img2dcm - Online en la nube

PROGRAMA:

NOMBRE

img2dcm: convierta formatos de imagen estándar en formato DICOM

SINOPSIS

img2dcm [opciones] imgfile-in dcmfile-out

DESCRIPCIÓN

El img2dcm La herramienta sirve como herramienta de conversión de un formato de imagen estándar como JPEG o BMP.
a DICOM. Se pueden seleccionar diferentes clases SOP de salida. La información adicional
(con respecto a pacientes, series, etc.) almacenado en el archivo de salida DICOM se puede extraer de
otros archivos DICOM que sirven como "plantilla" para el objeto DICOM resultante. img2dcm podemos
También se puede configurar para inventar los atributos DICOM tipo 1 y tipo 2 que faltan para que funcionen incluso
sin ningún conjunto de datos de plantilla.

PARÁMETROS

archivo de imagen imgfile-in que se va a importar

archivo de salida DICOM dcmfile-out

CAMPUS

general opciones
-h --ayuda
imprima este texto de ayuda y salga

--versión
imprimir la información de la versión y salir

--argumentos
imprimir argumentos de línea de comando expandidos

-q - silencioso
modo silencioso, no imprime advertencias ni errores

-v --detallado
modo detallado, detalles de procesamiento de impresión

-d - depuración
modo de depuración, imprimir información de depuración

-ll --log-level [l] evel: constante de cadena
(fatal, error, advertencia, información, depuración, rastreo)
use el nivel l para el registrador

-lc --log-config [f] nombre de archivo: cadena
use el archivo de configuración f para el registrador

Las opciones de entrada opciones
general:

-i - formato de entrada [i] formato de archivo de entrada: cadena
formatos compatibles: JPEG (predeterminado), BMP

-df --dataset-from [f] ilename: cadena
utilizar el conjunto de datos del archivo DICOM f

-stf --study-from [f] ilename: cadena
leer paciente / estudio del archivo DICOM f

-sef --series-from [f] ilename: string
leer paciente / estudio / serie del archivo DICOM f

-ii --instancia-inc
aumentar el número de instancia leído del archivo DICOM

Formato JPEG:

-dp --disable-progr
deshabilitar el soporte para JPEG progresivo

-de --disable-ext
deshabilitar el soporte para JPEG secuencial extendido

-jf --insistir en jfif
insistir en la existencia del encabezado JFIF

-ka --mantener-aplicación
mantener las secciones de APPn (excepto JFIF)

tratamiento opciones
comprobación de atributos:

--hacer comprobaciones
habilitar la verificación de validez de atributo (predeterminado)

--no comprobaciones
deshabilitar la verificación de validez de atributo

+ i2 - tipo de inserción2
insertar atributos de tipo 2 que faltan (predeterminado)
(solo con --do-checks)

-i2 --sin-tipo2-insertar
no inserte los atributos de tipo 2 que faltan
(solo con --do-checks)

+ i1 - tipo de invento1
inventar atributos de tipo 1 faltantes
(solo con --do-checks)

-i1 --no-tipo1-inventar
no invente los atributos de tipo 1 que faltan
(solo con --do-checks)

conjunto de caracteres:

+ l1 --latino1
establecer latin-1 como juego de caracteres estándar (predeterminado)

-l1 --no-latin1
mantener ASCII de 7 bits como juego de caracteres estándar

otras opciones de procesamiento:

-k --key [k] ey: gggg, eeee = "str", ruta o nombre del diccionario = "str"
agregar más atributo

salida opciones
clase de SOP objetivo:

-sc --sec-capturar
escribir clase SOP de captura secundaria

-nsc --nuevo-sc
escribir nuevas clases SOP de captura secundaria

-vlp --vl-foto
escribir clase SOP fotográfica de luz visible (predeterminado)

formato de archivo de salida:

+ F --escribir-archivo
escribir formato de archivo (predeterminado)

-F --escribir-conjunto de datos
escribir conjunto de datos sin metainformación del archivo

codificación de longitud de grupo:

+ g = --group-length-recalc
recalcular las longitudes de los grupos si están presentes (predeterminado)

+ g --group-length-create
escribir siempre con elementos de longitud de grupo

-g --longitud-grupo-eliminar
escribir siempre sin elementos de longitud de grupo

codificación de longitud en secuencias y elementos:

+ e - longitud-explícita
escribir con longitudes explícitas (predeterminado)

-e - longitud-indefinida
escribir con longitudes indefinidas

relleno final del conjunto de datos (no con --write-dataset):

-p - acolchado
sin relleno (implícito si --write-dataset)

+ p --padding-create [f] ile-pad [i] tem-pad: integer
alinear archivo en múltiples de f bytes
y elementos en varios de i bytes

NOTAS

Atributo Fuentes
Para convertir un formato de imagen general en formato DICOM, el img2dcm la aplicación puede ser
alimentado con alguna entrada adicional para completar los atributos obligatorios (y opcionales) en el nuevo
Archivo DICOM como información de paciente, estudio y serie. Esta información se puede recopilar
utilizando diferentes enfoques, que se pueden combinar y se aplican al archivo de resultados en
el siguiente orden:

· Utilizando el --conjunto de datos de opción img2dcm se ve obligado a importar atributos de un
Archivo DICOM. El archivo DICOM dado se importa completamente y sirve como base para todos
nuevas operaciones de exportación. Como excepción, esta instancia no copia el UID de la instancia de SOP.
opción. También se intercambian datos relacionados con imágenes como Filas, Columnas, etc. durante la conversión.
Tenga en cuenta que img2dcm no comprueba la validez de ningún otro valor de atributo, por ejemplo, lo hace
No buscar en secuencias para adaptar ningún atributo al nuevo objeto (imágenes referenciadas
etc.). Por lo tanto, se recomienda utilizar las plantillas en el directorio de datos para (antiguo)
Objetos SC y VLP. Consulte también la sección 'Plantillas de entrada'.
· Los --estudio-de y --serie-de opciones (mutuamente excluyentes) se pueden utilizar para importar
información del paciente, el estudio y la serie de un archivo DICOM existente. Si --serie-de is
especificado, entonces el archivo DICOM dado es abierto por img2dcm y toda la información obligatoria
hasta el nivel de serie se importa. Tenga en cuenta que esto incluye paciente, estudio y serie.
información. En caso de --estudio-de, se excluye la información de la serie. La siguiente
los atributos se toman el control:
Nivel del paciente:
Nombre del paciente
ID del paciente
Sexo del paciente
Fecha de nacimiento del paciente
Conjunto de caracteres específico

Nivel de estudio:
UID de instancia de estudio
Fecha de estudio
Tiempo de estudio
Nombre del médico remitente
ID de estudio
Número de acceso

Nivel de serie (solo en caso de opción --series-from):
UID de instancia de serie
Número de serie
Fabricante
· Con el --insertar-tipo2 y --invento-tipo1 opciones (ambas habilitadas por defecto), faltan
atributos (atributos de tipo 2) y / o valores de atributos faltantes (para atributos de tipo 1)
son agregados e inventados automáticamente por img2dcm. Tenga en cuenta que estas opciones son solo
evaluado si la opción --hacer comprobaciones está habilitado (predeterminado). Si el --no comprobaciones opciones es
habilitado, no se realizará ninguna inserción automática de atributos.
· Los --llave La opción se puede utilizar para agregar más atributos al archivo de salida DICOM. Esta
La opción se aplica al final, justo antes de guardar el archivo DICOM. Tambien es
posible especificar secuencias, elementos y atributos anidados utilizando el --llave opción. En
En estos casos, se debe utilizar una notación de "ruta" especial. Los detalles de esta notación de ruta pueden
se puede encontrar en la documentación de dcmodificar.
UID
Se generan nuevos UID de instancia de estudio y serie if necesario después de aplicar el --estudio-
en y --serie opciones. Si el UID de instancia de estudio o el UID de instancia de serie no están presentes
después de estos pasos, se generan de nuevo, independientemente entre sí. Un contrario
Se elige el comportamiento para el UID de instancia de SOP que se podría esperar que se asumiera cuando
usando el --conjunto de datos de opción. Este es no En el caso, el UID de la instancia de SOP es no copiado
al nuevo objeto. Este debería ser el comportamiento deseable para la mayoría de los casos de uso. Sin embargo, si un
cierto UID de instancia de SOP debe insertarse en el nuevo objeto, el --llave la opción debería
ser usado.
Entrada Plantillas
Para apoyar la conversión a DICOM, img2dcm viene con algunas plantillas predefinidas
que se puede utilizar para el --conjunto de datos de opción (ver archivos de muestra volcado SC y volcado de VLP).
Estas plantillas deben llenarse con los valores deseados y luego deben desecharse
(convertido) a un archivo DICOM antes de ser utilizado con img2dcm. Utilizar basurero2dcm a
convierta el volcado a DICOM. Ejemplo:
dump2dcm SC.volcado SC.dcm

Es posible utilizar cualquier archivo DICOM como plantilla. Tenga en cuenta que el DICOM completo
se importa el conjunto de datos; por lo tanto, debe asegurarse de que solo estén presentes los atributos que
debe ser parte del objeto DICOM construido. El UID de clase SOP y los datos de píxeles
Los atributos (incluidos atributos como Filas, Columnas, etc.) no se copian sino que se reemplazan por
img2dcm durante la conversión.
Entrada Plugins
El img2dcm La aplicación actualmente admite el formato de imagen JPEG y BMP como entrada.
JPEG Entrada Enchufar
Para JPEG, el JPEG original del archivo de origen no se decodifica sino que se extrae y
transformado (por ejemplo, el encabezado JFIF está cortado) para permitir una conversión rápida incluso de archivos JPEG grandes
sin necesidad de decodificar y recodificar. El complemento JPEG elige la salida necesaria
transferir la sintaxis automáticamente dependiendo de la codificación real de los datos dentro del JPEG
Archivo. Por lo tanto, las siguientes sintaxis de transferencia (y sus correspondientes codificaciones JPEG)
son utilizados por el complemento JPEG:
· Proceso de codificación JPEG 1 línea de base, con pérdida, no jerárquico, secuencial, DCT, Huffman, 8 bits
Clase SOP = 1.2.840.10008.1.2.4.50
· Proceso de codificación JPEG 2 (8 bits) y 4 (12 bits) extendido, con pérdida, no jerárquico,
Secuencial, DCT, Huffman, clase SOP de 8/12 bits = 1.2.840.10008.1.2.4.51
· Proceso de codificación JPEG 10 (8 bits) y 12 (12 bits) Progresión completa, con pérdida, sin jerarquía.,
Progresivo, DCT, Huffman, clase SOP de 8/12 bits = 1.2.840.10008.1.2.4.55
Se admiten imágenes en color y en escala de grises.
La compatibilidad con la sintaxis de transferencia JPEG ampliada se puede desactivar (--disable-ext opción)
así como la compatibilidad con la sintaxis de transferencia JPEG progresiva (retirada) (--disable-progr
opción).
La codificación JPEG sin pérdida, así como cualquier modo de codificación JPEG aritmético o jerárquico son
no es compatible con el complemento.
La información JFIF (formato de intercambio de archivos JPEG) facilita los marcadores APPn opcionales en una
Archivo JPEG. Muchas cámaras digitales no integran dicha información JFIF en el formato JPEG.
salida que crean. Por ejemplo, JFIF contiene información sobre la relación de aspecto de píxeles de
la imagen comprimida. Si quieres el img2dcm aplicación para insistir en un encabezado JFIF en
la secuencia JPEG, puede utilizar la opción --insistir-en-jfif que abortará si no hay JFIF
se puede encontrar información. De forma predeterminada, se ignora la información JFIF que falta.
Para DICOM es una especie de 'zona gris', ya sea la integración de JFIF (o cualquier otra APPn)
los datos en el flujo JPEG interno del objeto DICOM están permitidos o no. Sin embargo, la mayoría
Un enfoque confiable es eliminar esos marcadores y su información del flujo JPEG. Esta
El enfoque también es adoptado por el img2dcm solicitud. De forma predeterminada, todos los marcadores de APPn se cortan
fuera de la secuencia JPEG original. Sin embargo, si desea mantener otros marcadores de APPn que no sean
JFIF (por ejemplo, información EXIF) dentro del flujo DICOM, la opción --mantener-aplicación hace el
truco. También debería ser un poco más rápido que cortar la información de APPn, porque es
No es necesario escanear todo el flujo JPEG en busca de dichos datos. La información JFIF es hacerlo
eliminado por img2dcm.
BMP Entrada Enchufar
img2dcm admite BMP como formato de entrada. Sin embargo, hasta ahora solo las imágenes BMP más comunes son
soportado. En particular, las imágenes BMP que utilizan campos de bits o codificación de longitud de ejecución serán
rechazado. Tales imágenes son poco comunes. Todas las imágenes de entrada se convertirán en una imagen DICOM
con modelo de color RGB y una profundidad de bits de 24. No hay opciones específicas para el ajuste fino
Conversión de formato BMP.
Salida Plugins
La clase SOP de salida deseada se puede seleccionar en la línea de comando. Actualmente, una exportación
complemento para la clase SOP de imagen de captura secundaria (predeterminado, opción -Carolina del Sur), la nueva secundaria
Clases de SOP de captura de imágenes (opción -nsc) y clase SOP de imagen fotográfica de luz visible
(opción -vl) están disponibles. Tenga en cuenta que el primero está obsoleto según el
DICOM estándar, pero se selecciona como predeterminado porque es ampliamente compatible. Futuro
versiones de img2dcm podría proporcionar más complementos de salida para otras clases SOP.
Para las nuevas clases SOP de captura secundaria, no es posible especificar qué
La clase SOP debe usarse para la salida. Eso es porque estas nuevas clases de SOP son
diferenciados entre sí por la profundidad de color (1/8/16) y el hecho de si la imagen es
blanco / negro o color. Es por eso que img2dcm decide durante la conversión, qué salida SOP
La clase es adecuada para una imagen de origen determinada.

EJEMPLOS

A continuación se muestran algunos ejemplos que muestran cómo img2dcm se puede utilizar la aplicación.
1. img2dcm imagen.jpg salida.dcm
Lea el archivo JPEG 'image.jpg', conviértalo a la antigua clase SOP de captura secundaria y guarde
el resultado al archivo DICOM 'out.dcm'. Esta es la forma más sencilla de usar img2dcm. Cualquier tipo
Los atributos 1 y tipo 2 necesarios para escribir objetos válidos de esta clase SOP son
insertado automáticamente.
2. img2dcm -i BMP imagen.bmp salida.dcm
Igual que el anterior, pero le dice a img2dcm que lea un archivo BMP en lugar de JPEG.
3. img2dcm image.jpg out.dcm -vlp -k 'PatientName = Bond ^ James'
Igual que el primer ejemplo, pero escribe el objeto Imagen fotográfica de luz visible en 'out.dcm'
y establece PatientName en 'Bond ^ James', que de lo contrario se dejaría vacío.
4. img2dcm image.jpg out.dcm --series-from template.dcm -k 'PatientName = Bond ^ James'
Igual que 1), pero importa información de paciente / estudio / serie del archivo DICOM
'plantilla.dcm'. Tenga en cuenta que el atributo PatientName contendrá 'Bond ^ James' en
Al final, se sobrescribirá cualquier valor de 'template.dcm'. Es decir, porque la -k
La opción se aplica al final del proceso de conversión (ver arriba).
5. img2dcm image.jpg out.dcm: no hay comprobaciones
Igual que 1), pero no realiza ninguna verificación de atributo y no tipo 1 y tipo 2
inserción de atributo! Entonces, en este caso, se generaría un objeto DICOM no válido. Esta
puede ser interesante si el archivo de salida no está destinado a completarse, pero se someterá a
más transformaciones, por ejemplo, agregando atributos usando dcmodificar. Opción de uso único --No-
cheques si sabes lo que estás haciendo!
6. img2dcm imagen.jpg out.dcm --no-type1-invent
Igual que 1), pero no inserta los atributos de tipo 1 que faltan y / o sus valores. Tipo 2
se insertarán atributos. Tenga en cuenta que en este caso debe asegurarse de que todos los tipos 1
Los atributos se proporcionan por otros medios, es decir, agregándolos con el --llave .
De lo contrario, img2dcm informará un error y dejará de convertir.
7. img2dcm imagen.jpg out.dcm --keep-appn --insist-on-jfif
Igual que 1), pero toma la información de APPn como EXIF ​​en el objeto DICOM
flujo JPEG resultante. Más, --insistir-en-jfif obligará img2dcm abortar si no
La información JFIF existe en el archivo fuente.

REGISTRO

El nivel de salida de registro de las diversas herramientas de línea de comando y bibliotecas subyacentes puede
ser especificado por el usuario. De forma predeterminada, solo los errores y advertencias se escriben en el estándar
secuencia de error. Opción de uso --verboso también mensajes informativos como detalles de procesamiento
Están reportados. Opción --depurar se puede utilizar para obtener más detalles sobre la actividad interna,
por ejemplo, con fines de depuración. Se pueden seleccionar otros niveles de registro usando la opción --Iniciar sesión-
nivel. En --tranquilo modo solo se informan los errores fatales. En eventos de error tan graves,
la aplicación normalmente terminará. Para obtener más detalles sobre los diferentes niveles de registro,
consulte la documentación del módulo 'oflog'.
En caso de que la salida de registro deba escribirse en un archivo (opcionalmente con rotación de archivo de registro),
a syslog (Unix) o la opción de registro de eventos (Windows) --log-config puede ser usado. Esta
El archivo de configuración también permite dirigir solo ciertos mensajes a una salida en particular
stream y para filtrar ciertos mensajes basados ​​en el módulo o aplicación donde
son generadas. Se proporciona un archivo de configuración de ejemplo en /logger.cfg.

COMANDO LÍNEA

Todas las herramientas de línea de comando utilizan la siguiente notación para los parámetros: los corchetes encierran
valores opcionales (0-1), tres puntos finales indican que se permiten varios valores
(1-n), una combinación de ambos significa 0 an valores.
Las opciones de la línea de comandos se distinguen de los parámetros por un signo '+' o '-' inicial,
respectivamente. Por lo general, el orden y la posición de las opciones de la línea de comandos son arbitrarios (es decir,
puede aparecer en cualquier lugar). Sin embargo, si las opciones son mutuamente excluyentes, la apariencia del extremo derecho
se utiliza. Este comportamiento se ajusta a las reglas de evaluación estándar de los shells de Unix comunes.
Además, se pueden especificar uno o más archivos de comando usando un signo '@' como prefijo para
el nombre del archivo (p. ej. @ command.txt). Tal argumento de comando es reemplazado por el contenido de
el archivo de texto correspondiente (varios espacios en blanco se tratan como un solo separador a menos que
aparecen entre dos comillas) antes de cualquier evaluación adicional. Tenga en cuenta que
un archivo de comando no puede contener otro archivo de comando. Este enfoque simple pero efectivo
permite resumir combinaciones comunes de opciones / parámetros y evita alargar y
confusas líneas de comando (se proporciona un ejemplo en el archivo /dumppat.txt).

MEDIO AMBIENTE

El img2dcm La utilidad intentará cargar los diccionarios de datos DICOM especificados en el
DCMDICTPATH Variable ambiental. Por defecto, es decir, si el DCMDICTPATH Variable ambiental
no está configurado, el archivo /dicom.dic se cargará a menos que el diccionario esté construido
en la aplicación (predeterminado para Windows).
Se debe preferir el comportamiento predeterminado y DCMDICTPATH solo variable de entorno
se utiliza cuando se requieren diccionarios de datos alternativos. los DCMDICTPATH Variable ambiental
tiene el mismo formato que el shell de Unix TRAYECTORIA variable en que dos puntos (':') separan
entradas. En los sistemas Windows, se utiliza un punto y coma (';') como separador. El diccionario de datos
El código intentará cargar cada archivo especificado en el DCMDICTPATH Variable ambiental. Eso
es un error si no se puede cargar un diccionario de datos.

Utilice img2dcm en línea utilizando los servicios de onworks.net