mia-3dprealign-nonrigid: en línea en la nube

PROGRAMA:

NOMBRE

mia-3dprealign-nonrigid: registro de una serie de imágenes 3D.

SINOPSIS

mia-3dprealign-no rígido -i -o [opciones]

DESCRIPCIÓN

mia-3dprealign-no rígido Este programa ejecuta el registro no rígido de una serie de imágenes por
primero registrando un subconjunto ya alineado de las imágenes a una referencia, y luego por
registrando el resto de imágenes utilizando referencias sintéticas. Es una versión 3D de G.
Wollny, MJ Ledesma-Cabryo, P. Kellman y A. Santos, "Explotando la cuasiperiodicidad en
Corrección de movimiento de la respiración libre, "Transacciones IEEE sobre imágenes médicas, 29(8), 2010.

CAMPUS

Archivo-IO
-i --in-file = (entrada, obligatorio); io
ingrese imágenes siguiendo el patrón de nomenclatura nameXXXX.ext Para archivo compatible
tipos ver PLUGINS: 3dimage / io

-o --out-file = (salida, obligatorio); io
base de nombre de archivo para archivos registrados dada como cadena de formato C Para admitido
tipos de archivo ver PLUGINS: 3dimage / io

- guardar-referencias
Guarde referencias sintéticas a archivos refXXXX.v

Condiciones previas & preprocesamiento
-k --skip = 0
Omitir imágenes al comienzo de la serie Omitir imágenes al comienzo de la serie

--preskip = 20
Omitir imágenes al principio + omitir la serie al buscar alta
Contrats image Omitir imágenes al principio + omitir la serie al buscar
para imagen de altos contrastes

--postskip = 2
Omitir imágenes al final de la serie cuando busque contrastes altos
imageOmitir imágenes al final de la serie cuando busque contrastes altos
imagen

--máx-candidatos = 20
número máximo de candidatos para imagen de referencia global número máximo de
candidatos a imagen de referencia global

-S --cost-series = image: cost = [ngf: eval = ds]
Función const a utilizar para el análisis de la función seriesConst a utilizar
para el análisis de la serie Para complementos compatibles, consulte
PLUGINS: 3dimage / fullcost

--ref-idx =
guardar el número de índice de referencia en este archivo

-R --referencia-global = -1
guardar el número de índice de referencia en este archivo guardar el número de índice de referencia en este
presentar

-D --max-subconjunto-delta = 0
Delta máximo entre dos elementos del subconjunto prealineado
entre dos elementos del subconjunto prealineado

Registro
-O --optimizer = gsl: opt = gd, step = 0.01
Optimizador utilizado para la minimización Optimizador utilizado para la minimización Para
complementos compatibles ver PLUGINS: minimizer / singlecost

-l --mr-niveles = 3
niveles de resolución múltiple niveles de resolución múltiple

-f --transForm = spline
tipo de transformación tipo de transformación Para conocer los complementos compatibles, consulte
PLUGINS: 3dimage / transform

-1 --cost-subset = image: cost = [ngf: eval = ds]
Función de coste para el registro durante el registro de subconjunto Función de coste
para el registro durante el registro del subconjunto Para complementos compatibles, consulte
PLUGINS: 3dimage / fullcost

-2 --cost-final = image: cost = ssd
Función de coste para el registro durante el registro final Función de coste
para el registro durante el registro final Para conocer los complementos compatibles, consulte
PLUGINS: 3dimage / fullcost

Ayuda & Info
-V --verbose = advertencia
verbosidad de la salida, imprimir mensajes de nivel dado y prioridades más altas.
Las prioridades admitidas que comienzan en el nivel más bajo son:
info - Mensajes de bajo nivel
rastrear - Seguimiento de llamadas a funciones
fallar - Informar fallas en las pruebas
advertencia - Advertencias
error - Informar errores
depurar - Salida de depuración
mensaje - Mensajes normales
fatal - Informar solo errores fatales

--derechos de autor
imprimir información de derechos de autor

-h --ayuda
imprime esta ayuda

-? --uso
imprimir una breve ayuda

--versión
imprima el número de versión y salga

Procesamiento
--threads = -1
Número máximo de subprocesos a utilizar para el procesamiento, este número debe ser menor
o igual al número de núcleos de procesador lógico en la máquina. (-1:
estimación automática) .Número máximo de subprocesos a utilizar para el procesamiento, esto
El número debe ser menor o igual al número de núcleos de procesador lógico en
la máquina. (-1: estimación automática).

COMPLEMENTOS: 1d / spacialkernel

cdiff Se utilizan condiciones de límite de espejo, núcleo de filtro de diferencia central.

(sin parámetros)

gauss kernel de filtro de Gauss espacial, los parámetros admitidos son:

w = 1; uint en [0, inf)
la mitad del ancho del filtro.

COMPLEMENTOS: 1d / splinebc

espejo Condiciones de límite de interpolación de splines que reflejan el límite

(sin parámetros)

repetir Condiciones de límite de interpolación de splines que repiten el valor en el límite

(sin parámetros)

cero Condiciones de límite de interpolación spline que asumen cero para valores fuera

(sin parámetros)

COMPLEMENTOS: 1d / splinekernel

bspline Creación de kernel B-spline, los parámetros admitidos son:

d = 3; int en [0, 5]
Grado de spline.

mamás Creación de kernel OMoms-spline, los parámetros admitidos son:

d = 3; int en [3, 3]
Grado de spline.

COMPLEMENTOS: 3dimagen / combinador

absdiff Combinador de imágenes 'absdiff'

(sin parámetros)

add Combinador de imágenes 'agregar'

(sin parámetros)

div Combinador de imágenes 'div'

(sin parámetros)

mul Combinador de imágenes 'mul'

(sin parámetros)

por debajo Combinador de imágenes 'sub'

(sin parámetros)

COMPLEMENTOS: 3dimagen / costo

lncc correlación cruzada local normalizada con soporte de enmascaramiento, parámetros soportados
son:

w = 5; uint en [1, 256]
la mitad del ancho de la ventana utilizada para evaluar la cruz localizada
correlación.

mi Información mutua basada en parzen spline. Los parámetros admitidos son:

cortar = 0; flotar en [0, 40]
Porcentaje de píxeles para cortar a intensidades altas y bajas para eliminar
valores atípicos.

mbins = 64; uint en [1, 256]
Número de contenedores de histograma utilizados para la imagen en movimiento.

núcleo = [bspline: d = 3]; fábrica
Núcleo de spline para hinstogram parzen de imágenes en movimiento. Para complementos compatibles
ver PLUGINS: 1d / splinekernel

bins = 64; uint en [1, 256]
Número de contenedores de histograma utilizados para la imagen de referencia.

núcleo = [bspline: d = 0]; fábrica
Núcleo de spline para el hinstograma de parzen de la imagen de referencia. Para enchufe compatible
ins ver PLUGINS: 1d / splinekernel

ICONA correlación cruzada normalizada.

(sin parámetros)

ngf Esta función evalúa la similitud de la imagen según el gradiente normalizado
los campos. Dados los campos de gradiente normalizados $ _S $ de la imagen src y $ _R $ de la
ref image se implementan varios evaluadores., los parámetros admitidos son:

eval = ds; dictar
subtipo de complemento (sq, ds, dot, cross). Los valores admitidos son:
ds - cuadrado de diferencia escalada
punto - núcleo de producto escalar
cruzar - núcleo de producto cruzado

SSD Costo de la imagen 3D: suma de las diferencias cuadradas, los parámetros admitidos son:

umbral automático = 0; flotar en [0, 1000]
Utilice el enmascaramiento automático de la imagen en movimiento tomando solo valores de intensidad
en cuentas que son mayores que el umbral dado.

norma = 0; booleano
Establezca si la métrica debe normalizarse por el número de píxeles de la imagen.

ssd-automáscara
Costo de la imagen 3D: suma de las diferencias cuadradas, con el enmascaramiento automático basado en
umbrales, los parámetros admitidos son:

trillar = 0; doble
Valor de intensidad umbral para la imagen de referencia.

trillar = 0; doble
Valor de intensidad de umbral para la imagen de origen.

COMPLEMENTOS: 3dimagen / filtro

paso de banda filtro de paso de banda de intensidad, los parámetros admitidos son:

max = 3.40282e + 38; flotador
máximo de la banda.

min = 0; flotador
mínimo de la banda.

binarizar filtro de binarización de imagen, los parámetros admitidos son:

max = 3.40282e + 38; flotador
máximo del rango aceptado.

min = 0; flotador
mínimo del rango aceptado.

Cerrar cierre morfológico, los parámetros soportados son:

indirecta = negro; cuerda
una pista sobre el contenido de la imagen principal (negro | blanco).

dar forma a = [esfera: r = 2]; fábrica
elemento estructurante. Para conocer los complementos compatibles, consulte PLUGINS: 3dimage / shape

combinar Combine dos imágenes con el operador de combinación dado. si 'reverse' se establece en
falso, el primer operador es la imagen pasada a través de la canalización del filtro, y
la segunda imagen se carga desde el archivo dado con el parámetro 'imagen' el
En el momento en que se ejecuta el filtro, los parámetros admitidos son:

imagen = (entrada, requerido, cadena)
segunda imagen que se necesita en el combinador.

op = (requerido, fábrica)
Combinador de imágenes para aplicar a las imágenes. Para conocer los complementos compatibles, consulte
PLUGINS: 3dimage / combinador

marcha atrás = 0; booleano
invertir el orden en que las imágenes pasaron al combinador.

convertir filtro de conversión de formato de píxeles de imagen, los parámetros admitidos son:

a = 1; flotador
parámetro de conversión lineal a.

b = 0; flotador
parámetro de conversión lineal b.

mapa = opt; dictar
mapeo de conversión. Los valores admitidos son:
optar - aplicar una transformación lineal que asigne el rango de entrada real a
el rango de salida completo
distancia - aplicar transformación lineal que mapea el tipo de datos de entrada
rango al rango del tipo de datos de salida
copia - copiar datos al convertir
lineal - aplicar transformación lineal x -> a * x + b
optstat - aplicar una transformada lineal que mapee en función de la media de entrada y
variación al rango de salida completo

representante = ubyte; dictar
tipo de píxel de salida. Los valores admitidos son:
ninguna - sin tipo de píxel definido
flotar - coma flotante de 32 bits
sbyte - firmado de 8 bits
largo - 64 bits sin firmar
doble - coma flotante de 64 bits
sint - firmado de 32 bits
corto - 16 bits sin firmar
corto - firmado de 16 bits
uint - 32 bits sin firmar
largo - firmado de 64 bits
poco - datos binarios
UBYTE - 8 bits sin firmar

cultivo Recorta una región de una imagen, la región siempre se sujeta a la imagen original
tamaño en el sentido de que se mantiene el rango dado., los parámetros admitidos son:

final = [[4294967295,4294967295,4294967295]]; transmitible
fin del rango de cultivo, máximo = (-1, -1, -1).

comienzo = [[0,0,0]]; transmitible
comienzo del rango de cultivo.

se expande Filtro de dilatación de pila de imágenes 3d, los parámetros admitidos son:

indirecta = negro; cuerda
una pista sobre el contenido de la imagen principal (negro | blanco).

dar forma a = [esfera: r = 2]; fábrica
elemento estructurante. Para conocer los complementos compatibles, consulte PLUGINS: 3dimage / shape

distancia Evalúe la transformación de distancia 3D de una imagen. Si la imagen es una máscara binaria,
entonces el resultado de la transformación de distancia en cada punto corresponde a la Euclidiana
distancia a la máscara. Si la imagen de entrada tiene un valor de píxel escalar, entonces la
este escalar se interpreta como campo alto y el valor por píxel se suma al
distancia.

(sin parámetros)

bajar de escala Reducir la escala de la imagen de entrada utilizando un tamaño de bloque determinado para definir la escala descendente
factor. Antes de escalar la imagen se filtra mediante un filtro de suavizado para
elimine los datos de alta frecuencia y evite los artefactos de alias., compatible
los parámetros son:

b = [[1,1,1]]; 3dlímites
tamaño de bloque.

bx = 1; uint en [1, inf)
tamaño de bloque en la dirección x.

by = 1; uint en [1, inf)
tamaño de bloque en la dirección y.

bz = 1; uint en [1, inf)
tamaño de bloque en la dirección z.

núcleo = gauss; cuerda
kernel de filtro de suavizado que se va a aplicar, se estima el tamaño del filtro
basado en el tamaño del bloque ..

erosionar Filtro de erosión de pila de imágenes 3d, los parámetros admitidos son:

indirecta = negro; cuerda
una pista sobre el contenido de la imagen principal (negro | blanco).

dar forma a = [esfera: r = 2]; fábrica
elemento estructurante. Para conocer los complementos compatibles, consulte PLUGINS: 3dimage / shape

gauss filtro gauss 3D isotrópico, los parámetros admitidos son:

w = 1; int en [0, inf)
parámetro de ancho de filtro.

norma graduada Imagen 3D a filtro de norma de degradado

(sin parámetros)

mascarilla Utilice una máscara binaria de entrada y una imagen de escala de grises de referencia para hacer crecer la región
agregando los píxeles de la vecindad de un píxel ya agregado si tienen un menor
intensidad que está por encima del umbral dado., los parámetros admitidos son:

min = 1; flotador
umbral más bajo para el crecimiento de la máscara.

ref. = (entrada, requerido, cadena)
imagen de referencia para el crecimiento de la región de la máscara.

dar forma a = 6n; fábrica
máscara de barrio. Para conocer los complementos compatibles, consulte PLUGINS: 3dimage / shape

invertir filtro de inversión de intensidad

(sin parámetros)

isovoxel Este filtro escala una imagen para hacer que el tamaño del vóxel sea isométrico y su tamaño a
corresponden al valor dado, los parámetros admitidos son:

interpretar = [bspline: d = 3]; fábrica
kernel de interpolación que se utilizará. Para conocer los complementos compatibles, consulte
PLUGINS: 1d / splinekernel

tamaño = 1; flotar en (0, inf)
tamaño de vóxel objetivo isométrico.

k significa Filtro k-medias de imagen 3D. En la imagen de salida, el valor de píxel representa el
la pertenencia a la clase y los centros de la clase se almacenan como atributo en la imagen.
los parámetros admitidos son:

c = 3; int en [2, inf)
número de clases.

Label Un filtro para etiquetar los componentes conectados de una imagen binaria., Compatible
los parámetros son:

n = 6n; fábrica
máscara de barrio. Para conocer los complementos compatibles, consulte PLUGINS: 3dimage / shape

mapa de etiquetas Filtro de imagen para reasignar identificadores de etiquetas. Solo aplicable a imágenes con valor entero
intensidades / etiquetas., los parámetros admitidos son:

mapa = (entrada, requerido, cadena)
Archivo de mapeo de etiquetas.

escala de etiquetas
Un filtro que solo crea vóxeles de salida que ya están creados en la entrada.
imagen. El escalado se realiza mediante algoritmos de votación que seleccionan el objetivo.
valor de píxel basado en el recuento de píxeles más alto de una determinada etiqueta en el
región de origen correspondiente. Si la región comprende dos etiquetas con el mismo
cuenta, gana el que tenga el número más bajo. Los parámetros admitidos son:

enorme = (requerido, 3dbounds)
tamaño objetivo dado como dos valores separados por coma.

carga Cargue la imagen de entrada de un archivo y utilícela para reemplazar la imagen actual en el
pipeline., los parámetros admitidos son:

presentar = (entrada, requerido, cadena)
nombre del archivo de entrada desde el que cargar ..

lvdownscale
Este es un filtro de escala de votación de etiquetas. Adopta una imagen 3D por bloques.
Para cada bloque, la etiqueta (distinta de cero) que aparece la mayoría de las veces en el bloque es
emitido como píxel de salida en la imagen de destino. Si dos etiquetas aparecen con el mismo número
A menudo, gana el que tiene el valor absoluto más bajo. Los parámetros admitidos son:

b = [[1,1,1]]; 3dlímites
tamaño de bloque para la reducción de escala. Cada bloque estará representado por un píxel
en la imagen de destino ...

máscara Enmascara una imagen, una imagen se toma de la lista de parámetros y la otra de
la entrada de filtro normal. Ambas imágenes deben tener las mismas dimensiones y una debe
ser binario. Los atributos de la imagen que llega a través de la canalización del filtro son
Preservado. El tipo de píxel de salida corresponde a la imagen de entrada que no es
binary., los parámetros admitidos son:

Las opciones de entrada = (entrada, requerido, cadena)
segundo nombre de archivo de imagen de entrada.

personalizado Filtro medio de imagen 3D, los parámetros admitidos son:

w = 1; int en [1, inf)
la mitad del ancho del filtro.

media filtro 3d mediano, los parámetros admitidos son:

w = 1; int en [1, inf)
parámetro de ancho de filtro.

mlv Media de la mínima varianza del filtro de imagen 3D, los parámetros admitidos son:

w = 1; int en [1, inf)
parámetro de ancho de filtro.

msnormalizador
Filtro de normalización media-sigma de imagen 3D, los parámetros admitidos son:

w = 1; int en [1, inf)
la mitad del ancho del filtro.

habiertos Los parámetros morfológicos abiertos y admitidos son:

indirecta = negro; cuerda
una pista sobre el contenido de la imagen principal (negro | blanco).

dar forma a = [esfera: r = 2]; fábrica
elemento estructurante. Para conocer los complementos compatibles, consulte PLUGINS: 3dimage / shape

reorientar Filtro de reorientación de imagen 3D, los parámetros admitidos son:

mapa = xyz; dictar
mapeo de oriantación que se aplicará. Los valores admitidos son:
p-zxy - permuta x-> y-> z-> x
r-x180 - girar alrededor del eje x en el sentido de las agujas del reloj 180 grados
xyz - mantener la orientación
p-yzx - permuta x-> z-> y-> x
rz180 - girar alrededor del eje z en el sentido de las agujas del reloj 180 grados
r-y270 - girar alrededor del eje y en el sentido de las agujas del reloj 270 grados
fxz - voltear xz
f-yz - voltear yz
r-x90 - girar alrededor del eje x en el sentido de las agujas del reloj 90 grados
r-y90 - girar alrededor del eje y en el sentido de las agujas del reloj 90 grados
r-x270 - girar alrededor del eje x en el sentido de las agujas del reloj 270 grados
rz270 - girar alrededor del eje z en el sentido de las agujas del reloj 270 grados
rz90 - girar alrededor del eje z en el sentido de las agujas del reloj 90 grados
f-xy - voltear xy
r-y180 - girar alrededor del eje y en el sentido de las agujas del reloj 180 grados

cambiar el tamaño Cambiar el tamaño de una imagen. Los datos originales se centran dentro de la imagen de nuevo tamaño.
los parámetros admitidos son:

tamaño = [[0,0,0]]; transmitible
nuevo tamaño de la imagen, un tamaño 0 indica para mantener el tamaño para el
dimensión correspondiente ..

lijar filtro 3d de sal y pimienta, los parámetros admitidos son:

trillar = 100; flotar en [0, inf)
valor de umbral.

w = 1; int en [1, inf)
parámetro de ancho de filtro.

escala Filtro de imagen 3D que se escala a un tamaño de destino determinado, los parámetros admitidos son:

interpretar = [bspline: d = 3]; fábrica
kernel de interpolación que se utilizará. Para conocer los complementos compatibles, consulte
PLUGINS: 1d / splinekernel

s = [[0,0,0]]; 3dlímites
tamaño de destino para configurar todos los componentes a la vez (componente 0: use la imagen de entrada
Talla).

sx = 0; uint en [0, inf)
tamaño de destino en la dirección x (0: use el tamaño de la imagen de entrada).

sy = 0; uint en [0, inf)
tamaño objetivo en la dirección y (0: use el tamaño de la imagen de entrada).

sz = 0; uint en [0, inf)
tamaño objetivo en la dirección y (0: use el tamaño de la imagen de entrada).

seleccionar grande Un filtro que crea una máscara binaria que representa la intensidad con la mayor
recuento de píxeles El valor de píxel 0 se ignorará, y si dos intensidades tienen la
mismo recuento de píxeles, el resultado no está definido. El píxel de entrada debe tener un
tipo de píxel integral.

(sin parámetros)

sepconv Filtro de convolución separado de intensidad de imagen 3D, los parámetros admitidos son:

kx = [gauss: w = 1]; fábrica
filtrar el núcleo en la dirección x. Para conocer los complementos compatibles, consulte
PLUGINS: 1d / spacialkernel

ky = [gauss: w = 1]; fábrica
filtrar el núcleo en la dirección y. Para conocer los complementos compatibles, consulte
PLUGINS: 1d / spacialkernel

kz = [gauss: w = 1]; fábrica
filtrar el núcleo en la dirección z. Para conocer los complementos compatibles, consulte
PLUGINS: 1d / spacialkernel

sws cabeza de agua sembrada. El algoritmo extrae exactamente tantas regiones como inicial
Las etiquetas se dan en la imagen inicial. Los parámetros admitidos son:

grad = 0; booleano
Interprete la imagen de entrada como degradado. .

marca = 0; booleano
Marque las cuencas hidrográficas segmentadas con un valor de escala de grises especial.

n = [esfera: r = 1]; fábrica
Vecindario para la región de la cabecera del agua en crecimiento. Para conocer los complementos compatibles, consulte
PLUGINS: 3dimagen / forma

dispersores = (entrada, requerido, cadena)
imagen de entrada inicial que contiene las etiquetas para las regiones iniciales.

tee Guarde la imagen de entrada en un archivo y también páselo al siguiente filtro,
los parámetros admitidos son:

presentar = (salida, requerido, cadena)
nombre del archivo de salida para guardar la imagen también.

afinar Adelgazamiento morfológico 3D, basado en: Lee y Kashyap, 'Building Skeleton Models
a través de algoritmos de adelgazamiento de eje / superficie medial 3-D, modelos gráficos e imagen
Procesando, 56(6): 462-478, 1994. Esta implementación solo es compatible con 26
vecindario.

(sin parámetros)

transformar Transforma la imagen de entrada con la transformación dada., Parámetros admitidos
son:

presentar = (entrada, requerido, cadena)
Nombre del archivo que contiene la transformación.

imglímite =; cuerda
anular las condiciones de contorno de interpolación de imágenes.

imgkernel =; cuerda
anular el kernel del interpolador de imágenes.

diferencia Filtro de variación de imagen 3D, los parámetros admitidos son:

w = 1; int en [1, inf)
la mitad del ancho del filtro.

ws segmentación básica de la cabecera. Los parámetros admitidos son:

evaluación = 0; booleano
Establézcalo en 1 si la imagen de entrada no representa una imagen de norma de degradado.

marca = 0; booleano
Marque las cuencas hidrográficas segmentadas con un valor de escala de grises especial.

n = [esfera: r = 1]; fábrica
Vecindario para la región de la cabecera del agua en crecimiento. Para conocer los complementos compatibles, consulte
PLUGINS: 3dimagen / forma

trillar = 0; flotar en [0, 1)
Umbral normativo de gradiente relativo. El valor umbral del valor real es
thresh * (max_grad - min_grad) + min_grad. Bassins separados por gradientes
con una norma inferior se unirá.

COMPLEMENTOS: 3dimage / fullcost

imagen Función de costo de similitud de imagen generalizada que también maneja múltiples resoluciones
Procesando. La medida de similitud real se da es un parámetro adicional.
los parámetros admitidos son:

el costo = ssd; fábrica
Núcleo de función de coste. Para conocer los complementos compatibles, consulte PLUGINS: 3dimage / cost

depurar = 0; booleano
Guarde los resultados intermedios para la depuración.

ref. = (entrada, cadena)
Imagen de referencia.

src = (entrada, cadena)
Imagen de estudio.

peso = 1; flotador
función de ponderación de costes.

etiqueta de imagen
Función de costo de similitud que asigna etiquetas de dos imágenes y maneja etiquetas
preservando el procesamiento de resolución múltiple., los parámetros admitidos son:

etiqueta máxima = 256; int en [2, 32000]
número máximo de etiquetas a considerar.

ref. = (entrada, cadena)
Imagen de referencia.

src = (entrada, cadena)
Imagen de estudio.

peso = 1; flotador
función de ponderación de costes.

imagen enmascarada
Función de costo de similitud de imagen enmascarada generalizada que también maneja múltiples
procesamiento de resolución. Las máscaras proporcionadas deben ser regiones densamente llenas en
Procesamiento de resolución múltiple porque, de lo contrario, la información de la máscara puede perderse
al reducir la escala de la imagen. La máscara se puede filtrar previamente, después de filtrar previamente
Las máscaras deben ser de tipo bit. La máscara de referencia y la máscara transformada del
Las imágenes de estudio se combinan mediante AND binario. Se da la medida de similitud real
es parámetro extra., los parámetros admitidos son:

el costo = ssd; fábrica
Núcleo de función de coste. Para conocer los complementos compatibles, consulte
PLUGINS: 3dimage / maskedcost

ref. = (entrada, cadena)
Imagen de referencia.

máscara de ref = (entrada, cadena)
Máscara de imagen de referencia (binaria).

filtro-máscara-ref =; fábrica
Filtrar para preparar la imagen de la máscara de referencia, la salida debe ser binaria
imagen .. Para complementos compatibles, consulte PLUGINS: 3dimage / filter

src = (entrada, cadena)
Imagen de estudio.

src-mascara = (entrada, cadena)
Máscara de imagen de estudio (binaria).

filtro-máscara-src =; fábrica
Filtrar para preparar la imagen de la máscara de estudio, la salida debe ser binaria
imagen .. Para complementos compatibles, consulte PLUGINS: 3dimage / filter

peso = 1; flotador
función de ponderación de costes.

etiquetadossd Evalúa la medida de similitud de la suma de diferencias cuadradas utilizando tres
pares de imágenes etiquetadas. El valor de la función de costo se evalúa en función de todas las imágenes
pares, pero el degradado se compone componiendo su componente basado en la etiqueta
dirección., los parámetros admitidos son:

refx = (entrada, cadena)
Imagen de referencia X-tag.

refutar = (entrada, cadena)
Etiqueta Y de la imagen de referencia.

referencia = (entrada, cadena)
Etiqueta Z de la imagen de referencia.

srcx = (entrada, cadena)
Estudio de la etiqueta X de la imagen.

srcy = (entrada, cadena)
Estudie la etiqueta Y de la imagen.

Srcz = (entrada, cadena)
Estudio de la etiqueta Z de la imagen.

peso = 1; flotador
función de ponderación de costes.

COMPLEMENTOS: 3dimage / io

analizar Analizar imagen 7.5

Extensiones de archivo reconocidas: .HDR, .hdr

Tipos de elementos admitidos:
8 bits sin firmar, 16 bits firmados, 32 bits firmados, coma flotante 32 bits,
coma flotante de 64 bits

grupo de datos E / S virtual hacia y desde el grupo de datos interno

Extensiones de archivo reconocidas:. @

dicom Serie de imágenes Dicom en 3D

Extensiones de archivo reconocidas: .DCM, .dcm

Tipos de elementos admitidos:
16 bits firmados, 16 bits sin firmar

hdf5 E / S de imagen HDF5 3D

Extensiones de archivo reconocidas: .H5, .h5

Tipos de elementos admitidos:
datos binarios, 8 bits con signo, 8 bits sin firmar, 16 bits con signo, 16 bits sin firmar,
32 bits firmados, 32 bits sin firmar, 64 bits firmados, 64 bits sin firmar, flotantes
punto de 32 bits, punto flotante de 64 bits

inría Imagen INRIA

Extensiones de archivo reconocidas: .INR, .inr

Tipos de elementos admitidos:
firmado de 8 bits, sin firmar de 8 bits, firmado de 16 bits, sin firmar de 16 bits, firmado de 32
bit, 32 bit sin signo, 32 bit de coma flotante, 64 bit de coma flotante

mhd E / S de imagen MetaIO 3D utilizando la implementación VTK (experimental).

Extensiones de archivo reconocidas: .MHA, .MHD, .mha, .mhd

Tipos de elementos admitidos:
firmado de 8 bits, sin firmar de 8 bits, firmado de 16 bits, sin firmar de 16 bits, firmado de 32
bit, 32 bit sin signo, 32 bit de coma flotante, 64 bit de coma flotante

ingenioso E / S de imagen 1D NIFTI-3

Extensiones de archivo reconocidas: .NII, .nii

Tipos de elementos admitidos:
firmado de 8 bits, sin firmar de 8 bits, firmado de 16 bits, sin firmar de 16 bits, firmado de 32
bit, 32 bits sin firmar, 64 bits firmados, 64 bits sin firmar, coma flotante 32
bit, coma flotante 64 bit

vff Formato ráster VFF Sun

Extensiones de archivo reconocidas: .VFF, .vff

Tipos de elementos admitidos:
8 bits sin firmar, 16 bits con signo

vista Vista 3D

Extensiones de archivo reconocidas: .V, .VISTA, .v, .vista

Tipos de elementos admitidos:
datos binarios, 8 bits con signo, 8 bits sin firmar, 16 bits con signo, 16 bits sin firmar,
32 bits firmados, 32 bits sin firmar, coma flotante 32 bits, coma flotante 64
poco

vti Entrada y salida de imagen 3D VTK-XML (experimental).

Extensiones de archivo reconocidas: .VTI, .vti

Tipos de elementos admitidos:
firmado de 8 bits, sin firmar de 8 bits, firmado de 16 bits, sin firmar de 16 bits, firmado de 32
bit, 32 bit sin signo, 32 bit de coma flotante, 64 bit de coma flotante

vtk Entrada y salida heredada de imágenes 3D VTK (experimental).

Extensiones de archivo reconocidas: .VTK, .VTKIMAGE, .vtk, .vtkimage

Tipos de elementos admitidos:
datos binarios, 8 bits con signo, 8 bits sin firmar, 16 bits con signo, 16 bits sin firmar,
32 bits firmados, 32 bits sin firmar, coma flotante 32 bits, coma flotante 64
poco

COMPLEMENTOS: 3dimagen / costo enmascarado

lncc correlación cruzada local normalizada con soporte de enmascaramiento, parámetros soportados
son:

w = 5; uint en [1, 256]
la mitad del ancho de la ventana utilizada para evaluar la cruz localizada
correlación.

mi Información mutua basada en parzen spline con enmascaramiento. Los parámetros admitidos son:

cortar = 0; flotar en [0, 40]
Porcentaje de píxeles para cortar a intensidades altas y bajas para eliminar
valores atípicos.

mbins = 64; uint en [1, 256]
Número de contenedores de histograma utilizados para la imagen en movimiento.

núcleo = [bspline: d = 3]; fábrica
Núcleo de spline para hinstogram parzen de imágenes en movimiento. Para complementos compatibles
ver PLUGINS: 1d / splinekernel

bins = 64; uint en [1, 256]
Número de contenedores de histograma utilizados para la imagen de referencia.

núcleo = [bspline: d = 0]; fábrica
Núcleo de spline para el hinstograma de parzen de la imagen de referencia. Para enchufe compatible
ins ver PLUGINS: 1d / splinekernel

ICONA correlación cruzada normalizada con soporte de enmascaramiento.

(sin parámetros)

SSD Suma de diferencias cuadradas con enmascaramiento.

(sin parámetros)

COMPLEMENTOS: 3dimagen / forma

18n Creador de formas 18D de barrio 3n

(sin parámetros)

26n Creador de formas 26D de barrio 3n

(sin parámetros)

6n Creador de formas 6D de barrio 3n

(sin parámetros)

esfera Vecindad de forma esférica cerrada que incluye los píxeles dentro de un radio determinado
r., los parámetros admitidos son:

r = 2; flotar en (0, inf)
radio de esfera.

COMPLEMENTOS: 3dimagen / transformar

afín Transformación afín (12 grados de libertad), los parámetros admitidos son:

imglímite = espejo; fábrica
condiciones de frontera de interpolación de imágenes. Para conocer los complementos compatibles, consulte
PLUGINS: 1d / splinebc

imgkernel = [bspline: d = 3]; fábrica
kernel interpolador de imágenes. Para conocer los complementos compatibles, consulte
PLUGINS: 1d / splinekernel

Axisrot Transformación de rotación restringida (1 grado de libertad). La transformación es
restringido a la rotación alrededor del eje dado alrededor de la rotación dada
center, los parámetros admitidos son:

eje = (requerido, 3dfvector)
Eje de rotación.

imglímite = espejo; fábrica
condiciones de frontera de interpolación de imágenes. Para conocer los complementos compatibles, consulte
PLUGINS: 1d / splinebc

imgkernel = [bspline: d = 3]; fábrica
kernel interpolador de imágenes. Para conocer los complementos compatibles, consulte
PLUGINS: 1d / splinekernel

natural = (requerido, 3dfvector)
centro de la transformación.

refinado Transformación afín restringida (3 grados de libertad). La transformación es
restringido a la rotación alrededor del eje dado y al corte a lo largo de los dos ejes
perpendicular al dado, los parámetros admitidos son:

eje = (requerido, 3dfvector)
Eje de rotación.

imglímite = espejo; fábrica
condiciones de frontera de interpolación de imágenes. Para conocer los complementos compatibles, consulte
PLUGINS: 1d / splinebc

imgkernel = [bspline: d = 3]; fábrica
kernel interpolador de imágenes. Para conocer los complementos compatibles, consulte
PLUGINS: 1d / splinekernel

natural = (requerido, 3dfvector)
centro de la transformación.

rígido Transformación rígida, es decir, rotación y traslación (seis grados de libertad).,
los parámetros admitidos son:

imglímite = espejo; fábrica
condiciones de frontera de interpolación de imágenes. Para conocer los complementos compatibles, consulte
PLUGINS: 1d / splinebc

imgkernel = [bspline: d = 3]; fábrica
kernel interpolador de imágenes. Para conocer los complementos compatibles, consulte
PLUGINS: 1d / splinekernel

natural = [[0,0,0]]; 3dfvector
Centro de rotación relativo, es decir, <0.5,0.5,0.5> corresponde al centro de
El volumen.

rotación Transformación de rotación (tres grados de libertad). Los parámetros admitidos son:

imglímite = espejo; fábrica
condiciones de frontera de interpolación de imágenes. Para conocer los complementos compatibles, consulte
PLUGINS: 1d / splinebc

imgkernel = [bspline: d = 3]; fábrica
kernel interpolador de imágenes. Para conocer los complementos compatibles, consulte
PLUGINS: 1d / splinekernel

natural = [[0,0,0]]; 3dfvector
Centro de rotación relativo, es decir, <0.5,0.5,0.5> corresponde al centro de
El volumen.

podrido Transformación restringida (4 grados de libertad). La transformación es
restringido a la rotación alrededor de los ejes xey y una flexión a lo largo de la x
eje, independiente en cada dirección, con el aumento de la flexión con el
distancia al cuadrado del eje de rotación., los parámetros admitidos son:

imglímite = espejo; fábrica
condiciones de frontera de interpolación de imágenes. Para conocer los complementos compatibles, consulte
PLUGINS: 1d / splinebc

imgkernel = [bspline: d = 3]; fábrica
kernel interpolador de imágenes. Para conocer los complementos compatibles, consulte
PLUGINS: 1d / splinekernel

norot = 0; booleano
No optimices la rotación.

natural = (requerido, 3dfvector)
centro de la transformación.

ranura Transformación de forma libre que se puede describir mediante un conjunto de coeficientes B-spline
y un kernel B-spline subyacente. Los parámetros admitidos son:

anisórate = [[0,0,0]]; 3dfvector
tasa de coeficiente anisotrópico en píxeles, los valores no positivos serán
sobrescrito por el valor de "tasa".

depurar = 0; booleano
habilitar salida de depuración adicional.

imglímite = espejo; fábrica
condiciones de frontera de interpolación de imágenes. Para conocer los complementos compatibles, consulte
PLUGINS: 1d / splinebc

imgkernel = [bspline: d = 3]; fábrica
kernel interpolador de imágenes. Para conocer los complementos compatibles, consulte
PLUGINS: 1d / splinekernel

núcleo = [bspline: d = 3]; fábrica
kernel de transformación spline. Para conocer los complementos compatibles, consulte
PLUGINS: 1d / splinekernel

multa =; fábrica
Término de energía de penalización de transformación. Para conocer los complementos compatibles, consulte
PLUGINS: 3dtransform / splinepenalty

y = 10; flotar en [1, inf)
Tasa de coeficiente isotrópico en píxeles.

la traducción Traducción (tres grados de libertad), los parámetros admitidos son:

imglímite = espejo; fábrica
condiciones de frontera de interpolación de imágenes. Para conocer los complementos compatibles, consulte
PLUGINS: 1d / splinebc

imgkernel = [bspline: d = 3]; fábrica
kernel interpolador de imágenes. Para conocer los complementos compatibles, consulte
PLUGINS: 1d / splinekernel

vf Este complemento implementa una transformación que define una traducción para cada
punto de la cuadrícula que define el dominio de la transformación., soportado
los parámetros son:

imglímite = espejo; fábrica
condiciones de frontera de interpolación de imágenes. Para conocer los complementos compatibles, consulte
PLUGINS: 1d / splinebc

imgkernel = [bspline: d = 3]; fábrica
kernel interpolador de imágenes. Para conocer los complementos compatibles, consulte
PLUGINS: 1d / splinekernel

COMPLEMENTOS: 3dtransform / io

bbs E / S serializada binaria (no portátil) de transformaciones 3D

Extensiones de archivo reconocidas: .bbs

grupo de datos E / S virtual hacia y desde el grupo de datos interno

Extensiones de archivo reconocidas:. @

vista Vista de almacenamiento de transformaciones 3D

Extensiones de archivo reconocidas: .v, .v3dt

xml IO serializado XML de transformaciones 3D

Extensiones de archivo reconocidas: .x3dt

COMPLEMENTOS: 3dtransform / splinepenalty

divcurl penalización divcurl en la transformación, los parámetros admitidos son:

rizo = 1; flotar en [0, inf)
peso de penalización en rizo.

div = 1; flotar en [0, inf)
peso de la penalización en la divergencia.

norma = 0; booleano
Establecer en 1 si la penalización debe normalizarse con respecto a la imagen
El Tamaño.

peso = 1; flotar en (0, inf)
peso de la energía de penalización.

COMPLEMENTOS: minimizador / coste único

gdas Descenso de gradiente con corrección automática del tamaño del paso. Los parámetros admitidos son:

ftolr = 0; duplicar en [0, inf)
Deténgase si el cambio relativo del criterio está por debajo.

paso máximo = 2; doble en (0, inf)
Tamaño de paso absoluto máximo.

maxiter = 200; uint en [1, inf)
Criterio de parada: el número máximo de iteraciones.

min-paso = 0.1; doble en (0, inf)
Tamaño mínimo de paso absoluto.

xtolá = 0.01; duplicar en [0, inf)
Deténgase si la inf-norma del cambio aplicado ax está por debajo de este valor.

gdsq Descenso de gradiente con estimación de pasos cuadráticos, los parámetros admitidos son:

ftolr = 0; duplicar en [0, inf)
Deténgase si el cambio relativo del criterio está por debajo.

gtola = 0; duplicar en [0, inf)
Deténgase si la inf-norma del gradiente está por debajo de este valor.

maxiter = 100; uint en [1, inf)
Criterio de parada: el número máximo de iteraciones.

escala = 2; doble en (1, inf)
Escala de tamaño de paso fijo de respaldo.

paso = 0.1; doble en (0, inf)
Tamaño de paso inicial.

xtolá = 0; duplicar en [0, inf)
Deténgase si la norma inf de x-update está por debajo de este valor.

GSL complemento optimizador basado en los optimizadores multimin de la biblioteca científica GNU
(GSL) https://www.gnu.org/software/gsl/, los parámetros admitidos son:

eps = 0.01; doble en (0, inf)
optimizadores basados ​​en gradientes: deténgase cuando | grad | <eps, simplex: detener cuando
tamaño simplex <eps ..

proceso = 100; uint en [1, inf)
número máximo de iteraciones.

optar = gd; dictar
Optimizador específico que se utilizará. Los valores admitidos son:
bfgs - Broyden-Fletcher-Goldfarb-Shann
bfgs2 - Broyden-Fletcher-Goldfarb-Shann (versión más eficiente)
cg-fr - Algoritmo de gradiente conjugado de Flecher-Reeves
gd - Descenso de gradiente.
simplex - Algoritmo simplex de Nelder y Mead
cg-pr - Algoritmo de gradiente conjugado Polak-Ribiere

paso = 0.001; doble en (0, inf)
tamaño de paso inicial.

tol = 0.1; doble en (0, inf)
algún parámetro de tolerancia.

nlopt Los algoritmos minimizadores que utilizan la biblioteca NLOPT, para una descripción de la
optimizadores, consulte 'http://ab-
initio.mit.edu/wiki/index.php/NLopt_Algorithms ', los parámetros admitidos son:

ftola = 0; duplicar en [0, inf)
Criterio de parada: el cambio absoluto del valor objetivo está por debajo
este valor.

ftolr = 0; duplicar en [0, inf)
Criterio de parada: el cambio relativo del valor objetivo está por debajo
este valor.

más alto = inf; doble
Límite superior (igual para todos los parámetros).

opción local = ninguno; dictar
algoritmo de minimización local que puede ser necesario para las principales
algoritmo de minimización. Los valores admitidos son:
gn-orig-directo-l - Dividir rectángulos (implementación original,
localmente sesgado)
gn-directo-l-noscal - Rectángulos de división (sin escala, sesgados localmente)
gn-isres - Estrategia de evolución de clasificación estocástica mejorada
ld-tnewton - Newton truncado
gn-directo-l-rand - Rectángulos de división (localmente sesgados, aleatorios)
ln-newuoa - Optimización sin restricciones sin derivadas de forma iterativa
Aproximación cuadrática construida
gn-direct-l-rand-noscale - Rectángulos de división (sin escala, localmente
sesgado, aleatorizado)
gn-orig-directo - Dividir rectángulos (implementación original)
ld-tnewton-precond - Newton truncado preacondicionado
reinicio de ld-tnewton - Newton truncado con reinicio de descenso más empinado
gn-directo - Dividir rectángulos
en-neldermead - Algoritmo simplex de Nelder-Mead
ln-cobyla - Optimización restringida por aproximación lineal
gn-crs2-lm - Búsqueda aleatoria controlada con mutación local
ld-var2 - Métrica variable de memoria limitada desplazada, rango 2
ld-var1 - Métrica variable de memoria limitada desplazada, rango 1
ld-mma - Método de movimiento de asíntotas
ld-lbfgs-nocedal - Ninguno
ld-lbfgs - BFGS de bajo almacenamiento
gn-directo-l - Rectángulos de división (sesgados localmente)
ninguna - no especifique algoritmo
In-bobyqa - Optimización restringida por límite libre de derivados
ln-sbplx - Variante subplex de Nelder-Mead
ln-newuoa-con destino - Optimización restringida por límite libre de derivadas por
Aproximación cuadrática construida iterativamente
en-praxis - Optimización local sin gradientes a través del eje principal
Método
gn-directo-noscal - Rectángulos de división (sin escala)
ld-tnewton-precond-reinicio - Newton truncado preacondicionado con
reinicio del descenso más empinado

inferior = -inf; doble
Límite inferior (igual para todos los parámetros).

maxiter = 100; int en [1, inf)
Criterio de parada: el número máximo de iteraciones.

optar = ld-lbfgs; dictar
algoritmo principal de minimización. Los valores admitidos son:
gn-orig-directo-l - Dividir rectángulos (implementación original,
localmente sesgado)
g-mlsl-lds - Enlace único multinivel (secuencia de baja discrepancia,
requieren optimización y límites locales basados ​​en gradientes)
gn-directo-l-noscal - Rectángulos de división (sin escala, sesgados localmente)
gn-isres - Estrategia de evolución de clasificación estocástica mejorada
ld-tnewton - Newton truncado
gn-directo-l-rand - Rectángulos de división (localmente sesgados, aleatorios)
ln-newuoa - Optimización sin restricciones sin derivadas de forma iterativa
Aproximación cuadrática construida
gn-direct-l-rand-noscale - Rectángulos de división (sin escala, localmente
sesgado, aleatorizado)
gn-orig-directo - Dividir rectángulos (implementación original)
ld-tnewton-precond - Newton truncado preacondicionado
reinicio de ld-tnewton - Newton truncado con reinicio de descenso más empinado
gn-directo - Dividir rectángulos
auglag-eq - Algoritmo lagrangiano aumentado con restricciones de igualdad
, solamente
en-neldermead - Algoritmo simplex de Nelder-Mead
ln-cobyla - Optimización restringida por aproximación lineal
gn-crs2-lm - Búsqueda aleatoria controlada con mutación local
ld-var2 - Métrica variable de memoria limitada desplazada, rango 2
ld-var1 - Métrica variable de memoria limitada desplazada, rango 1
ld-mma - Método de movimiento de asíntotas
ld-lbfgs-nocedal - Ninguno
g-mlsl - Enlace único multinivel (requiere optimización local y
límites)
ld-lbfgs - BFGS de bajo almacenamiento
gn-directo-l - Rectángulos de división (sesgados localmente)
In-bobyqa - Optimización restringida por límite libre de derivados
ln-sbplx - Variante subplex de Nelder-Mead
ln-newuoa-con destino - Optimización restringida por límite libre de derivadas por
Aproximación cuadrática construida iterativamente
augulag - Algoritmo lagrangiano aumentado
en-praxis - Optimización local sin gradientes a través del eje principal
Método
gn-directo-noscal - Rectángulos de división (sin escala)
ld-tnewton-precond-reinicio - Newton truncado preacondicionado con
reinicio del descenso más empinado
ld-slsqp - Programación cuadrática secuencial de mínimos cuadrados

paso = 0; duplicar en [0, inf)
Tamaño de paso inicial para métodos sin gradiente.

detener = -inf; doble
Criterio de parada: el valor de la función cae por debajo de este valor.

xtolá = 0; duplicar en [0, inf)
Criterio de parada: el cambio absoluto de todos los valores de x está por debajo de este
.

xtolr = 0; duplicar en [0, inf)
Criterio de parada: el cambio relativo de todos los valores de x está por debajo de este
.

EJEMPLO

Registre la serie de imágenes proporcionada por imágenes imageXXXX.v optimizando una spline basada
transformación con una tasa de coeficiente de 16 píxeles, omitiendo dos imágenes al principio
y el uso de campos de gradiente normalizados como medida de costo inicial y SSD como medida final.
Penalice la transformación utilizando divcurl con un peso de 2.0. Como optimizador y nlopt
Se utiliza el método de Newton.

mia-3dprealign-no rígido mia-3dprealign-no rígido -i imageXXXX.v -o registrado -t vista -k
Spline 2-F: tasa = 16, penalización = [divcurl: peso = 2] -1 imagen: costo = [ngf: eval = ds] -2
imagen: costo = ssd -O nlopt: opt = ld-var1, xtola = 0.001, ftolr = 0.001, maxiter = 300

AUTOR (es)

Gert Wollny

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LICENCIA PÚBLICA GENERAL Versión 3 (o posterior). Para obtener más información, ejecute el programa con el
opción '--copyright'.

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