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PROGRAMA:

NOMBRE

idba_hybrid: ensamblador gráfico iterativo de Bruijn para datos de secuenciación híbrida

SINOPSIS

idba_híbrido -r leer.fa -o salida_dir [--referencia ref.fa]

DESCRIPCIÓN

IDBA-Tran es un ensamblador iterativo de lectura corta De Bruijn Graph De Novo para transcriptoma.
Es un ensamblador puramente de novo basado únicamente en lecturas de secuenciación de ARN. IDBA-Tran utiliza local
ensamblaje para reconstruir k-mers faltantes en transcripciones de baja expresión y luego emplea
corte progresivo en contigs para separar el gráfico en componentes. Cada componente
corresponde a un gen en la mayoría de los casos y no contiene muchas transcripciones. Una heurística
A continuación, se utiliza un algoritmo basado en lecturas de pares para encontrar las isoformas.

CAMPUS

-o, --fuera arg (= fuera)
directorio de salida

-r, --leer arg
archivo de lectura rápida (<= 128)

--leer_nivel_2 arg
lecturas de extremo emparejado fasta para andamios de segundo nivel

--leer_nivel_3 arg
lecturas de extremo emparejado fasta para andamios de tercer nivel

--leer_nivel_4 arg
lecturas de extremo emparejado fasta para andamios de cuarto nivel

--leer_nivel_5 arg
lecturas de extremo emparejado fasta para andamios de quinto nivel

-l, --long_read arg
archivo de lectura larga fasta (> 128)

--referencia arg
genoma de referencia

--visón arg (= 20)
valor k mínimo (<= 124)

--maxk arg (= 100)
valor k máximo (<= 124)

--paso arg (= 20)
incremento de k-mer de cada iteración

--visón_interior arg (= 10)
valor k mínimo interno

--paso_interior arg (= 5)
incremento interno de k-mer

--prefijo arg (= 3)
longitud de prefijo utilizada para construir la tabla sub k-mer

--min_count arg (= 2)
multiplicidad mínima para filtrar k-mer al construir el gráfico

--min_soporte arg (= 1)
apoyo mínimo en cada iteración

--num_hilos arg (= 0)
Número de hilos

--seed_kmer arg (= 30)
tamaño de semilla kmer para alineación

--min_contig arg (= 200)
tamaño mínimo de contig

--min_región arg (= 500)
tamaño mínimo de la región en el genoma de referencia

--similar arg (= 0.95)
similitud para la alineación

--max_mismatch arg (= 3)
desajuste máximo de corrección de errores

--min_pares arg (= 3)
número mínimo de pares

--max_gap arg (= 50)
espacio máximo en referencia

--no_local
no utilice montaje local

--sin cobertura
no iterar en la cobertura

--no correcto
no hagas corrección

--pre_corrección
realizar una corrección previa antes del montaje

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