Este es el comando hmmalign que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
hmmalign - alinea secuencias a un perfil HMM
SINOPSIS
hmmalinear [opciones]
DESCRIPCIÓN
Realice una alineación de secuencia múltiple de todas las secuencias en alineándolos
individualmente al perfil HMM en . La nueva alineación se envía a stdout in
Formato de Estocolmo.
La debe contener solo un perfil. Si contiene más, solo el primero
se utilizará el perfil en el archivo.
Ambos or (pero no ambos) puede ser '-' (guión), lo que significa leer esto
entrada de stdin en lugar de un archivo.
Las secuencias en están alineados en un modo de alineación local único. Por lo tanto ellos
ya debería saberse que contiene un solo dominio (o un fragmento de uno). los
la alineación óptima puede asignar algunos residuos como no homólogos (estados N y C), en los que
caso de que estos residuos todavía estén incluidos en la alineación resultante, pero empujados hacia el exterior
bordes. Para recortar estos residuos no homólogos no alineados del resultado, consulte la --podar
.
CAMPUS
-h Ayudar; imprima un breve recordatorio del uso de la línea de comandos y todas las opciones disponibles.
-o Dirija la alineación de salida al archivo , en lugar de salida estándar.
--mapalí
Fusionar la alineación existente en el archivo en el resultado, donde es exactamente el
misma alineación que se utilizó para construir el modelo en . Esto se hace usando un
mapa de columnas de alineación a posiciones de perfil de consenso que se almacena en el
. La alineación múltiple en será reproducido exactamente en su
columnas de consenso (según lo definido por el perfil), pero la alineación mostrada en
Las columnas de inserción se pueden alterar, porque las inserciones relativas a un perfil son
considerados por convención como datos no alineados.
--podar Recorte los residuos no homólogos (asignados a los estados N y C en las alineaciones óptimas)
de la salida de alineación múltiple resultante.
--aminado
Especifique que todas las secuencias en son proteínas. De forma predeterminada, el tipo de alfabeto es
autodetectado al observar la composición del residuo.
- adn Especifique que todas las secuencias en son ADN.
--rna Especifique que todas las secuencias en son ARN.
--informato
Declare que la entrada está en formato . Formatos de archivo de secuencia aceptados
incluyen FASTA, EMBL, GenBank, DDBJ, UniProt, Stockholm y SELEX. El valor predeterminado es
autodetecta el formato del archivo.
--formato
Especificar que la alineación múltiple de salida está en formato . Actualmente, el
Los formatos de archivo de secuencia de alineación múltiple aceptados solo incluyen Stockholm y SELEX.
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