Este es el comando hmm-assembler.pl que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
hmm-assembler.pl - Módulo SNAP hmm-assembler.pl
SINOPSIS
hmm-ensamblador.pl [-OPCIONES [-MAS OPCIONES]] [--] [PROGRAMA_ARG1 ...]
CAMPUS
El siguiendo un solo carácter opciones en aceptado:
Con argumentos: -i -e -A -D -M -S -C -I -N -a -3 -5 -Z -c
Booleano (sin argumentos): -r -o -x -p -t -1
Las opciones se pueden combinar. -- detiene el procesamiento de opciones. No se requiere espacio
entre las opciones y sus argumentos.
Opciones:
-i [500]
-e [1000]
-A [0:30]
-D [0:9]
-M [0:15]
-S [0:9]
-C [4]
-I [4]
-N [4]
-3 [] incluye el modelo 3'UTR, requiere -a
-a [] incluye el modelo PolyA, requiere -3
-5 [] incluyen 5'UTR moel, requiere -p
-p incluir un modelo de promotor genérico, requiere -5
-r incluir modelo de repetición genérico
-o incluye modelo ORF inverso
-x utilizar el modelo de intrón de duración explícita
-t incluyen el empalme trans de C.elegans, requiere -p, -5
-Z establece valores específicos de clado (gusano, mosca, planta)
-1 modelo de un solo gen
-c
incluir modelo donante de empalme GC-AG
Utilice hmm-assembler.pl en línea utilizando los servicios de onworks.net