mia-3drigidreg - Online en la nube

PROGRAMA:

NOMBRE

mia-3drigidreg: registro lineal de imágenes 3D.

SINOPSIS

mia-3drigidreg -i -r -o [opciones]

DESCRIPCIÓN

mia-3drigidreg Este programa implementa el registro de dos imágenes 3D en escala de grises. los
La transformación no está penalizada, por lo tanto, solo se debe usar traducción, rígida o
transformaciones afines como destino y ejecutar mia-3dnonrigidreg de registro no rígido es
ser logrado.

CAMPUS

Archive I / O
-i --in-image = (entrada, obligatorio); io
imagen de prueba Para conocer los tipos de archivos admitidos, consulte PLUGINS: 3dimage / io

-r --ref-image = (entrada, obligatorio); io
imagen de referencia Para conocer los tipos de archivos admitidos, consulte PLUGINS: 3dimage / io

-o --out-image = (salida, obligatorio); io
imagen de salida registrada Para conocer los tipos de archivos admitidos, consulte PLUGINS: 3dimage / io

-t --transformation = (salida); io
nombre del archivo de salida de la transformación Para conocer los tipos de archivos admitidos, consulte
PLUGINS: 3dtransform / io

-c --cost = ssd
función de coste función de coste Para complementos compatibles, consulte PLUGINS: 3dimage / cost

-l - niveles = 3
niveles de redes múltiples niveles de redes múltiples

-O --optimizer = gsl: opt = simplex, step = 1.0
Optimizador utilizado para la minimización Optimizador utilizado para la minimización Para
complementos compatibles ver PLUGINS: minimizer / singlecost

-f --transForm = rígido
tipo de transformación tipo de transformación Para conocer los complementos compatibles, consulte
PLUGINS: 3dimage / transform

Ayuda & Info
-V --verbose = advertencia
verbosidad de la salida, imprimir mensajes de nivel dado y prioridades más altas.
Las prioridades admitidas que comienzan en el nivel más bajo son:
info - Mensajes de bajo nivel
rastrear - Seguimiento de llamadas a funciones
fallar - Informar fallas en las pruebas
advertencia - Advertencias
error - Informar errores
depurar - Salida de depuración
mensaje - Mensajes normales
fatal - Informar solo errores fatales

--derechos de autor
imprimir información de derechos de autor

-h --ayuda
imprime esta ayuda

-? --uso
imprimir una breve ayuda

--versión
imprima el número de versión y salga

Procesamiento
--threads = -1
Número máximo de subprocesos a utilizar para el procesamiento, este número debe ser menor
o igual al número de núcleos de procesador lógico en la máquina. (-1:
estimación automática) .Número máximo de subprocesos a utilizar para el procesamiento, esto
El número debe ser menor o igual al número de núcleos de procesador lógico en
la máquina. (-1: estimación automática).

COMPLEMENTOS: 1d / splinebc

espejo Condiciones de límite de interpolación de splines que reflejan el límite

(sin parámetros)

repetir Condiciones de límite de interpolación de splines que repiten el valor en el límite

(sin parámetros)

cero Condiciones de límite de interpolación spline que asumen cero para valores fuera

(sin parámetros)

COMPLEMENTOS: 1d / splinekernel

bspline Creación de kernel B-spline, los parámetros admitidos son:

d = 3; int en [0, 5]
Grado de spline.

mamás Creación de kernel OMoms-spline, los parámetros admitidos son:

d = 3; int en [3, 3]
Grado de spline.

COMPLEMENTOS: 3dimagen / costo

lncc correlación cruzada local normalizada con soporte de enmascaramiento, parámetros soportados
son:

w = 5; uint en [1, 256]
la mitad del ancho de la ventana utilizada para evaluar la cruz localizada
correlación.

mi Información mutua basada en parzen spline. Los parámetros admitidos son:

cortar = 0; flotar en [0, 40]
Porcentaje de píxeles para cortar a intensidades altas y bajas para eliminar
valores atípicos.

mbins = 64; uint en [1, 256]
Número de contenedores de histograma utilizados para la imagen en movimiento.

núcleo = [bspline: d = 3]; fábrica
Núcleo de spline para hinstogram parzen de imágenes en movimiento. Para complementos compatibles
ver PLUGINS: 1d / splinekernel

bins = 64; uint en [1, 256]
Número de contenedores de histograma utilizados para la imagen de referencia.

núcleo = [bspline: d = 0]; fábrica
Núcleo de spline para el hinstograma de parzen de la imagen de referencia. Para enchufe compatible
ins ver PLUGINS: 1d / splinekernel

ICONA correlación cruzada normalizada.

(sin parámetros)

ngf Esta función evalúa la similitud de la imagen según el gradiente normalizado
los campos. Dados los campos de gradiente normalizados $ _S $ de la imagen src y $ _R $ de la
ref image se implementan varios evaluadores., los parámetros admitidos son:

eval = ds; dictar
subtipo de complemento (sq, ds, dot, cross). Los valores admitidos son:
ds - cuadrado de diferencia escalada
punto - núcleo de producto escalar
cruzar - núcleo de producto cruzado

SSD Costo de la imagen 3D: suma de las diferencias cuadradas, los parámetros admitidos son:

umbral automático = 0; flotar en [0, 1000]
Utilice el enmascaramiento automático de la imagen en movimiento tomando solo valores de intensidad
en cuentas que son mayores que el umbral dado.

norma = 0; booleano
Establezca si la métrica debe normalizarse por el número de píxeles de la imagen.

ssd-automáscara
Costo de la imagen 3D: suma de las diferencias cuadradas, con el enmascaramiento automático basado en
umbrales, los parámetros admitidos son:

trillar = 0; doble
Valor de intensidad umbral para la imagen de referencia.

trillar = 0; doble
Valor de intensidad de umbral para la imagen de origen.

COMPLEMENTOS: 3dimage / io

analizar Analizar imagen 7.5

Extensiones de archivo reconocidas: .HDR, .hdr

Tipos de elementos admitidos:
8 bits sin firmar, 16 bits firmados, 32 bits firmados, coma flotante 32 bits,
coma flotante de 64 bits

grupo de datos E / S virtual hacia y desde el grupo de datos interno

Extensiones de archivo reconocidas:. @

dicom Serie de imágenes Dicom en 3D

Extensiones de archivo reconocidas: .DCM, .dcm

Tipos de elementos admitidos:
16 bits firmados, 16 bits sin firmar

hdf5 E / S de imagen HDF5 3D

Extensiones de archivo reconocidas: .H5, .h5

Tipos de elementos admitidos:
datos binarios, 8 bits con signo, 8 bits sin firmar, 16 bits con signo, 16 bits sin firmar,
32 bits firmados, 32 bits sin firmar, 64 bits firmados, 64 bits sin firmar, flotantes
punto de 32 bits, punto flotante de 64 bits

inría Imagen INRIA

Extensiones de archivo reconocidas: .INR, .inr

Tipos de elementos admitidos:
firmado de 8 bits, sin firmar de 8 bits, firmado de 16 bits, sin firmar de 16 bits, firmado de 32
bit, 32 bit sin signo, 32 bit de coma flotante, 64 bit de coma flotante

mhd E / S de imagen MetaIO 3D utilizando la implementación VTK (experimental).

Extensiones de archivo reconocidas: .MHA, .MHD, .mha, .mhd

Tipos de elementos admitidos:
firmado de 8 bits, sin firmar de 8 bits, firmado de 16 bits, sin firmar de 16 bits, firmado de 32
bit, 32 bit sin signo, 32 bit de coma flotante, 64 bit de coma flotante

ingenioso E / S de imagen 1D NIFTI-3

Extensiones de archivo reconocidas: .NII, .nii

Tipos de elementos admitidos:
firmado de 8 bits, sin firmar de 8 bits, firmado de 16 bits, sin firmar de 16 bits, firmado de 32
bit, 32 bits sin firmar, 64 bits firmados, 64 bits sin firmar, coma flotante 32
bit, coma flotante 64 bit

vff Formato ráster VFF Sun

Extensiones de archivo reconocidas: .VFF, .vff

Tipos de elementos admitidos:
8 bits sin firmar, 16 bits con signo

vista Vista 3D

Extensiones de archivo reconocidas: .V, .VISTA, .v, .vista

Tipos de elementos admitidos:
datos binarios, 8 bits con signo, 8 bits sin firmar, 16 bits con signo, 16 bits sin firmar,
32 bits firmados, 32 bits sin firmar, coma flotante 32 bits, coma flotante 64
poco

vti Entrada y salida de imagen 3D VTK-XML (experimental).

Extensiones de archivo reconocidas: .VTI, .vti

Tipos de elementos admitidos:
firmado de 8 bits, sin firmar de 8 bits, firmado de 16 bits, sin firmar de 16 bits, firmado de 32
bit, 32 bit sin signo, 32 bit de coma flotante, 64 bit de coma flotante

vtk Entrada y salida heredada de imágenes 3D VTK (experimental).

Extensiones de archivo reconocidas: .VTK, .VTKIMAGE, .vtk, .vtkimage

Tipos de elementos admitidos:
datos binarios, 8 bits con signo, 8 bits sin firmar, 16 bits con signo, 16 bits sin firmar,
32 bits firmados, 32 bits sin firmar, coma flotante 32 bits, coma flotante 64
poco

COMPLEMENTOS: 3dimagen / transformar

afín Transformación afín (12 grados de libertad), los parámetros admitidos son:

imglímite = espejo; fábrica
condiciones de frontera de interpolación de imágenes. Para conocer los complementos compatibles, consulte
PLUGINS: 1d / splinebc

imgkernel = [bspline: d = 3]; fábrica
kernel interpolador de imágenes. Para conocer los complementos compatibles, consulte
PLUGINS: 1d / splinekernel

Axisrot Transformación de rotación restringida (1 grado de libertad). La transformación es
restringido a la rotación alrededor del eje dado alrededor de la rotación dada
center, los parámetros admitidos son:

eje = (requerido, 3dfvector)
Eje de rotación.

imglímite = espejo; fábrica
condiciones de frontera de interpolación de imágenes. Para conocer los complementos compatibles, consulte
PLUGINS: 1d / splinebc

imgkernel = [bspline: d = 3]; fábrica
kernel interpolador de imágenes. Para conocer los complementos compatibles, consulte
PLUGINS: 1d / splinekernel

natural = (requerido, 3dfvector)
centro de la transformación.

refinado Transformación afín restringida (3 grados de libertad). La transformación es
restringido a la rotación alrededor del eje dado y al corte a lo largo de los dos ejes
perpendicular al dado, los parámetros admitidos son:

eje = (requerido, 3dfvector)
Eje de rotación.

imglímite = espejo; fábrica
condiciones de frontera de interpolación de imágenes. Para conocer los complementos compatibles, consulte
PLUGINS: 1d / splinebc

imgkernel = [bspline: d = 3]; fábrica
kernel interpolador de imágenes. Para conocer los complementos compatibles, consulte
PLUGINS: 1d / splinekernel

natural = (requerido, 3dfvector)
centro de la transformación.

rígido Transformación rígida, es decir, rotación y traslación (seis grados de libertad).,
los parámetros admitidos son:

imglímite = espejo; fábrica
condiciones de frontera de interpolación de imágenes. Para conocer los complementos compatibles, consulte
PLUGINS: 1d / splinebc

imgkernel = [bspline: d = 3]; fábrica
kernel interpolador de imágenes. Para conocer los complementos compatibles, consulte
PLUGINS: 1d / splinekernel

natural = [[0,0,0]]; 3dfvector
Centro de rotación relativo, es decir, <0.5,0.5,0.5> corresponde al centro de
El volumen.

rotación Transformación de rotación (tres grados de libertad). Los parámetros admitidos son:

imglímite = espejo; fábrica
condiciones de frontera de interpolación de imágenes. Para conocer los complementos compatibles, consulte
PLUGINS: 1d / splinebc

imgkernel = [bspline: d = 3]; fábrica
kernel interpolador de imágenes. Para conocer los complementos compatibles, consulte
PLUGINS: 1d / splinekernel

natural = [[0,0,0]]; 3dfvector
Centro de rotación relativo, es decir, <0.5,0.5,0.5> corresponde al centro de
El volumen.

podrido Transformación restringida (4 grados de libertad). La transformación es
restringido a la rotación alrededor de los ejes xey y una flexión a lo largo de la x
eje, independiente en cada dirección, con el aumento de la flexión con el
distancia al cuadrado del eje de rotación., los parámetros admitidos son:

imglímite = espejo; fábrica
condiciones de frontera de interpolación de imágenes. Para conocer los complementos compatibles, consulte
PLUGINS: 1d / splinebc

imgkernel = [bspline: d = 3]; fábrica
kernel interpolador de imágenes. Para conocer los complementos compatibles, consulte
PLUGINS: 1d / splinekernel

norot = 0; booleano
No optimices la rotación.

natural = (requerido, 3dfvector)
centro de la transformación.

ranura Transformación de forma libre que se puede describir mediante un conjunto de coeficientes B-spline
y un kernel B-spline subyacente. Los parámetros admitidos son:

anisórate = [[0,0,0]]; 3dfvector
tasa de coeficiente anisotrópico en píxeles, los valores no positivos serán
sobrescrito por el valor de "tasa".

depurar = 0; booleano
habilitar salida de depuración adicional.

imglímite = espejo; fábrica
condiciones de frontera de interpolación de imágenes. Para conocer los complementos compatibles, consulte
PLUGINS: 1d / splinebc

imgkernel = [bspline: d = 3]; fábrica
kernel interpolador de imágenes. Para conocer los complementos compatibles, consulte
PLUGINS: 1d / splinekernel

núcleo = [bspline: d = 3]; fábrica
kernel de transformación spline. Para conocer los complementos compatibles, consulte
PLUGINS: 1d / splinekernel

multa =; fábrica
Término de energía de penalización de transformación. Para conocer los complementos compatibles, consulte
PLUGINS: 3dtransform / splinepenalty

y = 10; flotar en [1, inf)
Tasa de coeficiente isotrópico en píxeles.

la traducción Traducción (tres grados de libertad), los parámetros admitidos son:

imglímite = espejo; fábrica
condiciones de frontera de interpolación de imágenes. Para conocer los complementos compatibles, consulte
PLUGINS: 1d / splinebc

imgkernel = [bspline: d = 3]; fábrica
kernel interpolador de imágenes. Para conocer los complementos compatibles, consulte
PLUGINS: 1d / splinekernel

vf Este complemento implementa una transformación que define una traducción para cada
punto de la cuadrícula que define el dominio de la transformación., soportado
los parámetros son:

imglímite = espejo; fábrica
condiciones de frontera de interpolación de imágenes. Para conocer los complementos compatibles, consulte
PLUGINS: 1d / splinebc

imgkernel = [bspline: d = 3]; fábrica
kernel interpolador de imágenes. Para conocer los complementos compatibles, consulte
PLUGINS: 1d / splinekernel

COMPLEMENTOS: 3dtransform / io

bbs E / S serializada binaria (no portátil) de transformaciones 3D

Extensiones de archivo reconocidas: .bbs

grupo de datos E / S virtual hacia y desde el grupo de datos interno

Extensiones de archivo reconocidas:. @

vista Vista de almacenamiento de transformaciones 3D

Extensiones de archivo reconocidas: .v, .v3dt

xml IO serializado XML de transformaciones 3D

Extensiones de archivo reconocidas: .x3dt

COMPLEMENTOS: 3dtransform / splinepenalty

divcurl penalización divcurl en la transformación, los parámetros admitidos son:

rizo = 1; flotar en [0, inf)
peso de penalización en rizo.

div = 1; flotar en [0, inf)
peso de la penalización en la divergencia.

norma = 0; booleano
Establecer en 1 si la penalización debe normalizarse con respecto a la imagen
El Tamaño.

peso = 1; flotar en (0, inf)
peso de la energía de penalización.

COMPLEMENTOS: minimizador / coste único

gdas Descenso de gradiente con corrección automática del tamaño del paso. Los parámetros admitidos son:

ftolr = 0; duplicar en [0, inf)
Deténgase si el cambio relativo del criterio está por debajo.

paso máximo = 2; doble en (0, inf)
Tamaño de paso absoluto máximo.

maxiter = 200; uint en [1, inf)
Criterio de parada: el número máximo de iteraciones.

min-paso = 0.1; doble en (0, inf)
Tamaño mínimo de paso absoluto.

xtolá = 0.01; duplicar en [0, inf)
Deténgase si la inf-norma del cambio aplicado ax está por debajo de este valor.

gdsq Descenso de gradiente con estimación de pasos cuadráticos, los parámetros admitidos son:

ftolr = 0; duplicar en [0, inf)
Deténgase si el cambio relativo del criterio está por debajo.

gtola = 0; duplicar en [0, inf)
Deténgase si la inf-norma del gradiente está por debajo de este valor.

maxiter = 100; uint en [1, inf)
Criterio de parada: el número máximo de iteraciones.

escala = 2; doble en (1, inf)
Escala de tamaño de paso fijo de respaldo.

paso = 0.1; doble en (0, inf)
Tamaño de paso inicial.

xtolá = 0; duplicar en [0, inf)
Deténgase si la norma inf de x-update está por debajo de este valor.

GSL complemento optimizador basado en los optimizadores multimin de la biblioteca científica GNU
(GSL) https://www.gnu.org/software/gsl/, los parámetros admitidos son:

eps = 0.01; doble en (0, inf)
optimizadores basados ​​en gradientes: deténgase cuando | grad | <eps, simplex: detener cuando
tamaño simplex <eps ..

proceso = 100; uint en [1, inf)
número máximo de iteraciones.

optar = gd; dictar
Optimizador específico que se utilizará. Los valores admitidos son:
bfgs - Broyden-Fletcher-Goldfarb-Shann
bfgs2 - Broyden-Fletcher-Goldfarb-Shann (versión más eficiente)
cg-fr - Algoritmo de gradiente conjugado de Flecher-Reeves
gd - Descenso de gradiente.
simplex - Algoritmo simplex de Nelder y Mead
cg-pr - Algoritmo de gradiente conjugado Polak-Ribiere

paso = 0.001; doble en (0, inf)
tamaño de paso inicial.

tol = 0.1; doble en (0, inf)
algún parámetro de tolerancia.

nlopt Los algoritmos minimizadores que utilizan la biblioteca NLOPT, para una descripción de la
optimizadores, consulte 'http://ab-
initio.mit.edu/wiki/index.php/NLopt_Algorithms ', los parámetros admitidos son:

ftola = 0; duplicar en [0, inf)
Criterio de parada: el cambio absoluto del valor objetivo está por debajo
este valor.

ftolr = 0; duplicar en [0, inf)
Criterio de parada: el cambio relativo del valor objetivo está por debajo
este valor.

más alto = inf; doble
Límite superior (igual para todos los parámetros).

opción local = ninguno; dictar
algoritmo de minimización local que puede ser necesario para las principales
algoritmo de minimización. Los valores admitidos son:
gn-orig-directo-l - Dividir rectángulos (implementación original,
localmente sesgado)
gn-directo-l-noscal - Rectángulos de división (sin escala, sesgados localmente)
gn-isres - Estrategia de evolución de clasificación estocástica mejorada
ld-tnewton - Newton truncado
gn-directo-l-rand - Rectángulos de división (localmente sesgados, aleatorios)
ln-newuoa - Optimización sin restricciones sin derivadas de forma iterativa
Aproximación cuadrática construida
gn-direct-l-rand-noscale - Rectángulos de división (sin escala, localmente
sesgado, aleatorizado)
gn-orig-directo - Dividir rectángulos (implementación original)
ld-tnewton-precond - Newton truncado preacondicionado
reinicio de ld-tnewton - Newton truncado con reinicio de descenso más empinado
gn-directo - Dividir rectángulos
en-neldermead - Algoritmo simplex de Nelder-Mead
ln-cobyla - Optimización restringida por aproximación lineal
gn-crs2-lm - Búsqueda aleatoria controlada con mutación local
ld-var2 - Métrica variable de memoria limitada desplazada, rango 2
ld-var1 - Métrica variable de memoria limitada desplazada, rango 1
ld-mma - Método de movimiento de asíntotas
ld-lbfgs-nocedal - Ninguno
ld-lbfgs - BFGS de bajo almacenamiento
gn-directo-l - Rectángulos de división (sesgados localmente)
ninguna - no especifique algoritmo
In-bobyqa - Optimización restringida por límite libre de derivados
ln-sbplx - Variante subplex de Nelder-Mead
ln-newuoa-con destino - Optimización restringida por límite libre de derivadas por
Aproximación cuadrática construida iterativamente
en-praxis - Optimización local sin gradientes a través del eje principal
Método
gn-directo-noscal - Rectángulos de división (sin escala)
ld-tnewton-precond-reinicio - Newton truncado preacondicionado con
reinicio del descenso más empinado

inferior = -inf; doble
Límite inferior (igual para todos los parámetros).

maxiter = 100; int en [1, inf)
Criterio de parada: el número máximo de iteraciones.

optar = ld-lbfgs; dictar
algoritmo principal de minimización. Los valores admitidos son:
gn-orig-directo-l - Dividir rectángulos (implementación original,
localmente sesgado)
g-mlsl-lds - Enlace único multinivel (secuencia de baja discrepancia,
requieren optimización y límites locales basados ​​en gradientes)
gn-directo-l-noscal - Rectángulos de división (sin escala, sesgados localmente)
gn-isres - Estrategia de evolución de clasificación estocástica mejorada
ld-tnewton - Newton truncado
gn-directo-l-rand - Rectángulos de división (localmente sesgados, aleatorios)
ln-newuoa - Optimización sin restricciones sin derivadas de forma iterativa
Aproximación cuadrática construida
gn-direct-l-rand-noscale - Rectángulos de división (sin escala, localmente
sesgado, aleatorizado)
gn-orig-directo - Dividir rectángulos (implementación original)
ld-tnewton-precond - Newton truncado preacondicionado
reinicio de ld-tnewton - Newton truncado con reinicio de descenso más empinado
gn-directo - Dividir rectángulos
auglag-eq - Algoritmo lagrangiano aumentado con restricciones de igualdad
, solamente
en-neldermead - Algoritmo simplex de Nelder-Mead
ln-cobyla - Optimización restringida por aproximación lineal
gn-crs2-lm - Búsqueda aleatoria controlada con mutación local
ld-var2 - Métrica variable de memoria limitada desplazada, rango 2
ld-var1 - Métrica variable de memoria limitada desplazada, rango 1
ld-mma - Método de movimiento de asíntotas
ld-lbfgs-nocedal - Ninguno
g-mlsl - Enlace único multinivel (requiere optimización local y
límites)
ld-lbfgs - BFGS de bajo almacenamiento
gn-directo-l - Rectángulos de división (sesgados localmente)
In-bobyqa - Optimización restringida por límite libre de derivados
ln-sbplx - Variante subplex de Nelder-Mead
ln-newuoa-con destino - Optimización restringida por límite libre de derivadas por
Aproximación cuadrática construida iterativamente
augulag - Algoritmo lagrangiano aumentado
en-praxis - Optimización local sin gradientes a través del eje principal
Método
gn-directo-noscal - Rectángulos de división (sin escala)
ld-tnewton-precond-reinicio - Newton truncado preacondicionado con
reinicio del descenso más empinado
ld-slsqp - Programación cuadrática secuencial de mínimos cuadrados

paso = 0; duplicar en [0, inf)
Tamaño de paso inicial para métodos sin gradiente.

detener = -inf; doble
Criterio de parada: el valor de la función cae por debajo de este valor.

xtolá = 0; duplicar en [0, inf)
Criterio de parada: el cambio absoluto de todos los valores de x está por debajo de este
.

xtolr = 0; duplicar en [0, inf)
Criterio de parada: el cambio relativo de todos los valores de x está por debajo de este
.

EJEMPLO

Registre la imagen test.v en la imagen ref.v affine y escriba la imagen registrada en reg.v. Usar
dos niveles multirresolución y ssd como función de coste.

mia-3drigidreg -i test.v -r ref.v -o reg.v -l 2 -f affine -c ssd

AUTOR (es)

Gert Wollny

DERECHOS DE AUTOR

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con ABSOLUTAMENTE NINGUNA GARANTÍA y puede redistribuirlo bajo los términos de GNU
LICENCIA PÚBLICA GENERAL Versión 3 (o posterior). Para obtener más información, ejecute el programa con el
opción '--copyright'.

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