Este es el comando gt-tirvish que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
gt-tirvish: identifica elementos terminales de repetición invertida (TIR), como los transposones de ADN.
SINOPSIS
gt tírvico [opción ...] -index INDEXNAME
DESCRIPCIÓN
-índice [cadena]
especificar el nombre del índice de matriz de sufijo mejorado (obligatorio) (predeterminado: indefinido)
-semilla [valor]
especificar la longitud mínima de la semilla para repeticiones exactas (predeterminado: 20)
-mintirlen [valor]
especificar la longitud mínima para cada TIR (predeterminado: 100)
-maxtirlen [valor]
especificar la longitud máxima para cada TIR (predeterminado: 1000)
-mintirdista [valor]
especificar la distancia mínima de TIR (predeterminado: 500)
-maxtirdista [valor]
especificar la distancia máxima de TIR (predeterminado: 10000)
-estera [valor]
especificar la puntuación de coincidencia para la alineación de la extensión (predeterminado: 2)
-mal [valor]
especificar puntuación de falta de coincidencia para la alineación de la extensión (predeterminado: -2)
-En s [valor]
especificar puntaje de inserción para alineación de extensión (predeterminado: -3)
-del [valor]
especificar el puntaje de eliminación para la alineación de la extensión (predeterminado: -3)
-xdrop [valor]
especificar xdropbelowscore para la alineación de la extensión (predeterminado: 5)
-similar [valor]
especificar el umbral de similitud TIR en el rango [1..100%] (predeterminado: 85.000000)
-superposiciones [...]
especificar no | mejor | más largo | todos (predeterminado: mejor)
-mentas [valor]
especificar la longitud mínima para cada TSD (predeterminado: 2)
-maxtsd [valor]
especificar la longitud máxima para cada TSD (predeterminado: 11)
-vic [valor]
especificar el número de nucleótidos (a la izquierda y a la derecha) que se buscarán
para TSD alrededor de los límites de 5 'y 3' de los TIR previstos (predeterminado: 60)
-hmmm
modelos de perfil HMM para detección de dominio (separados por espacios, terminar con -) en HMMER3
formato Omita esta opción para deshabilitar la búsqueda de pHMM.
-pdomevalcutoff [valor]
Valor de corte global para la búsqueda de pHMM predeterminado 1E-6
-pdomcorte [...]
corte de puntuación específico del modelo elegir entre TC (corte de confianza) | GA (corte de recolección) |
NINGUNO (sin cortes) (predeterminado: GA)
-maxgaplen [valor]
tamaño de espacio máximo permitido entre fragmentos (en aminoácidos) al encadenar golpes de pHMM
para un dominio de proteína (predeterminado: 50)
-refseqs [cadena]
especificar el nombre de las secuencias de genes para buscar candidatos internos (predeterminado:
indefinido)
-seqids [si | no]
usar descripciones de secuencia en lugar de números de secuencia en la salida GFF3 (predeterminado: sí)
-md5 [si | no]
agregar hash MD5 a seqids en la salida GFF3 (predeterminado: no)
-ayuda
mostrar ayuda para opciones básicas y salir
-ayuda +
mostrar ayuda para todas las opciones y salir
-versión
mostrar información de la versión y salir
PRESENTACIÓN DE INFORMES LOCO
Informar errores a[email protected]>.
Utilice gt-tirvish en línea utilizando los servicios de onworks.net
