Este es el comando indigo-deco que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
indigo-deco: detección de andamios de moléculas y deconvolución del grupo R
SINOPSIS
índigo-deco archivos [parámetros]
índigo-deco -h
DESCRIPCIÓN
índigo-deco realiza la detección del andamio de moléculas y la desconvolución del grupo R. Aceptado
Los formatos son: Molfile, SDFile, RDFile, SMILES y CML.
CAMPUS
índigo-deco acepta los siguientes parámetros.
-h Imprimir mensaje de ayuda
-a Calcular andamio aproximado (el valor predeterminado es exacto)
-s
Escribir andamio máximo encontrado en molfile
-S
Escriba todos los andamios encontrados en un archivo SD
-l
No calcule el andamio, cárguelo desde el archivo
-SR
Escribir scaffold con R-sites en un archivo
-o
Escriba las moléculas resaltadas resultantes en el archivo
-r
Escriba las moléculas resultantes con grupos r separados en el archivo
creado Sin consideración aromática
-- Marca el final de las opciones
EJEMPLOS
índigo-deco * .mol -o hl.sdf -s scaf.sdf
Leer moléculas de molfiles en el directorio actual, guardar el máximo andamio encontrado
a scaf.mol y guardar las moléculas resaltadas en hl.sdf.
índigo-deco estructura.mol muchos.sdf -s scaf.mol -S allscafs.sdf -r rg.sdf
Leer una molécula de structure.mol y varias moléculas de many.sdf, guardar
moléculas con r-rgoups a rg.sdf y guarde todos los andamios encontrados en allscafs.sdf.
índigo-deco * .smi -d listoscaf.mol -o hl.sdf
Lea varias moléculas de cada archivo SMILES en el directorio actual, lea
andamio de readyscaf.mol y guarde las moléculas resaltadas en hl.sdf.
Use indigo-deco en línea usando los servicios de onworks.net
