Este es el comando kmc_tools-filter que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
kmc_tools-filter: filtra las lecturas con un número demasiado pequeño de k-mers
SINOPSIS
kmc_herramientas filtrar [kmc_input_db_params]
[input_read_set_params] [output_read_set_params]
DESCRIPCIÓN
Este comando filtra las lecturas con un número demasiado pequeño de k-mers.
OPCIONES
Para la base de datos k-mers hay parámetros adicionales:
-ci
excluir k-mers que ocurren menos de veces
-cx
excluir k-mers que ocurren más de veces
Para el conjunto de lecturas de entrada hay parámetros adicionales:
-ci
eliminar lecturas que contengan menos k-mers que value. Puede ser un número entero o flotante
en el rango [0.0; 1.0]
-ci
eliminar lecturas que contienen más k-mers que valor. Puede ser un número entero o flotante
en el rango [0.0; 1.0]
-F
entrada en formato FASTA (-fa), formato FASTQ (-fq); predeterminado: FASTQ
Para el conjunto de lecturas de salida hay parámetros adicionales:
-F
salida en formato FASTA (-fa), formato FASTQ (-fq); predeterminado: igual que la entrada
EJEMPLO
kmc_tools filtro kmc_db -ci3 input.fastq -ci0.5 -cx1.0 filter.fastq
kmc_tools filtro kmc_db input.fastq -ci10 -cx100 filter.fastq
Use kmc_tools-filter en línea usando los servicios de onworks.net
