Este es el comando macs2_predictd que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
macs2_predictd - Análisis basado en modelos para secuenciación de ChIP
DESCRIPCIÓN
uso: macs2 predictd [-h] -i ARCHIVO [ARCHIVO...]
[-f {AUTO, BAM, SAM, BED, ELAND, ELANDMULTI, ELANDEXPORT, BOWTIE, BAMPE}]
[-g GSIZE] [-s TSIZE] [--bw BW] [-m MFOLD MFOLD] [--outdir OUTDIR] [--rfile RFILE]
[--detallado DETALLADO]
opcional argumentos:
-h, --ayuda
mostrar este mensaje de ayuda y salir
-i ARCHIVO [ARCHIVO...], --archivo ARCHIVO [ARCHIVO...]
Archivo de alineación ChIP-seq. Si se dan varios archivos como '-t AB C', entonces
todos deben leerse y combinarse. Tenga en cuenta que se supone que los datos de pares no funcionan con esto
mando. REQUERIDO.
-f {AUTO, BAM, SAM, BED, ELAND, ELANDMULTI, ELANDEXPORT, BOWTIE, BAMPE}, --formato
{AUTO, BAM, SAM, BED, ELAND, ELANDMULTI, ELANDEXPORT, BOWTIE, BAMPE}
Formato de archivo de etiqueta, "AUTO", "BED" o "ELAND" o "ELANDMULTI" o "ELANDEXPORT" o
"SAM" o "BAM" o "BOWTIE". La opción AUTO predeterminada permitirá que MACS decida qué
formato del archivo. Compruebe la definición en el archivo README si elige
ELAND / ELANDMULTI / ELANDEXPORT / SAM / BAM / BOWTIE. PREDETERMINADO: "AUTO"
-g TAMAÑOG, --tamaño TAMAÑOG
Tamaño efectivo del genoma. Puede ser 1.0e + 9 o 1000000000, o atajos: 'hs' para humano
(2.7e9), 'mm' para ratón (1.87e9), 'ce' para C. elegans (9e7) y 'dm' para mosca de la fruta
(1.2e8), predeterminado: hs
-s TAMAÑO, --Tamaño TAMAÑO
Tamaño de la etiqueta. Esto anulará el tamaño de la etiqueta detectada automáticamente. PREDETERMINADO: No establecido
--bw BW
Ancho de banda para seleccionar regiones para calcular el tamaño del fragmento. Este valor solo se usa
mientras se construye el modelo cambiante. PREDETERMINADO: 300
-m MOLDURA MFOLD, --mfold MOLDE MOLDE
Seleccione las regiones dentro del rango MFOLD de relación de enriquecimiento de alta confianza contra
antecedentes para construir el modelo. El enriquecimiento de pliegues en las regiones debe ser inferior al superior
límite y superior al límite inferior. Utilizar como "-m 10 30". PREDETERMINADO: 5 50
--outdir EXTERIOR
Si se especifica, todos los archivos de salida se escribirán en ese directorio. Predeterminado: el
directorio de trabajo actual
--rarchivo RARCHIVO
PREFIJO del nombre de archivo del script R para dibujar la figura de correlación X. PREDETERMINADO: 'predecible'
y el archivo R será predicted_model.R
--verboso VERBOSO
Establece el nivel detallado del mensaje en tiempo de ejecución. 0: solo muestra el mensaje crítico, 1: muestra
mensaje de advertencia adicional, 2: muestra la información del proceso, 3: muestra los mensajes de depuración.
PREDETERMINADO: 2
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