Este es el comando gt-uniq que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
gt-uniq: filtra los gráficos de nodos de características repetidos en un archivo GFF3 ordenado.
SINOPSIS
gt uniq [opción ...] [GFF3_file]
DESCRIPCIÓN
-v [si | no]
ser detallado (predeterminado: no)
-o [nombre de archivo]
redirigir la salida al archivo especificado (predeterminado: indefinido)
-gzip [si | no]
escribir archivo de salida comprimido gzip (predeterminado: no)
-bzip2 [si | no]
escribir archivo de salida comprimido bzip2 (predeterminado: no)
-fuerza [si | no]
forzar la escritura en el archivo de salida (predeterminado: no)
-ayuda
mostrar ayuda y salir
-versión
mostrar información de la versión y salir
Un recorrido en profundidad de un gráfico de nodo de entidad comienza en el nodo de entidad de nivel superior (o
pseudo-nodo) y explora lo más lejos posible a lo largo de cada rama antes de retroceder. Vamos
Supongamos que los nodos de características se almacenan en una lista en el orden de su recorrido (llamado
la "lista de nodos de funciones").
Se considera que dos gráficos de nodos de características se repiten si su lista de nodos de características (de la
primer recorrido en profundidad) tienen la misma longitud y cada par de nodos de características (de ambas listas en
la misma posición) es "similar".
Dos nodos de características son "similares", si tienen el mismo ID de secuencia, tipo de característica, rango,
hebra y fase.
Para un gráfico de nodos de características tan repetido, el que tiene la puntuación más alta (del nivel superior
característica) se mantiene. Si solo uno de los gráficos de nodos de características tiene una puntuación definida, este es
conservó.
PRESENTACIÓN DE INFORMES LOCO
Informar errores a[email protected]>.
Use gt-uniq en línea usando los servicios de onworks.net
