Este es el comando ltrsift que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
ltrsift: una interfaz gráfica para el posprocesamiento y clasificación de LTR
candidatos a retrotransposón
SINOPSIS
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DESCRIPCIÓN
LTRsift es una herramienta gráfica de escritorio para el posprocesamiento semiautomático de predicciones de novo.
Anotaciones de retrotransposón LTR, como las generadas por LTRharvest y LTRdigest.
CONFIGURACIÓN
Los ÚLTIMOS binarios (lastal y lastdb) deben ubicarse en la ruta de búsqueda del sistema. Si ellos
no lo son, ¿es posible especificar su ubicación utilizando el entorno "GT_LAST_PATH"?
variable antes de ejecutar LTRsift. Lo mismo se aplica a la ubicación BLAST. Usar
"GT_BLAST_PATH" para especificar la ruta completa al ejecutable "blastall".
Los archivos de estilo (que describen cómo se ve el diagrama lineal de las características candidatas) se pueden
establecido a través de la variable de entorno LTRSIFT_STYLE_FILE. Se construye un estilo predeterminado sensato
en LTRsift.
Utilice ltrsift en línea utilizando los servicios de onworks.net