Este es el comando indeleble que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
indeleble - potente y flexible simulador de evolución biológica
SINOPSIS
indeleble
No se pueden pasar opciones a través de la línea de comandos.
DESCRIPCIÓN
indeleble Puede simular la evolución de nucleótidos, aminoácidos o codones de múltiples particiones.
conjuntos de datos a través de los procesos de inserción, eliminación y sustitución en continuo
tiempo. Se admiten todos los modelos evolutivos comunes.
La documentación completa para indeleble está disponible bajo
/usr/share/doc/indeleble/help/index.html.
CONFIGURACIÓN
indeleble lee la configuración para una ejecución de simulación desde un archivo llamado control.txt existentes
directorio actual. El archivo se divide en bloques, y cada bloque controla uno
aspecto particular de la simulación. Los bloques pueden contener más sub-bloques. Los comentarios pueden
se dará en estilo C o C ++. Si indeleble se ejecuta sin un archivo de control presente, un
Se genera un archivo de ejemplo.
[ESCRIBE] tipo
Cada archivo de control debe comenzar con un TIPO cuadra. Los posibles tipos son NUCLEÓTIDO,
AMINOÁCIDOSy CODÓN.
[AJUSTES]
Este bloque especifica las preferencias del usuario no esenciales, como los tipos de archivos de salida y
formatos, semillas para el generador de números aleatorios, y si generar una salida detallada
informes.
[MODELO] nombre del modelo
Este bloque inicia un nuevo modelo evolutivo que se utilizará para la simulación. los
parámetros particulares que incluyen modelos de sustitución, tasas de indel y sitio de codones
los modelos se controlan mediante submodelos. nombre del modelo puede ser cualquier nombre que elija.
[ÁRBOL] nombre del árbol newick
Este bloque se utiliza para especificar un árbol guía con el nombre de pila. nombre de árbol.
Las distancias evolutivas se representan como la longitud de las ramas del árbol en NUEVO
formato.
[SUCURSALES]
Estos bloques se utilizan para simular procesos no estacionarios y no homogéneos.
Se pueden especificar diferentes modelos en diferentes ramas del árbol guía, lo que permite
ramas para tener diferentes modelos de sustitución, distribución de longitud indel, tasa
heterogeneidad, composición de la base, etc.
[PARTICIONES] nombre de la partición
Durante cada ejecución, se pueden simular múltiples particiones de secuencia. Para cada partición
se debe especificar el árbol guía, el modelo evolutivo y la longitud de la secuencia.
[EVOLUCIONAR]
Dentro de este bloque se pueden generar múltiples réplicas de una partición.
DERECHOS DE AUTOR
Copyright © 2010 William Fletcher Licencia GPLv3 +: GNU GPL versión 3 o posterior.
Este es un software gratuito: puede cambiarlo y redistribuirlo. NO HAY GARANTÍA,
en la medida permitida por la ley. El texto completo de la licencia está disponible en
<http://gnu.org/licenses/gpl.html>.
AGRADECIMIENTOS
William Fletcher y Ziheng Yang (2009). INDELible: un simulador flexible de biológicos
Evolución de la secuencia, Molecular Biología - y Evolución 26(8): 1879-1888.
Use indeleble en línea usando los servicios de onworks.net
