Este es el comando h5topng que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
h5topng: genera imágenes PNG a partir de secciones 2d de archivos HDF5
SINOPSIS
h5topng [OPCIÓN] ... [ARCHIVO HDF5] ...
DESCRIPCIÓN
h5topng es una utilidad para generar imágenes en formato PNG (Portable Network Graphics) desde
cortes bidimensionales de conjuntos de datos en archivos HDF5. Está diseñado para uso rápido y sucio.
visualización de datos científicos y procesamiento por lotes de los mismos mediante scripts de shell.
HDF5 es un formato binario portátil gratuito y una biblioteca de soporte desarrollada por National
Centro de Aplicaciones de Supercomputación de la Universidad de Illinois en Urbana-Champaign.
Un único h5 el archivo puede contener varios conjuntos de datos; por defecto, h5topng toma el primero
conjunto de datos, pero esto se puede cambiar a través del -d opción, o usando la sintaxis
HDF5FILE: DATASET.
Para un conjunto de datos de tres o cuatro dimensiones, debe especificar las coordenadas en uno o dos cortes
dimensiones, respectivamente, para obtener un corte bidimensional, a través de la -xyzt opciones. Aun mas
Las opciones controlan cosas como el mapa de colores y la ampliación. Aún así, el uso más básico
es algo así como ´h5topng foo.h5´, que generará un archivo foo.png que contiene una imagen
a partir de los datos bidimensionales de foo.h5.
OPCIONES
-h Muestra ayuda sobre las opciones y el uso de la línea de comandos.
-V Imprima el número de versión y la información de copyright de h5topng.
-v Salida detallada. Esta salida incluye los valores mínimos y máximos encontrados en
los datos, que es útil conocer para el -mm .
-o presentar
Enviar salida PNG a presentar en lugar del nombre del archivo con .h5 reemplazado por .png
(el valor por defecto).
-x ix, -y iy, -z iz, -t it
Esto dice h5topng para utilizar un segmento particular de un conjunto de datos multidimensional. p.ej
-x hace que se utilice un plano yz (de un conjunto de datos 3d), con un índice x de ix (donde el
los índices van de cero a uno menos que el índice máximo en esa dirección). Aquí,
x / y / z corresponden a la primera / segunda / tercera dimensión del conjunto de datos HDF5. los -t
La opción especifica un sector en la última dimensión, cualquiera que sea. Ver también
el -0 opción para cambiar el origen de las coordenadas del corte x / y / z al conjunto de datos
centrar.
En lugar de especificar un único índice como argumento para estas opciones, también puede
especificar un rango de índices en una notación similar a Matlab: comienzo:paso:final or comienzo:final
(paso por defecto es 1). Esto recorre ese índice de corte, desde comienzo a final en pasos
of paso, produciendo una secuencia de archivos PNG de salida (con el índice de sector adjunto a
el nombre del archivo, antes del ".png").
-0 Cambie el origen de las coordenadas del corte x / y / z al centro del conjunto de datos, de modo que, por ejemplo,
-0 -x 0 (o de forma más compacta -0x0) devuelve el plano x central del conjunto de datos en su lugar
del borde x plano. (-t las coordenadas no se ven afectadas.)
-X escalax, -Y escamoso, -S escala
Escale las dimensiones xey de la imagen por escalax y escamoso respectivamente. los
-S la opción escala tanto x como y. El valor predeterminado es usar factores de escala de 1.0; es decir
la imagen tiene las mismas dimensiones (en píxeles) que los datos. La interpolación lineal es
se utiliza para completar los píxeles cuando los factores de escala no son 1.0.
-s sesgar
Inclina la imagen por sesgar (en grados) hacia la izquierda o hacia la derecha. El resultado es un
paralelogramo, con el espacio sobrante en la imagen (cuadrada) lleno de
píxeles negros o blancos, según el mapa de colores.
-T Transponer los datos (intercambiar los ejes de la imagen). Por defecto, la primera (x)
la coordenada de los datos corresponde a las columnas, y la segunda coordenada (y)
corresponde a las filas; la transposición invierte esta convención.
-c mapa de colores
Usa un mapa de colores mapa de colores en lugar del predeterminado gris mapa de color (una rampa en escala de grises
de blanco a negro). mapa de colores es normalmente el nombre de uno de los mapas de color
proporcionado con h5topng (en el directorio / usr / share / h5utils / colormaps), o puede
en su lugar, sea el nombre de un archivo de mapa de colores.
Se incluyen tres útiles mapas de color calientes (negro-rojo-amarillo-blanco, útil para
datos de intensidad), azul rojo (azul-blanco-rojo, útil para datos firmados) y hsv (a
"arco iris" multicolor). Si usa el azul rojo mapa de color para datos firmados, puede
también quiero usar el -Z opción para que el centro de la escala de color (blanco)
corresponde a cero.
Un archivo de mapa de color es una secuencia de cuadruplicaciones RGBA separadas por espacios en blanco, donde
cada valor está en el rango de 0.0 a 1.0 e indica la fracción de
rojo / verde / azul / alfa. (Un alfa de 0 es transparente y de 1 es opaco; esto es
solo se usa para el -a opción, a continuación.) Los colores en el mapa de colores son linealmente
interpolado según sea necesario para proporcionar una rampa de color continua.
-r Invierta el orden del mapa de colores. También puede lograr esto poniendo un
"-" antes del nombre del mapa de colores en el -c or -a .
-Z Centre la escala de colores en el valor cero de los datos.
-m min, -M max
Normalmente, la parte inferior y superior del mapa de colores corresponden al mínimo y al máximo.
valores en los datos. Con estas opciones, puede hacer que la parte inferior y superior de la
el mapa de color corresponde a min y max en lugar de. Valores de datos por debajo o por encima de este rango
serán tratados como si fueran min or max respectivamente. Ver también el -Z y -R
.
-R Cuando se especifican varios archivos, establezca la parte inferior y superior de los mapas de color
según el mínimo y el máximo sobre todos los datos. Esto es útil para procesar
muchos archivos usando una escala de color consistente, ya que de lo contrario la escala está configurada para
cada archivo individualmente.
-C presentar, -b val
Superponer contornos de contorno del primer conjunto de datos en el presentar Archivo HDF5 en todos
las imágenes de salida. (Si el conjunto de datos de contorno no tiene las mismas dimensiones que
los datos de salida, es peridicamente "en mosaico" sobre la salida.) Puede utilizar el
sintaxis archivo: conjunto de datos para especificar un conjunto de datos particular dentro del archivo. El contorno
los contornos están alrededor de un valor de val (predeterminado en la mitad del rango de valores en presentar).
-A presentar, -a mapa de colores:opacidad
Superponga de forma translúcida los datos del primer conjunto de datos del presentar Archivo HDF5, que
debe tener las mismas dimensiones que el conjunto de datos de entrada, en todas las imágenes de salida,
usando el mapa de colores mapa de colores con opacidad (de 0 para completamente transparente a 1
para completamente opaco) opacidad multiplicado por los valores de opacidad (alfa) en el
mapa de colores. (Si el conjunto de datos de superposición no tiene las mismas dimensiones que la salida
datos, es peridicamente "en mosaico" sobre la salida.) Puede usar la sintaxis
archivo: conjunto de datos para especificar un conjunto de datos particular dentro del archivo.
Algunos mapas de colores predefinidos que funcionan particularmente bien para esta función son amarillo
(blanco transparente a amarillo opaco) gris (blanco transparente a negro opaco), yarg
(negro transparente a blanco opaco), claro (blanco transparente a verde opaco), y
azul rojo (azul opaco a blanco transparente a rojo opaco). Puede anteponer "-" a
el nombre del mapa de colores para invertir el orden del mapa de colores. (Ver también -c, sobre el
predeterminado para -a es amarillo: 0.3 (mapa de color amarillo multiplicado por 30% de opacidad).
-d nombre
Usar conjunto de datos nombre de los archivos de entrada; de lo contrario, el primer conjunto de datos de cada archivo
se utiliza. Alternativamente, use la sintaxis HDF5FILE: DATASET, que te permite
especificar un conjunto de datos diferente para cada archivo. Puedes usar el h5ls comando (incluido
con hdf5) para encontrar los nombres de los conjuntos de datos dentro de un archivo.
-8 Utilice color de 8 bits (indexado) para la salida PNG, en lugar de color de 24 bits (directo) (el
defecto). (Esto reduce ligeramente el tamaño de la imagen, con cierta degradación en
calidad.) No se admite junto con el -A (superposición translúcida) opción.
Use h5topng en línea usando los servicios de onworks.net
