Este es el comando infoaligne que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
infoalign: muestra información básica sobre una alineación de secuencia múltiple
SINOPSIS
infoalinear -secuencia conjunto de secuencias [-matriz matriz] [-refseq cadena] -pluralidad flotar
-identidad flotar -archivo de salida archivar [-html booleano] -solamente booleano -Bóveda booleano
-Estados Unidos booleano -nombre booleano -seqlongitud booleano -longitud de alineación booleano -brechas booleano
-recuento de brechas booleano -idcount booleano -cuentasim booleano -diferencia booleano
-cambio booleano -peso booleano -descripción booleano
infoalinear -ayuda
DESCRIPCIÓN
infoalinear es un programa de línea de comandos de EMBOSS (“European Molecular Biology Open
Paquete de programas"). Es parte de la "Alineación: Múltiple, Recuperación de datos: Datos de secuencia"
grupo (s) de mando.
OPCIONES
Entrada .
-secuencia conjunto de secuencias
La alineación de la secuencia que se mostrará.
-matriz matriz
Este es el archivo de matriz de puntuación que se utiliza al comparar secuencias. Por defecto es el
archivo 'EBLOSUM62' (para proteínas) o el archivo 'EDNAFULL' (para secuencias nucleicas). Estas
Los archivos se encuentran en el directorio "datos" de la instalación de EMBOSS.
-refseq cadena
Si da el número en la alineación o el nombre de una secuencia, se llevará a
ser la secuencia de referencia. La secuencia de referencia es aquella contra la cual todos los
se comparan otras secuencias. Si se establece en 0, la secuencia de consenso será
utilizado como secuencia de referencia. Por defecto, la secuencia de consenso se utiliza como
secuencia de referencia.
Avanzada .
-pluralidad flotar
Establezca un límite para el% de coincidencias con puntuación positiva por debajo del cual no hay consenso.
La pluralidad predeterminada se toma como el 50% del peso total de todas las secuencias en el
alineación. Valor predeterminado: 50.0
-identidad flotar
Proporciona la posibilidad de establecer el número requerido de identidades en una posición para
para dar un consenso. Por lo tanto, si se establece en 100% solo columnas de identidades
contribuir al consenso. Valor predeterminado: 0.0
Salida .
-archivo de salida archivar
Si ingresa el nombre de un archivo aquí, este programa escribirá los detalles de la secuencia
en ese archivo.
-html booleano
Valor predeterminado: N
-solamente booleano
Esta es una forma de acortar la línea de comando si solo desea que se realicen algunas cosas
desplegado. En lugar de especificar: '-nohead -nousa -noname -noalign -nogaps -nogapcount
-nosimcount -noidcount -nodiffcount -noweight 'para obtener solo la salida de longitud de secuencia,
puede especificar '-only -seqlength' Valor predeterminado: N
-Bóveda booleano
Valor predeterminado: @ (! $ (Solo))
-Estados Unidos booleano
Valor predeterminado: @ (! $ (Solo))
-nombre booleano
Valor predeterminado: @ (! $ (Solo))
-seqlongitud booleano
Valor predeterminado: @ (! $ (Solo))
-longitud de alineación booleano
Valor predeterminado: @ (! $ (Solo))
-brechas booleano
Valor predeterminado: @ (! $ (Solo))
-recuento de brechas booleano
Valor predeterminado: @ (! $ (Solo))
-idcount booleano
Valor predeterminado: @ (! $ (Solo))
-cuentasim booleano
Valor predeterminado: @ (! $ (Solo))
-diferencia booleano
Valor predeterminado: @ (! $ (Solo))
-cambio booleano
Valor predeterminado: @ (! $ (Solo))
-peso booleano
Valor predeterminado: @ (! $ (Solo))
-descripción booleano
Valor predeterminado: @ (! $ (Solo))
Utilice infoaligne en línea utilizando los servicios de onworks.net
