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mapview: en línea en la nube

Ejecute mapview en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks a través de Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS

Este es el comando mapview que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.

PROGRAMA:

NOMBRE


mummer: paquete para la alineación de secuencias de múltiples genomas

SINOPSIS


mummer-anotar
combineMUMs
adniff [opciones]o [opciones]-d<deltaarchivo>
tándems exactos
lagunas
vista del mapa [opciones]<coordsarchivo>[UTRcoordenadas][CDScoordenadas]
mgaps [-D][-F][-l][-s]
máscara [opciones]
mummerplot [opciones]<matcharchivo>
número [opciones]
nucmer2xfig
promer [opciones]
repetir partido [opciones]
correr-mummer1 <fastareferencia><fastaconsulta>[-r]
correr-mummer3 <fastareferencia><multi-fastaconsulta>
mostrar-alinear [opciones]<refID><qryID>

La entrada es la salida .delta del programa "nucmer" o "promer" pasado en el
línea de comando.

La salida es stdout y consta de todas las alineaciones entre la consulta y la referencia
secuencias identificadas en la línea de comando.

NOTA: No se realiza ninguna clasificación de forma predeterminada, por lo tanto, las alineaciones se ordenarán como se encuentra en
los aporte.
show-coords [opciones]
mostrar-snps [opciones]
mostrar-mosaico [opciones]

DESCRIPCIÓN


OPCIONES


Todas las herramientas (excepto los huecos) obedecen a las opciones -h, --help, -V y --version como lo haría uno
suponer. Esta ayuda es excelente y hace que estas páginas de manual sean básicamente obsoletas.
combineMUMs Combina MUM en extendiendo partidos fuera de los extremos y entre MUM.
es un archivo fasta de la secuencia de referencia. es un multi-
archivo fasta de las secuencias comparadas con la referencia

-D Salida única a la salida estándar de las posiciones de diferencia
y personajes
-n Permitir coincidencias solo entre nucleótidos, es decir, ACGT
-N num Break coincide con o más no ACGT consecutivos
-q etiqueta Se utiliza para etiquetar la coincidencia de la consulta
-r etiqueta Se utiliza para etiquetar la coincidencia de referencia
-S Muestra todas las diferencias en cadenas
-t La consulta de etiqueta coincide con el encabezado de consulta rápida
-v num Establece el nivel detallado para una salida adicional
-W archivo Restablece el nombre de archivo de salida predeterminado witherrors.gaps
-x No genera archivos .cover
-e Establece el límite de la tasa de error en e (por ejemplo, 0.02 es dos por ciento)
adniff Ejecute un análisis comparativo de dos conjuntos de secuencias usando nucmer y su asociado
utilidades con parámetros recomendados. Consulte la documentación de MUMmer para obtener información más detallada.
descripción de la salida. Produce los siguientes archivos de salida:

.report - Resumen de alineaciones, diferencias y SNP
.delta - Salida de alineación de numerador estándar
.1delta - alineación 1 a 1 del filtro delta -1
.mdelta: alineación M-a-M de delta-filter -m
.1coords - Coordenadas 1 a 1 de show-coords -THrcl .1delta
.mcoords - Coordenadas M-a-M de show-coords -THrcl .mdelta
.snps: SNP de show-snps -rlTHC .1delta
.rdiff: puntos de interrupción de referencia clasificados de show-diff -rH .mdelta
.qdiff: puntos de interrupción de qry clasificados de show-diff -qH .mdelta
.unref: ID y longitudes de referencia no alineadas (si corresponde)
.unqry: ID y longitudes de consultas no alineadas (si corresponde)

OBLIGATORIO:
referencia Establecer el nombre de archivo multi-FASTA de referencia de entrada
consulta Establecer el nombre de archivo multi-FASTA de la consulta de entrada
or
archivo delta Archivo de alineación .delta sin filtrar de nucmer

OPCIONES:
-d | delta Proporciona un archivo delta calculado previamente para su análisis
-h
--help Muestra información de ayuda y sale
-p | prefijo Establece el prefijo de los archivos de salida (predeterminado "out")
-V
--version Muestra la información de la versión y sale

vista del mapa
-h
--help Muestra información de ayuda y sale
-m | mag Establece la ampliación a la que se renderiza la figura,
esta es una opción para fig2dev que se usa para generar
los archivos PDF y PS (predeterminado 1.0)
-n | num Establece el número de archivos de salida utilizados para particionar el
salida, esto es para evitar generar archivos que son demasiado
grande para mostrar (predeterminado 10)
-p | prefijo Establece el prefijo del archivo de salida
(predeterminado "PROMER_graph o NUCMER_graph")
-v
--verbose Registro detallado de los archivos procesados
-V
--version Muestra la información de la versión y sale
-x1 coord Establece el límite de coordenadas inferior de la pantalla
-x2 coord Establece el límite de coordenadas superior de la pantalla
-g | ref Si el archivo de entrada lo proporciona 'mgaps', establezca el
ID de secuencia de referencia (como aparece en la primera columna
del archivo de coordenadas UTR / CDS)
-Muestro el nombre de las secuencias de consulta
-Ir Muestra el nombre de los genes de referencia
máscara Encuentre y emita (a la salida estándar) las posiciones y la longitud de todos los suficientemente largos
coincidencias máximas de una subcadena en y

-mum calcula coincidencias máximas que son únicas en ambas secuencias
-mumcand igual que -mumreference
-mumreference calcula coincidencias máximas que son únicas en
la secuencia de referencia pero no necesariamente en la secuencia de consulta
(Por defecto)
-maxmatch calcula todas las coincidencias máximas independientemente de su singularidad
-n coincide solo con los caracteres a, c, g o t
pueden estar en mayúsculas o minúsculas
-Configure la duración mínima de un partido
si no se establece, el valor predeterminado es 20
-b calcular coincidencias de complemento directo e inverso
-r solo calcula coincidencias de complemento inverso
-s muestran las subcadenas coincidentes
-c reporta la posición de consulta de una coincidencia de complemento inverso
relativo a la secuencia de consulta original
-F forzar formato de salida de 4 columnas independientemente del número de
entradas de secuencia de referencia
-L muestra la longitud de las secuencias de consulta en la línea del encabezado
numerador
nucmer genera alineaciones de nucleótidos entre dos entradas mutli-FASTA
archivos. Se generan dos archivos de salida. El archivo de salida .cluster enumera
grupos de coincidencias entre cada secuencia. El archivo .delta enumera los
distancia entre inserciones y eliminaciones que producen la máxima puntuación
alineaciones entre cada secuencia.

OBLIGATORIO:
Referencia Establecer el nombre de archivo multi-FASTA de referencia de entrada
Consulta Establecer el nombre de archivo multi-FASTA de la consulta de entrada

--mum Usa coincidencias de ancla que son únicas tanto en la referencia
y consulta
--mumcand Igual que --mumreference
--mumreference Usa coincidencias de ancla que son únicas en la referencia
pero no necesariamente único en la consulta (comportamiento predeterminado)
--maxmatch Usa todas las coincidencias de ancla independientemente de su singularidad

-b | breaklen Establece la distancia que una extensión de alineación intentará
Extienda las regiones de puntuación baja antes de darse por vencido (por defecto 200)
-c | mincluster Establece la longitud mínima de un grupo de coincidencias (por defecto 65)
- [no] delta Alterna la creación del archivo delta (por defecto --delta)
--depend Imprime la información de dependencia y sale
-d | diagfactor Establece el factor de separación de la diferencia diagonal de agrupamiento
(predeterminado 0.12)
- [no] extender Alternar el paso de extensión del clúster (predeterminado - extender)
-f
--forward Usa solo la cadena de reenvío de las secuencias de consulta
-g | maxgap Establece el espacio máximo entre dos coincidencias adyacentes en un
clúster (por defecto 90)
-h
--help Muestra información de ayuda y sale
-l | minmatch Establece la duración mínima de una única coincidencia (por defecto, 20)
-o
--coords Genera automáticamente los coords originales NUCmer1.1
archivo de salida usando el programa 'show-coords'
- [no] optimizar Alternar optimización de puntuación de alineación, es decir, si una alineación
extensión llega al final de una secuencia, retrocederá
para optimizar la puntuación de alineación en lugar de terminar la
alineación al final de la secuencia (predeterminado --optimize)
-p | prefijo Establece el prefijo de los archivos de salida (predeterminado "out")
-r
--reverse Usa solo el complemento inverso de las secuencias de consulta
- [no] simplificar Simplifique las alineaciones eliminando los grupos sombreados. Girar
esta opción desactivada si alinea una secuencia consigo misma para mirar
para repeticiones (predeterminado - simplificar)

promer
promer genera alineaciones de aminoácidos entre dos entradas de ADN mutli-FASTA
archivos. Se generan dos archivos de salida. El archivo de salida .cluster enumera
grupos de coincidencias entre cada secuencia. El archivo .delta enumera los
distancia entre inserciones y eliminaciones que producen la máxima puntuación
alineaciones entre cada secuencia. La entrada de ADN se traduce en los 6
lectura de fotogramas para generar la salida, pero las coordenadas de salida
hacer referencia a la entrada de ADN original.

OBLIGATORIO:
Referencia Establecer el archivo de ADN multi-FASTA de referencia de entrada
Consulta Establece la consulta de entrada en un archivo de ADN multi-FASTA

--mum Usa coincidencias de ancla que son únicas tanto en la referencia
y consulta
--mumcand Igual que --mumreference
--mumreference Usa coincidencias de ancla que son únicas en la referencia
pero no necesariamente único en la consulta (comportamiento predeterminado)
--maxmatch Usa todas las coincidencias de ancla independientemente de su singularidad

-b | breaklen Establece la distancia que una extensión de alineación intentará
extender las regiones de puntuación baja antes de rendirse, medido en
aminoácidos (por defecto 60)
-c | mincluster Establece la longitud mínima de un grupo de coincidencias, medida en
aminoácidos (por defecto 20)
- [no] delta Alterna la creación del archivo delta (por defecto --delta)
--depend Imprime la información de dependencia y sale
-d | diagfactor Establece el factor de separación de la diferencia diagonal de agrupamiento
(predeterminado .11)
- [no] extender Alternar el paso de extensión del clúster (predeterminado - extender)
-g | maxgap Establece el espacio máximo entre dos coincidencias adyacentes en un
grupo, medido en aminoácidos (30 por defecto)
-l | minmatch Establece la duración mínima de una única coincidencia, medida en amino
ácidos (por defecto 6)
-m | masklen Establece la longitud máxima de enmascaramiento del sujetalibros, medida en amino
ácidos (por defecto 8)
-o
--coords Genera automáticamente el PROmer1.1 ".coords" original
archivo de salida usando el programa "show-coords"
- [no] optimizar Alternar optimización de puntuación de alineación, es decir, si una alineación
extensión llega al final de una secuencia, retrocederá
para optimizar la puntuación de alineación en lugar de terminar la
alineación al final de la secuencia (predeterminado --optimize)

-p | prefijo Establece el prefijo de los archivos de salida (predeterminado "out")
-x | matriz Establece el número de matriz de alineación en 1 [BLOSUM 45],
2 [BLOSUM 62] o 3 [BLOSUM 80] (predeterminado 2)
repetir partido Encuentre todas las coincidencias máximas exactas en
-E Utiliza una búsqueda exhaustiva (lenta) para encontrar coincidencias
-f Solo hebra hacia adelante, no use complemento inverso
-n # Establece la longitud mínima de coincidencia exacta en #
-t Solo salida de repeticiones en tándem
-V # Establecer el nivel de impresión detallada (depuración) en #
mostrar-alinear
-h Mostrar información de ayuda
-q Ordenar alineaciones por la coordenada de inicio de la consulta
-r Ordenar alineaciones por la coordenada de inicio de referencia
-w int Establece el ancho de la pantalla; el valor predeterminado es 60
-x int Establece el tipo de matriz; el valor predeterminado es 2 (BLOSUM 62),
otras opciones incluyen 1 (BLOSUM 45) y 3 (BLOSUM 80)
nota: solo tiene efecto sobre las alineaciones de aminoácidos
show-coords
-b Fusiona alineaciones superpuestas independientemente del directorio de coincidencia
o marco y no muestra ninguna información de identidad.
-B Cambiar la salida a formato btab
-c Incluir información de cobertura porcentual en la salida
-d Muestra la dirección de alineación en el adicional
Columnas FRM (predeterminado para promer)
-g Opción obsoleta. Utilice 'filtro delta' en su lugar
-h Mostrar información de ayuda
-H No imprime el encabezado de salida
-I flotar Establecer el porcentaje mínimo de identidad para mostrar
-k Knockout (no mostrar) alineaciones que se superponen
otra alineación en un marco diferente en más del 50%
de su longitud, Y tienen un porcentaje menor de similitud
o son menos del 75% del tamaño de la otra alineación
(solo promer)
-l Incluir la información de la longitud de la secuencia en la salida
-L long Establece la longitud mínima de alineación para mostrar
-o Anotar alineaciones máximas entre dos secuencias, es decir
superposiciones entre las secuencias de consulta y de referencia
-q Ordena las líneas de salida por ID de consulta y coordenadas
-r Ordenar líneas de salida por ID de referencia y coordenadas
-T Cambiar la salida a formato delimitado por tabulaciones

La entrada es la salida .delta del programa "nucmer" o "promer" pasado en el
línea de comando.

La salida es estándar y consta de una lista de coordenadas, identidad porcentual y otros
información útil sobre los datos de alineación contenidos en el archivo .delta utilizado como
entrada.

NOTA: No se realiza ninguna clasificación de forma predeterminada, por lo tanto, las alineaciones se ordenarán como se encuentran.
en el aporte.
mostrar-snps
-C No informe SNP de alineaciones con un ambiguo
mapeo, es decir, solo reportar SNPs donde [R] y [Q]
columnas iguales a 0 y no generan estas columnas
-h Mostrar información de ayuda
-H No imprime el encabezado de salida
-No reporto indeles
-l Incluir información sobre la longitud de la secuencia en la salida
-q Ordenar líneas de salida por ID de consulta y posiciones SNP
-r Ordenar líneas de salida por ID de referencia y posiciones SNP
-S Especifique qué alineaciones reportar pasando
líneas de 'show-coords' a stdin
-T Cambiar a formato delimitado por tabulaciones
-x int Incluye x caracteres del contexto SNP circundante en el
salida, por defecto 0

La entrada es la salida .delta del programa nucmer o promer pasado en el comando
la línea.

La salida es estándar y consta de una lista de SNP (o sustituciones de aminoácidos para
promer) con posiciones y otra información útil. La salida se ordenará con -r de forma predeterminada
y la columna [BUFF] siempre se referirá a la secuencia cuyas posiciones se han ordenado.
Este valor especifica la distancia desde este SNP al desajuste más cercano (final de alineación,
indel, SNP, etc.) en la misma alineación, mientras que la columna [DIST] especifica la distancia
desde este SNP hasta el final de secuencia más cercano. SNP para los que las columnas [R] y [Q] son
mayor que 0 debe evaluarse con precaución, ya que estas columnas especifican el número de
otras alineaciones que se superponen a esta posición. Utilice -C para asegurarse de que los SNP solo se informen desde
regiones de alineación únicas.

mostrar-mosaico
-a Describe la ruta del mosaico imprimiendo el delimitado por tabuladores
coordenadas de la región de alineación a la salida estándar
-c Suponga que las secuencias de referencia son circulares y permita
contigs en mosaico para abarcar el origen
-g int Establecer el espacio máximo entre alineaciones agrupadas [-1, INT_MAX]
Un valor de -1 representará infinito
(número predeterminado = 1000)
(promer predeterminado = -1)
-i float Establece el porcentaje mínimo de identidad para el mosaico [0.0, 100.0]
(número predeterminado = 90.0)
(Promer predeterminado = 55.0)
-l int Establece el contig de longitud mínima para informar [-1, INT_MAX]
Un valor de -1 representará infinito
(por defecto común = 1)
-p archivo Genera una pseudo molécula de la consulta contigs en 'archivo'
-R Trata con contigs repetitivos colocándolos al azar
en una de sus ubicaciones de copia (implica -V 0)
-t archivo Genera una lista de contig estilo TIGR de cada secuencia de consulta
que coincida suficientemente con la referencia (no circular)
-u archivo Muestra las coordenadas de la región de alineación delimitadas por tabulaciones
de los contigs inutilizables para 'archivar'
-v float Establece la cobertura mínima de contig en mosaico [0.0, 100.0]
(número predeterminado = 95.0) suma de alineaciones individuales
(promer predeterminado = 50.0) extensión de la región sinténica
-V float Establece la diferencia mínima de cobertura de contig [0.0, 100.0]
es decir, la diferencia necesaria para determinar una alineación
es 'mejor' que otra alineación
(número predeterminado = 10.0) suma de alineaciones individuales
(promer predeterminado = 30.0) extensión de la región sinténica
-x Describe la ruta del mosaico imprimiendo el contig XML
vincular información a stdout

La entrada es la salida .delta del programa nucmer, se ejecuta en datos de secuencia muy similares o
la salida .delta del programa promer, se ejecuta en datos de secuencia divergente.

La salida es de salida estándar y consta de la ubicación prevista de cada consulta de alineación
contig como se asigna a las secuencias de referencia. Estas coordenadas hacen referencia a la extensión de
el contig completo de la consulta, incluso cuando solo un cierto porcentaje del contig fue realmente
alineado (a menos que se utilice la opción -a). Las columnas son, comienzan en ref, terminan en ref, distancia a
siguiente contig, longitud de este contig, cobertura de alineación, identidad, orientación e ID
respectivamente.

Use mapview en línea usando los servicios de onworks.net


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