Este es el comando micro_razers que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
micro_razers
SINOPSIS
micro_razers [OPCIONES]
DESCRIPCIÓN
MicroRazerS utiliza una estrategia de mapeo basada en prefijos para mapear pequeñas lecturas de ARN posiblemente
que contiene la secuencia del adaptador de 3 '.
(c) Copyright 2009 de Anne-Katrin Emde.
-h, --ayuda
Muestra este mensaje de ayuda.
--versión
Muestra información de la versión
Opciones principales:
-o, --producción ARCHIVO
Cambiar el nombre del archivo de salida. Defecto: .resultado.
-rr, - tasa de reconocimiento NUM
establezca la tasa de reconocimiento porcentual en el rango [80..100]. Predeterminado: 100.
-SL, - longitud de la semilla NUM
longitud de la semilla En rango [10..inf]. Predeterminado: 16.
-se, --error-semilla
permitir un error en la semilla
-f, --hacia adelante
el mapa se lee solo para reenviar las hebras.
-r, --contrarrestar
El mapa se lee solo para revertir las hebras.
-Minnesota, --partido-N
'N' coincide con todos los demás personajes
-m, --max-éxitos NUM
generar solo NUM de los mejores resultados en el rango [1..inf]. Predeterminado: 100.
-Pensilvania, --purga-ambiguo
purgar lecturas con más de max-hits mejores coincidencias
-lm, --memoria baja
Disminuir el uso de memoria a expensas del tiempo de ejecución.
-v, --verboso
modo detallado
-vv, --verbose
modo muy detallado
Opciones de formato de salida:
-de, --formato de salida NUM
Establecer formato de salida. 0 = formato MicroRazerS, 1 = SAM. En rango [0..1].
-a, --alineación
volcar la alineación para cada partido
-gn, --nombramiento del genoma NUM
Seleccione cómo se nombran los genomas. 0 = usar ID de Fasta, 1 = enumerar comenzando con 1. En
rango [0..1]. Predeterminado: 0.
-rn, --nombre de lectura NUM
Seleccione cómo se nombran las lecturas. 0 = usar ID de Fasta, 1 = enumerar comenzando con 1. En
rango [0..1]. Predeterminado: 0.
-asi que, --Orden de clasificación NUM
Seleccione cómo se ordenan las coincidencias. 0 = número leído, 1 = posición del genoma. En el rango
[0..1]. Predeterminado: 0.
-pf, - formato de posición NUM
Seleccione la numeración de la posición inicial / final (consulte la sección de coordenadas a continuación). 0 = espacio vacío,
1 = espacio de posición. En rango [0..1]. Predeterminado: 0.
VERSIÓN
micro_razers versión: 1.0.1 Última actualización: julio de 2009
Utilice micro_razers en línea utilizando los servicios de onworks.net
