h5math - Online en la nube

PROGRAMA:

NOMBRE

h5math: combina / crea archivos HDF5 con expresiones matemáticas

SINOPSIS

h5matemáticas [OPCIÓN] ... SALIDA-HDF5FILE [ENTRADA-HDF5FILES...]

DESCRIPCIÓN

h5math toma cualquier número de archivos HDF5 como entrada, junto con una expresión matemática, y
los combina para producir un nuevo archivo HDF5.

HDF5 es un formato binario portátil gratuito y una biblioteca de soporte desarrollada por National
Centro de Aplicaciones de Supercomputación de la Universidad de Illinois en Urbana-Champaign.
Un único h5 el archivo puede contener varios conjuntos de datos; por defecto, h5matemáticas crea un conjunto de datos
llamado "h5math", pero esto se puede cambiar a través de la -d opción, o usando la sintaxis
HDF5FILE: DATASET. -a La opción se puede usar para agregar nuevos conjuntos de datos a un HDF5 existente.
expediente. Se utiliza la misma sintaxis para especificar el conjunto de datos utilizado en los archivos de entrada; por
por defecto, se utiliza el primer conjunto de datos (alfabéticamente).

Un ejemplo simple del uso de h5math es:

h5math -e "d1 + 2 * d2" out.h5 foo.h5 bar.h5: blah

que produce un nuevo archivo, out.h5, agregando el primer conjunto de datos en foo.h5 con el doble de
conjunto de datos "bla" en bar.h5. En la expresión (especificada por -e), el primer conjunto de datos de entrada
(de izquierda a derecha) se denomina d1, el segundo como d2, Y así sucesivamente.

Además de los conjuntos de datos de entrada, también puede usar las coordenadas x / y / z de cada punto en el
expresión, referenciada por las variables "x" "y" y "z" (para las tres primeras dimensiones) como
así como una variable "t" que se refiere a la última dimensión. Por defecto, estos son números enteros
comenzando en 0 en la esquina del conjunto de datos, pero el -0 la opción cambiará el origen x / y / z
al centro del conjunto de datos (t no se ve afectado), y el -r res opción especificará el
"resolución", dividiendo las coordenadas x / y / z por res.

Todos los conjuntos de datos de entrada deben tener las mismas dimensiones, que también son las dimensiones de
La salida. Si no hay archivos de entrada y está definiendo la salida simplemente por un
fórmula matemática, puede especificar las dimensiones de la salida explícitamente a través de la -n
tamaño opción, donde tamaño es, por ejemplo, "2x2x2".

A veces, sin embargo, desea utilizar sólo un "segmento" de dimensiones más pequeñas de
datos dimensionales. Para hacer esto, especifique las coordenadas en una (o más) rebanada
dimensión (es), a través de la -xyzt .

CAMPUS

-h Muestra ayuda sobre las opciones y el uso de la línea de comandos.

-V Imprima el número de versión y la información de copyright de h5math.

-v Salida detallada.

-a Si el archivo de salida HDF5 ya existe, agregue los datos como un nuevo conjunto de datos en lugar de
que sobrescribir el archivo (el comportamiento predeterminado). Un conjunto de datos existente del mismo
Sin embargo, el nombre dentro del archivo se sobrescribe.

-e expresión
Especifique la expresión matemática que se utiliza para construir la salida (generalmente
entre "comillas para agrupar la expresión como un elemento en el shell), en términos de
variables para los conjuntos de datos de entrada y las coordenadas como se describe arriba.

Las expresiones usan una notación infija similar a C, con la mayoría de los operadores estándar y
se admiten funciones matemáticas (+, sin, etc.). Esta funcionalidad es
proporcionado (y sus características determinadas) por GNU libmatheval.

-f nombre de archivo
Nombre de un archivo de texto para leer la expresión, si no -e se especifica la expresión.
El valor predeterminado es stdin.

-x ix, -y iy, -z iz, -t it
Esto dice h5matemáticas para utilizar un segmento particular de un conjunto de datos multidimensional. p.ej
-x utiliza el subconjunto (con una dimensión menos) en un índice x de ix (donde los índices
correr de cero a uno menos que el índice máximo en esa dirección). Aquí, x / y / z
corresponden a la primera / segunda / tercera dimensión del conjunto de datos HDF5. los -t opción
especifica un sector en la última dimensión, cualquiera que sea. Ver también el -0
opción para cambiar el origen de las coordenadas del corte x / y / z al centro del conjunto de datos.

-0 Cambie el origen de las coordenadas del corte x / y / z al centro del conjunto de datos, de modo que, por ejemplo,
-0 -x 0 (o de forma más compacta -0x0) devuelve el plano x central del conjunto de datos en su lugar
del borde x plano. (-t las coordenadas no se ven afectadas.)

Esto también cambia el origen de las variables x / y / z en la expresión para que 0 sea
el centro del conjunto de datos.

-r res Usa una resolución res para x / y / z (pero no t) variables en la expresión, de modo que el
Las coordenadas de la "cuadrícula" de datos se dividen por res. El valor por defecto res es 1.

Por ejemplo, si la dimensión x tiene 21 pasos de cuadrícula, establecer un res de 20 significará
que x variables en la expresión van de 0.0 a 1.0 (o de -0.5 a 0.5 si -0 is
especificado), en lugar de 0 a 20.

-r no afecta las coordenadas utilizadas para los sectores, que siempre son números enteros.

-n tamaño
El conjunto de datos de salida debe tener el mismo tamaño que los conjuntos de datos de entrada. Si no hay
conjuntos de datos de entrada (si está definiendo la salida puramente mediante una fórmula), entonces debe
especifique el tamaño de salida manualmente con esta opción: tamaño tiene la forma MxNxLx ...
(siendo M, N, L números enteros) y puede ser de cualquier dimensionalidad.

-d nombre
Escribir en el conjunto de datos nombre en la salida; de lo contrario, el conjunto de datos de salida se llama "datos"
por defecto. También use conjunto de datos nombre en la entrada; de lo contrario, el primer conjunto de datos de entrada
(alfabéticamente) en un archivo. Alternativamente, use la sintaxis HDF5FILE: DATASET
(que anula el -d opción).

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