mdrun_mpi.mpich - Online en la nube

PROGRAMA:

NOMBRE

gmx-mdrun: realiza una simulación, realiza un análisis de modo normal o una minimización de energía

SINOPSIS

gmx mdrun [-s [<.tpr>]] [-ipc [<.cpt>]] [-mesa [<.xvg>]]
[-tableta [<.xvg>]] [-mesa [<.xvg>]] [-mesa [<.xvg>]]
[-repetición [<.xtc / .trr / ...>]] [-ei [<.edi>]]
[-multidir [ [...]]] [-membrado [<.dat>]] [-mp [<.top>]]
[-Minnesota [<.ndx>]] [-o [<.trr / .cpt / ...>]] [-x [<.xtc / .tng>]]
[-cpo [<.cpt>]] [-c [<.gro / .g96 / ...>]] [-e [<.edr>]]
[-g [<.log>]] [-dhdl [<.xvg>]] [-campo [<.xvg>]]
[-tpi [<.xvg>]] [-tpid [<.xvg>]] [-eo [<.xvg>]]
[-devoto [<.xvg>]] [-runav [<.xvg>]] [-px [<.xvg>]]
[-pf [<.xvg>]] [-ro [<.xvg>]] [-real academia de bellas artes [<.log>]] [-rs [<.log>]]
[-rt [<.log>]] [-mtx [<.mtx>]] [-dn [<.ndx>]]
[-si [<.xvg>]] [-intercambio [<.xvg>]] [-deffnm ]
[-xvg ] [-dd ] [-orden ]
[-npme ] [-Nuevo Testamento ] [-ntmpi ] [-tomp ]
[-ntomp_pme ] [Pin- ] [-pinoffset ]
[-a zancadas ] [-gpu_id ] [- [no] ddcheck]
[-rdd ] [-rcon ] [-dlb ] [-dds ]
[-gcom ] [-nótese bien ] [-nstlista ] [- [no] tunepme]
[-[nov] [- [no] compacto] [-fuerza ] [- [no] reprod]
[-cpt ] [- [no] cpnum] [- [no] adjuntar] [-pasos ]
[-maxh ] [-multi ] [-reflejo ] [-siguiente ]
[-sembrado ]

DESCRIPCIÓN

Este versión of el programa will only puedes seguir mientras usando el MPICH paralelo informática
biblioteca. See mpirún(1). Utilice el normal GMX(1) programa para convencional de un solo hilo
operaciones.

GMX mdrun es el principal motor de química computacional dentro de GROMACS. Obviamente, es
realiza simulaciones de dinámica molecular, pero también puede realizar dinámica estocástica,
Minimización de energía, inserción de partículas de prueba o (re) cálculo de energías. Modo normal
el análisis es otra opción. En este caso mdrun construye una matriz de Hesse a partir de un solo
conformación. Para cálculos habituales similares a los modos normales, asegúrese de que la estructura
siempre que se minimice adecuadamente la energía. La matriz generada se puede diagonalizar mediante GMX
nmeig.

La mdrun programa lee el archivo de entrada de ejecución (-s) y distribuye la topología en rangos si
necesario. mdrun produce al menos cuatro archivos de salida. Un solo archivo de registro (-g) está escrito.
El archivo de trayectoria (-o), contiene coordenadas, velocidades y opcionalmente fuerzas. los
archivo de estructura-c) contiene las coordenadas y velocidades del último paso. La energía
archivo (-e) contiene energías, temperatura, presión, etc., muchas de estas cosas son
también impreso en el archivo de registro. Opcionalmente, las coordenadas se pueden escribir en un archivo comprimido.
archivo de trayectoria-x).

La opción -dhdl solo se utiliza cuando el cálculo de energía libre está activado.

Ejecutar mdrun eficientemente en paralelo es un tema complejo, muchos aspectos del cual son
cubierto en la Guía del usuario en línea. Debería buscar allí consejos prácticos sobre el uso de muchos
de las opciones disponibles en mdrun.

El muestreo de ED (dinámica esencial) y / o los potenciales de inundación adicionales se activan mediante
utilizando el -ei bandera seguida de una .edi archivo. los .edi archivo se puede producir con el
hacer_edi herramienta o mediante el uso de opciones en el menú essdyn del programa WHAT SI. mdrun
produce un .xvg archivo de salida que contiene proyecciones de posiciones, velocidades y fuerzas
en autovectores seleccionados.

Cuando se han seleccionado funciones potenciales definidas por el usuario en el .mdp presentar el -mesa
la opción se usa para pasar mdrun una tabla formateada con funciones potenciales. El archivo se lee
desde el directorio actual o desde el GMXLIB directorio. Varios formatos preformateados
Las tablas se presentan en el GMXLIB dir, para 6-8, 6-9, 6-10, 6-11, 6-12 Lennard-Jones
potenciales con Coulomb normal. Cuando hay interacciones entre pares, se crea una tabla separada para
par de funciones de interacción se lee utilizando el -mesa .

Cuando las funciones vinculadas tabuladas están presentes en la topología, las funciones de interacción se
leer usando el -mesa opción. Para cada interacción tabulada diferente, escriba la tabla
El nombre del archivo se modifica de una manera diferente: antes de la extensión del archivo se muestra un guión bajo
anexada, luego una 'b' para enlaces, una 'a' para ángulos o una 'd' para diedros y finalmente la
número de tabla del tipo de interacción.

Las opciones -px y -pf se utilizan para escribir las coordenadas COM de tracción y las fuerzas al tirar
está seleccionado en el .mdp .

Por último, se pueden probar algunos algoritmos experimentales cuando se han obtenido las opciones adecuadas.
dado. Actualmente están bajo investigación: polarizabilidad.

La opción -membrado hace lo que solía ser g_membed, es decir, incrustar una proteína en una membrana.
Este módulo requiere una serie de configuraciones que se proporcionan en un archivo de datos que es el
argumento de esta opción. Para obtener más detalles sobre la incrustación de membranas, consulte la documentación en
la guía del usuario. Las opciones -Minnesota y -mp se utilizan para proporcionar los archivos de índice y topología
utilizado para la incrustación.

La opción -fuerza es útil cuando sospecha que una simulación falla debido a una
efectivo. Con esta opción coordenadas y fuerzas de átomos con una fuerza mayor que un
cierto valor se imprimirá en stderr.

Los puntos de control que contienen el estado completo del sistema se escriben a intervalos regulares.
(opción -cpt) al archivo -cpo, a menos que la opción -cpt está establecido en -1. El punto de control anterior
está respaldado en estado_prev.cpt para asegurarse de que un estado reciente del sistema sea siempre
disponible, incluso cuando la simulación finaliza mientras se escribe un punto de control. Con -cpnum
Todos los archivos de puntos de control se guardan y se adjuntan con el número de paso. Una simulación puede ser
continuó leyendo el estado completo del archivo con la opción -ipc. Esta opción es inteligente
de la forma en que si no se encuentra ningún archivo de punto de control, GROMACS simplemente asume una ejecución normal y
comienza desde el primer paso de la .tpr expediente. De forma predeterminada, la salida se agregará a
los archivos de salida existentes. El archivo de punto de control contiene sumas de verificación de todos los archivos de salida,
de modo que nunca perderá datos cuando algunos archivos de salida se modifiquen, corrompan o
remoto. Hay tres escenarios con -ipc:

* no hay archivos con nombres coincidentes: se escriben nuevos archivos de salida

* todos los archivos están presentes con nombres y sumas de verificación que coinciden con los almacenados en el punto de control
archivo: los archivos se adjuntan

* de lo contrario, no se modifican archivos y se genera un error fatal

Con -noagregar Se abren nuevos archivos de salida y se agrega el número de pieza de simulación a todos
nombres de archivos de salida. Tenga en cuenta que en todos los casos no se cambia el nombre del archivo de punto de control y
se sobrescribirá, a menos que su nombre no coincida con el -cpo .

Con el punto de control, la salida se agrega a los archivos de salida escritos previamente, a menos que
-noagregar se utiliza o ninguno de los archivos de salida anteriores está presente (excepto para el
archivo de punto de control). La integridad de los archivos que se adjuntarán se verifica mediante sumas de comprobación.
que se almacenan en el archivo de punto de control. Esto asegura que la salida no se pueda mezclar o
dañado debido al archivo adjunto. Cuando solo están presentes algunos de los archivos de salida anteriores,
se genera un error fatal y no se modifican archivos de salida antiguos ni archivos de salida nuevos
están abiertos. El resultado con la adición será el mismo que con una sola ejecución. los
El contenido será binario idéntico, a menos que use un número diferente de rangos o dinámicas
el equilibrio de carga o la biblioteca FFT utiliza optimizaciones a través del tiempo.

Con la opción -maxh se termina una simulación y se escribe un archivo de punto de control en la primera
paso de búsqueda de vecino donde el tiempo de ejecución excede -maxh* 0.99 horas. Esta opcion es
particularmente útil en combinación con el ajuste npasos a -1 ya sea en el mdp o usando
la opción de línea de comando con un nombre similar. Esto da como resultado una ejecución infinita, terminada solo
cuando el límite de tiempo establecido por -maxh se alcanza (si corresponde) o al recibir una señal.

¿Cuándo? mdrun recibe una señal TERM, establecerá npasos en el paso actual más uno. Cuando
mdrun recibe una señal INT (por ejemplo, cuando se presiona ctrl + C), se detendrá después de la siguiente
Paso de búsqueda de vecinos (con nstlist = 0 en el siguiente paso). En ambos casos todo lo habitual
la salida se escribirá en el archivo. Cuando se ejecuta con MPI, una señal a uno de los mdrun Ocupa el lugar
es suficiente, esta señal no debe enviarse a mpirun o al mdrun proceso que es el
padre de los demás.

La dinámica molecular interactiva (IMD) se puede activar utilizando al menos uno de los tres
Interruptores de IMD: -imdterm permite terminar la simulación desde el
visor molecular (por ejemplo, VMD). Con -esperar, mdrun hace una pausa cuando no hay ningún cliente IMD
conectado. La extracción desde el control remoto IMD se puede activar -imdpull. El puerto mdrun
escucha puede ser alterado por -importar.El archivo apuntado por -si contiene índices de átomos y
fuerzas si se utiliza tracción IMD.

¿Cuándo? mdrun se inicia con MPI, no se ejecuta correctamente de forma predeterminada.

OPCIONES

Opciones para especificar archivos de entrada:

-s [<.tpr>] (topol.tpr)
Archivo de entrada de ejecución xdr portátil

-ipc [<.cpt>] (estado.cpt) (Opcional)
Archivo de punto de control

-mesa [<.xvg>] (tabla.xvg) (Opcional)
archivo xvgr / xmgr

-tableta [<.xvg>] (tabletf.xvg) (Opcional)
archivo xvgr / xmgr

-mesa [<.xvg>] (tablap.xvg) (Opcional)
archivo xvgr / xmgr

-mesa [<.xvg>] (tabla.xvg) (Opcional)
archivo xvgr / xmgr

-repetición [<.xtc / .trr / ...>] (reejecutar.xtc) (Opcional)
Trayectoria: xtc trr CPT gro g96 pdb tng

-ei [<.edi>] (sam.edi) (Opcional)
Entrada de muestreo ED

-multidir [ [...]] (correr) (Opcional)
Ejecutar directorio

-membrado [<.dat>] (miembro.dat) (Opcional)
Archivo de datos genéricos

-mp [<.top>] (miembro superior) (Opcional)
Archivo de topología

-Minnesota [<.ndx>] (miembro.ndx) (Opcional)
Archivo de índice

Opciones para especificar archivos de salida:

-o [<.trr / .cpt / ...>] (traj.trr)
Trayectoria de precisión total: trr CPT tng

-x [<.xtc / .tng>] (traj_comp.xtc) (Opcional)
Trayectoria comprimida (formato tng o formato xdr portátil)

-cpo [<.cpt>] (estado.cpt) (Opcional)
Archivo de punto de control

-c [<.gro / .g96 / ...>] (confout.gro)
Archivo de estructura: gro g96 pdb brk ent esp

-e [<.edr>] (ener.edr)
Archivo de energía

-g [<.log>] (md.log)
Archivo de registro

-dhdl [<.xvg>] (dhdl.xvg) (Opcional)
archivo xvgr / xmgr

-campo [<.xvg>] (campo.xvg) (Opcional)
archivo xvgr / xmgr

-tpi [<.xvg>] (tpi.xvg) (Opcional)
archivo xvgr / xmgr

-tpid [<.xvg>] (tpidist.xvg) (Opcional)
archivo xvgr / xmgr

-eo [<.xvg>] (edsam.xvg) (Opcional)
archivo xvgr / xmgr

-devoto [<.xvg>] (desviación.xvg) (Opcional)
archivo xvgr / xmgr

-runav [<.xvg>] (runaver.xvg) (Opcional)
archivo xvgr / xmgr

-px [<.xvg>] (pullx.xvg) (Opcional)
archivo xvgr / xmgr

-pf [<.xvg>] (pulf.xvg) (Opcional)
archivo xvgr / xmgr

-ro [<.xvg>] (rotación.xvg) (Opcional)
archivo xvgr / xmgr

-real academia de bellas artes [<.log>] (rotangles.log) (Opcional)
Archivo de registro

-rs [<.log>] (rotslabs.registro) (Opcional)
Archivo de registro

-rt [<.log>] (rottorque.log) (Opcional)
Archivo de registro

-mtx [<.mtx>] (nm.mtx) (Opcional)
matriz Hessiana

-dn [<.ndx>] (dipolo.ndx) (Opcional)
Archivo de índice

-si [<.xvg>] (imdforces.xvg) (Opcional)
archivo xvgr / xmgr

-intercambio [<.xvg>] (intercambios.xvg) (Opcional)
archivo xvgr / xmgr

Otras opciones

-deffnm
Establecer el nombre de archivo predeterminado para todas las opciones de archivo

-xvg
formato de trazado xvg: xmgrace, xmgr, none

-dd (0 0 0)
Cuadrícula de descomposición de dominio, 0 es optimizar

-orden (intercalar)
Orden de clasificación DD: intercalado, pp_pme, cartesiano

-npme (-1)
Número de rangos separados que se utilizarán para PME, -1 es una suposición

-Nuevo Testamento (0)
Número total de subprocesos para comenzar (0 es una suposición)

-ntmpi (0)
Número de subprocesos MPI de subprocesos para iniciar (0 es una suposición)

-tomp (0)
Número de subprocesos OpenMP por rango MPI para comenzar (0 es una suposición)

-ntomp_pme (0)
Número de subprocesos OpenMP por rango MPI para comenzar (0 es -ntomp)

Pin- (auto)
Si mdrun debería intentar establecer afinidades de subprocesos: automático, activado, desactivado

-pinoffset (0)
El número de núcleo lógico más bajo al que mdrun debe anclar el primer hilo

-a zancadas (0)
Distancia de fijación en núcleos lógicos para subprocesos, use 0 para minimizar el número de
subprocesos por núcleo físico

-gpu_id
Lista de ID-s de dispositivo GPU para usar, especifica el rango PP por nodo a la asignación de GPU

- [no] ddcheck (si)
Verifique todas las interacciones vinculadas con DD

-rdd (0)
La distancia máxima para interacciones enlazadas con DD (nm), 0 se determina a partir de
coordenadas iniciales

-rcon (0)
Distancia máxima para P-LINCS (nm), 0 es una estimación

-dlb (auto)
Equilibrio de carga dinámico (con DD): automático, no, sí

-dds (0.8)
Fracción en (0,1) por cuyo recíproco el tamaño de celda DD inicial aumentará en
para proporcionar un margen en el que el equilibrio dinámico de carga pueda actuar conservando
el tamaño mínimo de celda.

-gcom (-1)
Frecuencia de comunicación global

-nótese bien (auto)
Calcule las interacciones no vinculadas en: auto, cpu, gpu, gpu_cpu

-nstlista (0)
Establezca nstlist cuando utilice una tolerancia de búfer de Verlet (0 es una suposición)

- [no] tunepme (si)
Optimice la carga de PME entre rangos de PP / PME o GPU / CPU

-[nov (no)
Sea fuerte y ruidoso

- [no] compacto (si)
Escribe un archivo de registro compacto

-fuerza (-1)
Imprima todas las fuerzas más grandes que esto (kJ / mol nm)

- [no] reprod (no)
Intente evitar optimizaciones que afecten a la reproducibilidad binaria

-cpt (15)
Intervalo del punto de control (minutos)

- [no] cpnum (no)
Mantener y numerar archivos de puntos de control

- [no] adjuntar (si)
Anexar a los archivos de salida anteriores al continuar desde el punto de control en lugar de agregar
el número de parte de la simulación para todos los nombres de archivo

-pasos (-2)
Ejecute este número de pasos, anula la opción de archivo .mdp (-1 significa infinito, -2 significa
use la opción mdp, más pequeña no es válida)

-maxh (-1)
Terminar después de 0.99 veces este tiempo (horas)

-multi (0)
Realiza múltiples simulaciones en paralelo

-reflejo (0)
Intente el intercambio de réplicas periódicamente con este período (pasos)

-siguiente (0)
Número de intercambios aleatorios para realizar cada intervalo de intercambio (N ^ 3 es uno
sugerencia). -nex cero o no especificado proporciona un intercambio de réplicas vecinas.

-sembrado (-1)
Semilla para intercambio de réplicas, -1 es generar una semilla

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