Este es el comando macs2 que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
macs2 - macs2 - Análisis basado en modelos para secuenciación de ChIP
DESCRIPCIÓN
uso: macs2 [-h] [--version]
{callpeak, bdgpeakcall, bdgbroadcall, bdgcmp, bdgopt, cmbreps, bdgdiff, filterdup, predictd, pileup, randsample, refinepeak}
...
macs2 -- Análisis basado en modelos para secuenciación de ChIP
posicional argumentos:
{callpeak, bdgpeakcall, bdgbroadcall, bdgcmp, bdgopt, cmbreps, bdgdiff, filterdup, predictd, pileup, randsample, refinepeak}
pico de llamada
Función MACS2 principal: Llamar a los picos a partir de los resultados de la alineación.
llamada_bdgpeak
Llamar a picos desde la salida bedGraph. Nota: Todas las regiones del mismo cromosoma en el
El archivo bedGraph debe ser continuo, por lo que solo los archivos bedGraph de MACS2 son
aceptable.
bdgbroadcall
Llame a picos amplios desde la salida bedGraph. Nota: Todas las regiones del mismo cromosoma en
el archivo bedGraph debe ser continuo, por lo que solo los archivos bedGraph de MACS2 son
aceptable.
bdgcmp Deduzca el ruido comparando dos pistas de señal en bedGraph. Nota: Todas las regiones del
mismo cromosoma en el archivo bedGraph debe ser continuo, por lo que solo los archivos bedGraph
de MACS2 son aceptables.
bdgopt Operaciones en la columna de puntuación del archivo bedGraph. Nota: todas las regiones en el mismo
cromosoma en el archivo bedGraph debe ser continuo, por lo que solo los archivos bedGraph de
MACS2 son aceptables.
cmbreps
Combine BEDGraphs de puntuaciones de réplicas. Nota: todas las regiones en el mismo
cromosoma en el archivo bedGraph debe ser continuo, por lo que solo los archivos bedGraph de
MACS2 son aceptables.
bdgdiff
Detección diferencial de picos basada en archivos de cuatro Bedgraph emparejados. Nota: todas las regiones
en el mismo cromosoma en el archivo bedGraph debe ser continuo, por lo que solo bedGraph
los archivos de MACS2 son aceptables.
filtrar
Elimine las lecturas duplicadas en la misma posición, luego convierta el formato aceptable a BED
formato.
predicho
Predecir el tamaño del fragmento a partir de los resultados de la alineación. * NO filtrará duplicados *
pileup Pileup alineó lecturas con un tamaño de extensión dado (tamaño de fragmento od en MACS
idioma). Tenga en cuenta que no habrá ningún paso para el filtrado o la secuenciación de lecturas duplicadas
escala de profundidad, por lo que es posible que deba realizar ciertos procesos previos / posteriores.
muestra aleatoria
Muestra aleatoriamente el número / porcentaje del total de lecturas.
refinar
(Experimental) Toma la alineación de lecturas sin procesar, refina las cumbres de los picos y otorga puntajes
medición del balance de etiquetas waston / crick. Inspirado en SPP.
opcional argumentos:
-h, --ayuda
mostrar este mensaje de ayuda y salir
--versión
mostrar el número de versión del programa y salir
Para las opciones de línea de comando de cada comando, escriba: macs2 COMMAND -h
Utilice macs2 en línea utilizando los servicios de onworks.net
