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PROGRAMA:

NOMBRE

mafft: programa de alineación múltiple para secuencias de aminoácidos o nucleótidos

SINOPSIS

mafioso [opciones] Las opciones de entrada [> salida]

Linsi Las opciones de entrada [> salida]

ginebra Las opciones de entrada [> salida]

einsi Las opciones de entrada [> salida]

fftnsi Las opciones de entrada [> salida]

ffns Las opciones de entrada [> salida]

nwns Las opciones de entrada [> salida]

nwnsi Las opciones de entrada [> salida]

perfil-mafft group1 group2 [> salida]

Las opciones de entrada, group1 y group2 debe estar en formato FASTA.

DESCRIPCIÓN

MAFFT es un programa de alineación de secuencia múltiple para sistemas operativos tipo Unix. Ofrece
una gama de múltiples métodos de alineación.

Orientado a la precisión métodos:
· L-INS-i (probablemente el más preciso; recomendado para <200 secuencias; refinamiento iterativo
método que incorpora información de alineación por pares local):

mafioso --par local --maxiterado 1000 Las opciones de entrada [> salida]

Linsi Las opciones de entrada [> salida]

· G-INS-i (adecuado para secuencias de longitudes similares; recomendado para <200 secuencias;
método de refinamiento iterativo que incorpora información de alineación por pares global):

mafioso --par global --maxiterado 1000 Las opciones de entrada [> salida]

ginebra Las opciones de entrada [> salida]

· E-INS-i (adecuado para secuencias que contienen grandes regiones no alineables; recomendado para
<200 secuencias):

mafioso --ep 0 --genafpair --maxiterado 1000 Las opciones de entrada [> salida]

einsi Las opciones de entrada [> salida]

Para E-INS-i, el --ep 0 Se recomienda la opción para permitir grandes espacios.

Orientado a la velocidad métodos:
· FFT-NS-i (método de refinamiento iterativo; solo dos ciclos):

mafioso --retro 2 --maxiterado 2 Las opciones de entrada [> salida]

fftnsi Las opciones de entrada [> salida]

· FFT-NS-i (método de refinamiento iterativo; máx. 1000 iteraciones):

mafioso --retro 2 --maxiterado 1000 Las opciones de entrada [> salida]

· FFT-NS-2 (rápido; método progresivo):

mafioso --retro 2 --maxiterado 0 Las opciones de entrada [> salida]

ffns Las opciones de entrada [> salida]

· FFT-NS-1 (muy rápido; recomendado para> 2000 secuencias; método progresivo con un
árbol guía):

mafioso --retro 1 --maxiterado 0 Las opciones de entrada [> salida]

· NW-NS-i (método de refinamiento iterativo sin aproximación FFT; solo dos ciclos):

mafioso --retro 2 --maxiterado 2 --no Las opciones de entrada [> salida]

nwnsi Las opciones de entrada [> salida]

· NW-NS-2 (método rápido; progresivo sin la aproximación FFT):

mafioso --retro 2 --maxiterado 0 --no Las opciones de entrada [> salida]

nwns Las opciones de entrada [> salida]

· NW-NS-PartTree-1 (recomendado para ~ 10,000 a ~ 50,000 secuencias; método progresivo
con el algoritmo PartTree):

mafioso --retro 1 --maxiterado 0 --no --árbol Las opciones de entrada [> salida]

Grupo a grupo alineaciones

perfil-mafft group1 group2 [> salida]

o bien:

mafioso --maxiterado 1000 --semilla group1 --semilla group2 / dev / null [> salida]

CAMPUS

Algoritmo
--auto
Selecciona automáticamente una estrategia adecuada de L-INS-i, FFT-NS-i y FFT-NS-2,
según el tamaño de los datos. Predeterminado: desactivado (siempre FFT-NS-2)

--6merpar
La distancia se calcula en función del número de 6mers compartidos. Predeterminado: activado

--par global
Todas las alineaciones por pares se calculan con el algoritmo Needleman-Wunsch. Más
exacto pero más lento que -6merpair. Adecuado para un conjunto de alineables globalmente
secuencias. Aplicable hasta ~ 200 secuencias. Una combinación con --maxiterate 1000
se recomienda (G-INS-i). Predeterminado: desactivado (se utiliza una distancia de 6 metros)

--par local
Todas las alineaciones por pares se calculan con el algoritmo de Smith-Waterman. Más preciso
pero más lento que -6merpair. Adecuado para un conjunto de secuencias alineables localmente.
Aplicable hasta ~ 200 secuencias. Una combinación con --maxiterate 1000 es
recomendado (L-INS-i). Predeterminado: desactivado (se utiliza una distancia de 6 metros)

--genafpair
Todas las alineaciones por pares se calculan con un algoritmo local con el generalizado
costo de la brecha afín (Altschul 1998). Más preciso pero más lento que -6merpair. Apropiado
cuando se esperan grandes brechas internas. Aplicable hasta ~ 200 secuencias. A
Se recomienda la combinación con --maxiterate 1000 (E-INS-i). Predeterminado: desactivado (6mer
se usa la distancia)

--fastapar
Todas las alineaciones por pares se calculan con FASTA (Pearson y Lipman 1988). FASTA es
requerido. Predeterminado: desactivado (se utiliza una distancia de 6 metros)

--pesoi número
Factor de ponderación para el término de coherencia calculado a partir de alineaciones por pares. Válido
cuando cualquiera de --globalpair, --localpair, --genafpair, --fastapair o --blastpair es
seleccionado. Predeterminado: 2.7

--retro número
Se construye el árbol guía número veces en la etapa progresiva. Válido con distancia de 6 metros.
Predeterminado: 2

--maxiterado número
número Se realizan ciclos de refinamiento iterativo. Predeterminado: 0

--fft
Utilice la aproximación FFT en la alineación de grupo a grupo. Predeterminado: activado

--no
No utilice la aproximación FFT en la alineación de grupo a grupo. Predeterminado: desactivado

--sin puntuación
La puntuación de alineación no se comprueba en la etapa de refinamiento iterativo. Predeterminado: desactivado (puntuación
está chequeado)

--memsave
Utilice el algoritmo de Myers-Miller (1988). Predeterminado: se enciende automáticamente cuando el
la longitud de alineación supera los 10,000 (aa / nt).

--árbol
Utilice un método de construcción de árboles rápido (PartTree, Katoh y Toh 2007) con la distancia de 6 metros.
Recomendado para una gran cantidad (> ~ 10,000) de secuencias ingresadas. Predeterminado: desactivado

--dpparttree
El algoritmo PartTree se utiliza con distancias basadas en DP. Ligeramente más preciso y
más lento que --parttree. Recomendado para un gran número (> ~ 10,000) de secuencias son
aporte. Predeterminado: desactivado

--fastaparttree
El algoritmo PartTree se utiliza con distancias basadas en FASTA. Un poco más preciso
y más lento que --parttree. Recomendado para una gran cantidad (> ~ 10,000) de secuencias
son de entrada. Se requiere FASTA. Predeterminado: desactivado

--partes número
El número de particiones en el algoritmo PartTree. Predeterminado: 50

--tamaño del grupo número
No haga una alineación más grande que número secuencias. Válido solo con - * parttree
opciones. Predeterminado: el número de secuencias de entrada

Parámetro
--op. número
Penalización de apertura de hueco en la alineación de grupo a grupo. Predeterminado: 1.53

--ep número
Valor de compensación, que funciona como penalización de extensión de espacio, para la alineación de grupo a grupo.
Predeterminado: 0.123

--podar número
Penalización de apertura de hueco en la alineación local por pares. Válido cuando el --localpair o
La opción --genafpair está seleccionada. Predeterminado: -2.00

--lep número
Valor de compensación en la alineación local por pares. Válido cuando el --localpair o --genafpair
está seleccionada la opción. Predeterminado: 0.1

--lexp número
Penalización de extensión del espacio en la alineación local por pares. Válido cuando el --localpair o
La opción --genafpair está seleccionada. Predeterminado: -0.1

--PODAR número
Penalización de apertura de huecos para saltarse la alineación. Válido cuando la opción --genafpair es
seleccionado. Predeterminado: -6.00

--LEXP número
Penalización de extensión de espacio para omitir la alineación. Válido cuando la opción --genafpair es
seleccionado. Predeterminado: 0.00

--licenciado en Derecho número
FLOR número se utiliza la matriz (Henikoff y Henikoff 1992). número= 30, 45, 62 u 80.
Predeterminado: 62

--jtt número
JTT PAM número (Jones et al. 1992) se utiliza la matriz. número> 0. Predeterminado: BLOSUM62

--tm número
PAM transmembrana número (Jones et al. 1994) se utiliza la matriz. número> 0. Defecto:
BLOSUM62

--aamatrix archivo de matriz
Utilice una matriz de puntuación AA definida por el usuario. El formato de archivo de matriz es lo mismo que el de
EXPLOSIÓN. Se ignora cuando se ingresan secuencias de nucleótidos. Predeterminado: BLOSUM62

--fmodelo
Incorpore la información de composición de AA / nuc en la matriz de puntuación. Predeterminado: desactivado

Salida
--clustalout
Formato de salida: formato clustal. Predeterminado: desactivado (formato fasta)

--orden de entrada
Orden de salida: igual que la entrada. Predeterminado: activado

- reordenar
Orden de salida: alineado. Predeterminado: desactivado (orden de entrada)

--árbol fuera
El árbol de guía se envía al Las opciones de entradaArchivo .tree. Predeterminado: desactivado

--tranquilo
No informe el progreso. Predeterminado: desactivado

Entrada
--nuc
Suponga que las secuencias son de nucleótidos. Predeterminado: auto

--aminado
Suponga que las secuencias son de aminoácidos. Predeterminado: auto

--semilla alineación1 [--semilla alineación2 --semilla alineación3 ...]
Alineaciones de semillas dadas en alineación_n (formato fasta) están alineados con secuencias en
Las opciones de entrada. Se conserva la alineación dentro de cada semilla.

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