Este es el comando kmer-mask que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
kmer-mask - conjunto de máscara y filtro de secuencias de nucleótidos por contenido kmer
SINOPSIS
kmer-mascara {-novela|-confirmado} [-mdb base de datos mer] [-em tamaño mer] [-edb existencia-base de datos] [-m
tamaño mínimo] [-e extender-tamaño] [-umbral bajo l] [umbral alto h] [-t hilos] [-v] [-h
histograma] [-promover|-degradar|-descarte] -1 en.1.fastq [-2 en.2.fastq] -o prefijo de salida
DESCRIPCIÓN
Enmascara y filtra el conjunto de secuencias (se supone que son leídas) por contenido kmer. El enmascaramiento puede ser
hecho para retener la secuencia nueva que no está en la base de datos, o para retener la secuencia confirmada presente
en la base de datos. El filtrado segregará las secuencias total, parcialmente o no enmascaradas.
CAMPUS
-mdb base de datos mer
carga de enmascaramiento kmers de meryl(1) base de datos mer
-em tamaño mer
-edb existencia-base de datos
guardar kmers enmascarado a un existirDB(1) archivo existencia-base de datos para reinicios más rápidos
-1 en.1.fastq
-2 en.2.fastq
La entrada lee archivos en formato fastq, fastq.gz, fastq.bz2 o fastq.xz. El segundo es
opcional, pero estropea la clasificación de salida si no está presente.
-o salir
prefijo para lecturas de salida
salir.fullymasked. [12] .fastq
lee con bases por debajo de 'umbral bajo' retenidas
salir.parcialmente enmascarado. [12] .fastq
lee en el medio
salir.retenido. [12] .fastq
lee con más de bases de 'umbral alto' retenidas
salir.discarded. [12] .fastq
lee con estado conflictivo
-m tamaño mínimo
ignorar los resultados de la base de datos por debajo de esta cantidad de kmers consecutivos (0)
-e extender-tamaño
extender los aciertos de la base de datos a través de esta cantidad de kmers faltantes (0)
-novela CONSERVE la secuencia novedosa que no está presente en la base de datos
-confirmado
MANTENER la secuencia confirmada presente en la base de datos
-promover
promover la lectura menos RETENIDA al estado de la lectura más RETENIDA
read1 = totalmente enmascarado y read2 = parcialmente enmascarado -> ambos están parcialmente enmascarados
-degradar
degradar la lectura más RETENIDA al estado de la lectura menos RETENIDA
read1 = totalmente enmascarado y read2 = parcialmente enmascarado -> ambos están totalmente enmascarados
-descarte
descartar pares con estado en conflicto (DEFAULT) read1 = totalmente enmascarado y
read2 = parcialmente enmascarado -> ambos se descartan
estadísticas on estándar, número of secuencias cantidad CONSERVADO:
-umbral bajo t
(0.3333)
umbral alto t
(0.6667)
-h histograma
escribir un histograma de la cantidad de secuencia RETENIDA
-t t utilizan el t calcular hilos
-v mostrar progreso
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