Este es el comando GWAMA que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
GWAMA: metaanálisis de asociación de todo el genoma
SINOPSIS
GWAMA [opciones]
DESCRIPCIÓN
El software GWAMA (Genome-Wide Association Meta Analysis) realiza un metanálisis del
resultados de estudios GWA de fenotipos binarios o cuantitativos. Efecto fijo y aleatorio
Los metanálisis se realizan tanto para SNP directamente genotipados como imputados utilizando estimaciones
de la razón de posibilidades alélicas y el intervalo de confianza del 95% para rasgos binarios, y estimaciones de
el tamaño del efecto alélico y el error estándar para fenotipos cuantitativos. Se puede utilizar GWAMA
para analizar los resultados de todos los diferentes modelos genéticos (multiplicativo, aditivo,
dominante, recesivo). El software incorpora funciones de captura de errores para identificar
errores de alineación de cadena y cambio de alelos, y realiza pruebas de heterogeneidad de
efectos entre estudios.
CAMPUS
-i, --lista de archivos=nombre de archivo
Especifique los archivos de resultados de los estudios. Predeterminado = gwama.in
-o, --producción=raíz del archivo
Especifique la raíz del archivo para la salida del análisis. Predeterminado = gwama (gwama.out, gwama.gc.out)
-r, --aleatorio
Utilice la corrección de efectos aleatorios. Predeterminado = deshabilitado
-gc, - control_genómico
Utilice el control genómico para ajustar los archivos de resultados de los estudios. Predeterminado = deshabilitado
-gco, --salida_control_genómica
Utilice el control genómico en el resumen del metanálisis (es decir, los resultados del metanálisis son
corregido para gc). Predeterminado = deshabilitado
-qt, --cuantitativo
Seleccione la versión de rasgo cuantitativo (columnas BETA y SE). Predeterminado = rasgo binario
-m, --mapa=nombre de archivo
Seleccione el nombre del archivo para el mapa de marcadores.
-t, --umbral=0 - 1
El umbral del valor p para mostrar la dirección en direcciones de efecto resumidas. Predeterminado =
1
--no_alelos
No se ha proporcionado información sobre los alelos. Esperando siempre el mismo EA.
--indel_aleles
Los alelos labes pueden contener más de una letra. Sin cheques de hebra.
--sexo Realizar un análisis diferenciado por género y de heterogeneidad de género (método descrito en
paper Magi, Lindgren & Morris 2010). La información de género se debe proporcionar en el archivo de lista de archivos.
(la segunda columna después de los nombres de archivo es M o F).
--nombre_marcador
Encabezado alternativo al nombre del marcador col.
--nombre_hebra
Encabezado alternativo a la columna de cadena.
--nombre_n
Encabezado alternativo al tamaño de muestra col.
--nombre_ea
Encabezado alternativo a la columna del alelo del efecto.
--nombre_nea
Encabezado alternativo a la columna de alelos sin efecto.
--nombre_eaf
Encabezado alternativo para la columna de frecuencia de alelos del efecto.
--nombre_beta
Encabezado alternativo a la columna beta.
--nombre_se
Encabezado alternativo a std. errar. columna.
--nombre_o
Encabezado alternativo a la columna OR.
--nombre_o_95l
Encabezado alternativo a la columna OR 95L.
--nombre_o_95u
Encabezado alternativo a la columna OR 95U.
-h, --ayuda
Imprime esta ayuda.
-v, --versión
Imprime el número de versión de GWAMA. Esta página de manual debe ser insuficiente. Por favor use el
opción de ayuda para un recordatorio rápido de las opciones de gwama o vaya a su página de inicio
con la documentación en línea o el manual descargable.
Utilice GWAMA en línea utilizando los servicios de onworks.net
