Este es el comando king-probe que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
king-probe: evalúa y visualiza el empaquetamiento interatómico de proteínas
DESCRIPCIÓN
Sintaxis: sonda input.pdb >> out.kin
o: probe [flags] "patrón src" ["patrón de destino"] pdbfiles ... >> out.kin
Banderas
-Uno mismo auto intersección: src -> src (predeterminado)
-Ambas cosas se cruzan en ambos sentidos: src <=> targ
-Una vez intersección única: src -> targ
-Fuera superficie externa de van der Waals de src (superficie de contacto con el disolvente)
-AUTObondrot nombre de archivo
leer y procesar un archivo autobondrot
atajos:
< > igual que: -4H -mc -la -yo "altA ogt33"
-FALTOS
igual que: < >, pero permite otras banderas
-SCSuperficie igual que: -soltar -rad1.4 -fuera "no agua"
-Expuesto
igual que: -soltar -rad1.4 -fuera (nota: patrón de suministros de usuario)
-Una superficie
igual que: -soltar -rad0.0 -añadir1.4 -fuera "no agua"
-ACCESO
igual que: -soltar -rad0.0 -añadir1.4 -fuera (nota: patrón de suministros de usuario)
-ESCANEAR0 igual que: -4H -mc -yo "alta blt40 ogt33"
-ESCANEAR1 igual que: -4H -una vez "sc alta blt40 ogt33" "alta blt40 ogt65, (no agua ogt33)"
-DUMPAtominfo
cuenta los átomos en la selección: src
(tenga en cuenta que AMBOS y UNA VEZ requieren dos patrones mientras
OUT, SELF y DUMPATOMINFO requieren solo un patrón)
-Implícito
hidrógenos implícitos
-Explícito
hidrógenos explícitos (predeterminado)
-Densidad#
establecer la densidad de puntos (por defecto, 16 puntos / sq A)
-Radio#. #
establecer el radio de la sonda (por defecto 0.25 A)
-ADDvdw#. #
Desplazamiento agregado a los radios de Van der Waals (predeterminado 0.0)
-ESCALAvdw#. # factor de escala para radios de Van der Waals (predeterminado 1.0)
-COScale#. #
escala C = O radios de carbono de Van der Waals (por defecto 0.94)
-Pico dibujar un pico en lugar de puntos (predeterminado)
-Pico#. #
establecer escala de picos (por defecto = 0.5)
-NOSpique
dibujar solo puntos
-HBNormal#. # superposición máxima para Hbonds regulares (predeterminado = 0.6)
-HBCargado#. # superposición máxima para Hbonds cargados (predeterminado = 0.8)
-Mantener mantener átomos no seleccionados (predeterminado)
-Soltar soltar átomos no seleccionados
-Límite limitar los puntos de golpe al máximo dist al besar (predeterminado)
-Sin límite
no limite los puntos de relieve
-Lente agregar la palabra clave de la lente al archivo de parentesco
-NOLEN
no agregue la palabra clave de la lente al archivo de parentesco (predeterminado)
-MC incluir interacciones mainchain-> mainchain
-HET incluir puntos en grupos HET que no son de agua (predeterminado)
-NOHET
excluir puntos a grupos HET que no sean de agua
-AGUAS
incluir puntos al agua (predeterminado)
-NOWATERS
excluir puntos al agua
-WAT2wat
mostrar puntos entre las aguas
-DUMPH2O
incluir agua H? vectorlist en la salida
-4H extender la eliminación de puntos de la cadena de enlace a 4 para H (predeterminado)
-3 limitar la eliminación de puntos de la cadena de unión a 3
-2 limitar la eliminación de puntos de la cadena de unión a 2
-1 limitar la eliminación de puntos de la cadena de unión a 1
-IGNORAR gota explícita "patrón": ignora los átomos seleccionados por patrón
-DOCHO
reconocer CH..O Hbonds
-CHO#. #
factor de escala para CH..O Hbond score (predeterminado = 0.5)
-PolarH
utilizar radios cortos de hidrógenos polares (predeterminado)
-NOPolarH
no acorte los radios de hidrógenos polares
-NOFACEhbond no identifican HBonds a caras aromáticas
-Nombre "nombre" especifica el nombre del grupo ("puntos" predeterminados)
-DOTMASTER
nombre del grupo utilizado como maestro adicional = {nombre} en las listas
-NOGrupo
no genere la declaración @group en la salida en formato .kin
-KINimagen
agregue la declaración @kinemage 1 a la parte superior de la salida del formato .kin
-Cuentas
producir un recuento de puntos, no una lista de puntos
-Sinformado
salida de información de puntos sin procesar
nombre: pat: tipo: srcAtom: targAtom: mingap: gap: spX:
spY: spZ: spikeLen: score: stype: ttype: x: y: z: sBval: tBval:
-OFORMATO
información de punto de salida formateada para mostrarse en O
-FORMATO XV
información de punto de salida formateada para mostrarla en XtalView
-UNA LÍNEA
salida una línea: contactos: por: gravedad: tipo:
-GAPcolor
puntos de color por cantidad de espacio (predeterminado)
-ATOMcolor
puntos de color por tipo de átomo
-Color de base
puntos de color por tipo de base de ácido nucleico
-COLORBase
puntos de color por espacio y tipo de base de ácido nucleico
-OUTCOLOR "nombre" especifica el color del punto para -FUERA (predeterminado "gris")
-GAPPeso#
establecer el peso para puntuar los huecos (por defecto 0.25)
-BUMPPeso# establecer escala relativa para puntuar golpes (por defecto 10.0)
-HBPeso#
establecer escala relativa para puntuar Hbonds (por defecto 4.0)
-DIV Bajo#. #
División para categorías de relieve (predeterminado -0.4)
-DIVAlto#. #
División para categorías de contacto (por defecto 0.25)
-MINOCCupresión#. #
La ocupación por debajo de esto es igual a cero (por defecto 0.02)
-Elemento
agregar botones maestros para diferentes elementos en la salida de parentesco
-NO HAY ACERCA
no emite contactos para HBonds
-NOCLASHOUT
no emite contactos para choques
-NOVDWOUT
no emite contactos para interacciones de van der Waals
-SONLYBADOUT
solo salida defectuosa choques incorrectos (contactos superpuestos graves)
-RESUMEN
salida lista resumida de contactos y conflictos
-UNA LÍNEA
lista de resumen de salida en línea
-AVISOS
no muestra el indicador de nombre de residuo durante el procesamiento
-STDBOND
asumir solo patrones de unión estándar en residuos estándar
-NOPARENTE
no unir hidrógenos según la tabla de átomos pesados parentales
-SEGID utilice el campo PDB SegID para discriminar entre residuos
-OLDU generar estilo antiguo -u salida: kissEdge2BullsEye, etc.
-Verboso
modo detallado (predeterminado)
-Referencia
mostrar cadena de referencia
-Cambios
mostrar una lista de cambios de programa
-Tranquilo Modo silencioso
-Ayudar mostrar aviso de ayuda ampliado (incluye otras banderas)
-VERSIÓN
versión de una línea a stdout
Elementos del patrón: (se deben poner entre comillas en la línea de comando)
ARCHIVO # dentro del archivo #
MODELO # dentro del modelo #
CADENAnaa
dentro de la cadena a
SEGaaaa
identificador de segmento aaaa (donde _ representa un espacio en blanco)
ALTa conformación alternativa a
ATOMaaaa
nombre del átomo aaaa (donde _ representa un espacio en blanco) (los 4 caracteres se usan, por lo que H sería
ÁTOMO_H__)
RESaaa residuo aaa
# residuo #
#a residuo #, inserte un
# - # rango de residuos # (inserte códigos ignorados)
un tipo de residuo por códigos de una letra (por ejemplo, y)
aaa tipo de residuo por códigos de tres letras (por ejemplo, tyr)
TODO, PROTEÍNA, MC, SC, BASE, ALFA, BETA, NITRÓGENO, CARBONO,
OXÍGENO, AZUFRE, FÓSFORO, HIDRÓGENO, METAL, POLAR,
NO POLAR, CARGADO, DONANTE, ACEPTADOR, AROMÁTICO, METILO, HET, AGUA, ADN, ARN
todos o un subconjunto de los átomos
OLT # Ocupación menor que # (porcentaje entero)
OGT # Ocupación mayor que # (porcentaje entero)
BLT # Valor B menor que # (entero)
BGT # valor B mayor que # (entero)
INSa Inserte el código a (donde _ representa un espacio en blanco)
DENTRO DE #. # DE #. #, #. #, #. #
átomos a distancia del punto
Los patrones se pueden combinar en listas separadas por comas como "trp, phe, tyr" que significa
TRP o PHE o TYR.
Los patrones que están separados por espacios en blanco deben ser todos verdaderos, como "chainb 1-5", que significa
residuos 1 a 5 en la cadena B.
También puede agrupar patrones entre paréntesis, separar varios patrones con |
que significa 'o' y elija el complemento con NOT como en "not file1" que significa no en
archivo 1.
Un archivo autobondrot es similar a otros archivos de entrada PDB pero incluye información
identificar átomos sujetos a rotaciones y otras transformaciones.
Ejemplo de fragmento de archivo autobondrot que muestra la rotación del enlace Calpha-Cbeta y un
función de penalización de torsión para esta rotación
ATOM 1 CB TYR 61 34.219 17.937 4.659 1.00 0.00
bondrot: chi1: 78.7:
0:359:5:33.138:18.517: 5.531:34.219:17.937: 4.659
cos: -3: 60: 3: ATOM 1 1HB TYR 61 34.766 18.777 4.206 1.00 0.00
ATOM 1 2HB TYR 61 34.927 17.409 5.315 1.00 0.00 ATOM 1 CG
TYR 61 33.836 16.989 3.546 1.00 0.00 ...
Los comandos de Autobondrot usan dos puntos para separar los valores Transformaciones:
BONDROT:id:currAng:start:end:stepSz:x1:y1:z1:x2:y2:z2
TRANS: id:currpos:start:end:stepSz:x1:y1:z1:x2:y2:z2
NULL # ficticia
Funciones de sesgo:
COS: escala: fase Desplazamiento: frecuencia POLY: escala: desplazamiento: polinomio Grado CONST: valor
Derivación:
GUARDAR y RESTAURAR o "(" y ")"
(por ejemplo, para rotar cada Chi y los metilos para isoleucina el
la secuencia es: rotChi1 / SAVE / rotChi2 / rotCD1 / RESTORE / rotCG2)
Establecer orientación: GO: angle1: angle2: ... Incluir archivos: @filename Comentarios:
# texto de comentario
sonda: versión 2.13.110909, Copyright 1996-2011, J. Michael Word
Utilice king-probe en línea utilizando los servicios de onworks.net
