]
redirigir la salida al archivo especificado (predeterminado: indefinido)
-gzip [si | no]
escribir archivo de salida comprimido gzip (predeterminado: no)
-bzip2 [si | no]
escribir archivo de salida comprimido bzip2 (predeterminado: no)
-fuerza [si | no]
forzar la escritura en el archivo de salida (predeterminado: no)
-ayuda
mostrar ayuda y salir
-versión
mostrar información de la versión y salir
Para cada posición en las secuencias dadas se determina aleatoriamente con probabilidad
(tasa de mutación / 100) si la posición dada está mutada. Si es así, en el 80% de los casos un
se realiza una sustitución, en un 10% una inserción y en un 10% una deleción, respectivamente. Para
eventos de sustitución e inserción, el nucleótido se genera aleatoriamente sin tener en cuenta
el nucleótido original. Es decir, son posibles las sustituciones. Este procedimiento es igual al
uno descrito en la página 1867 del siguiente documento:
TD Wu y CK Watanabe. GMAP: a genómico cartografía y alineación programa para ARNm y EST
secuencias Bioinformática, 21(9): 1859-1875, 2005.
PRESENTACIÓN DE INFORMES LOCO
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