Este es el comando load_genbankp que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
load_genbank.pl - Carga una base de datos Bio :: DB :: GFF desde archivos GENBANK.
SINOPSIS
% load_genbank.pl -d genbank -f archivolocal.gb
% load_genbank.pl -d genbank -a AP003256
NOTA: El script bp_genbank2gff.pl en la distribución de BioPerl es el mismo que este script.
DESCRIPCIÓN
Este script carga una base de datos Bio :: DB :: GFF con las características contenidas en un local
archivo genbank o una accesión que se obtiene de genbank. Varias opciones de línea de comandos
le permite controlar qué base de datos cargar y si permitir que una base de datos existente
ser sobrescrito.
Este script actualmente solo usa MySQL, aunque es una prueba de principio y podría fácilmente
ampliarse para trabajar con otros RDMS que son compatibles con GFF a través de adaptadores.
LÍNEA DE COMANDO CAMPUS
Las opciones de la línea de comandos se pueden abreviar a opciones de una sola letra. por ejemplo, -d en lugar de
--base de datos.
--create Force creación e inicialización de la base de datos
--dsn Fuente de datos (predeterminado dbi: mysql: test)
--usuario Nombre de usuario para la autenticación mysql
--aprobar Contraseña para la autenticación mysql
--apoderado Servidor proxy para usar para acceso remoto
--file Los argumentos que siguen son nombres de archivo Genbank / EMBL (predeterminado)
- Los argumentos de adhesión que siguen son números de acceso a genbank
--stdout Escribe el archivo GFF convertido a stdout en lugar de cargarlo
Use load_genbankp en línea usando los servicios de onworks.net
