Este es el comando indigo-depict que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
indigo-representar - utilidad de procesamiento de moléculas y reacciones
SINOPSIS
índigo-representar infile. {mol, rxn, cml, smi} archivo de salida. {png, svg, pdf} [parámetros]
índigo-representar infile. {cml, rdf, rdf.gz, sdf, sdf.gz, smi} outfile_% s. {png, svg, pdf} [parámetros]
índigo-representar infile.smi archivo de salida. {cml, mol, rdf, rxn, sdf} [parámetros]
índigo-representar - Proyecto SMILES archivo de salida. {cml, mol, pdf, png, rxn, svg} [parámetros]
índigo-representar -ayuda
DESCRIPCIÓN
índigo-representar se utiliza para representar moléculas.
CAMPUS
índigo-representar puede leer archivos de entrada o código SMILES de la entrada estándar. Estos pueden ser
seguido de uno o más de los siguientes parámetros.
-w
Ancho de la imagen en píxeles
-h
Altura de la imagen en píxeles
-vínculo
Longitud media del enlace en píxeles
-márgenes
Márgenes horizontales y verticales, en píxeles. Sin márgenes por defecto
-espesor
Establezca el factor de espesor relativo. El valor predeterminado es 1.0
-ancho de línea
Establezca el factor de ancho de la línea de enlace. El valor predeterminado es 1.0
-etiqueta
Establecer el modo de visualización de la etiqueta del átomo. El valor predeterminado es terminal-hetero
-hidro
Muestre hidrógenos implícitos. El valor predeterminado es on
- [de] arom
Forzar la [des] aromatización
-estéreo
Modo de visualización de Stereogroups. El valor predeterminado es los ancianos
-cdbwsa
Centro de enlaces dobles que tienen un enlace estéreo adyacente (desactivado de forma predeterminada)
-consulta Trate la entrada como una molécula de consulta o una reacción (deshabilitado de forma predeterminada)
-picardía
Trate la entrada como una molécula de consulta SMARTS o una reacción (deshabilitada de forma predeterminada)
-idcampo
El campo SDF / RDF se colocará en lugar de '% s' en los nombres de los archivos guardados (el valor predeterminado es
molécula / número de reacción)
-catalizadores
Colocación de los catalizadores de reacción con la flecha. El valor predeterminado es encima y por debajo
-comentario
Comentario de texto que se colocará encima de la molécula o reacción. Sin valor predeterminado
-comentario compensado
Espacio vertical (en píxeles) entre el comentario y la estructura
-campo de comentarios
Utilice el campo SDF / RDF especificado como comentario
-comentario
Utilice el nombre de la molécula / reacción como comentario
-comentar tamaño
Factor de tamaño de fuente de comentario de texto relativo al grosor del enlace. El valor predeterminado es 6
-comentarios
Posición del comentario de texto (abajo por defecto)
-comentario <0..1>
Alineación de comentarios de texto, un valor flotante: 0 = izquierda, 0.5 = centro, 1 = correcto
-colorante
Activar / desactivar colorear. El valor predeterminado es on
-hlgrueso
Habilite el resaltado con líneas gruesas y caracteres en negrita
-hlcolor
Habilite el resaltado con color. Los valores de los componentes deben estar en el rango [0 255 ..]
-bgcolor
Establece el color de fondo. Los valores de los componentes deben estar en el rango [0 255 ..]
-color de base
Establezca el color de primer plano predeterminado. Los valores de los componentes deben estar en el rango [0 255 ..]
-aamcolor
Establezca el color de los índices AAM. Los valores de los componentes deben estar en el rango [0 255 ..]
-dsgcolor
Establezca el color de los grupos de datos. Los valores de los componentes deben estar en el rango [0 255 ..]
-color de comentario
Establece el color del comentario. Los valores de los componentes deben estar en el rango [0 255 ..]
-números de átomo
Mostrar números de átomos (solo con fines de depuración)
-números de bonos
Mostrar números de enlace (solo con fines de depuración)
-uno basado
Inicie los índices de átomos y enlaces desde uno. El valor predeterminado es de cero
-ayuda Imprime este mensaje de ayuda
EJEMPLOS
índigo-representar infile.mol archivo de salida.png -colorante off -aroma
índigo-representar base de datos.sdf molécula_% s.png -idcampo cdbregno -espesor 1.1
índigo-representar base de datos.smi base de datos.sdf
índigo-representar - CC. [O -] [* -] ([O -]) = O consulta.png -consulta
índigo-representar - OCO >> CC (C) N reacción.rxn
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