mincreshape - Online en la nube

PROGRAMA:

NOMBRE

mincreshape: corta un hiperlab de un archivo minc (con reordenamiento de dimensiones)

SINOPSIS

mincreforma [ ] .mnc .mnc

DESCRIPCIÓN

Mincreshape's El trabajo principal es cortar un hiperlab de un archivo minc y ponerlo en un nuevo
archivo minc. "¿Qué es un hiperslab?", Preguntas. Es simplemente una caja multidimensional especificada
con un índice inicial (un vector que da una coordenada voxel) y un vector de conteo (un número de
vóxeles a lo largo de cada eje). Una sola rebanada de un volumen es una hiperslab (con un recuento de 1
en la dirección del corte), un pequeño bloque extraído de un gran volumen es una hiperslab, un
El volumen de eco único de un conjunto de datos de resonancia magnética multieco es un hiperlab, un punto de tiempo de un
la adquisición dinámica es un hiperlab, ya se hace una idea. Revisar la -Comienzo, -contar y
-rango tenue opciones para obtener más detalles sobre cómo hacer esto (¡y mira los ejemplos!). Si tu
están sacando solo un punto a lo largo de una dimensión, tiene la opción de hacer que el
la dimensión desaparece, así que mincreforma le da la capacidad de reducir la dimensionalidad de
un archivo minc. Además, no está obligado a especificar un hiperlab que está solo dentro
el archivo de entrada, puede extenderse más allá de los límites de las dimensiones en el archivo de entrada, y
además, puede dar un recuento que cambiará los datos a lo largo de una dimensión.

Como si todo eso no fuera suficiente mincreforma tiene la capacidad de reordenar dimensiones. Lo mas
caso obvio es convertir una imagen transversal en una imagen coronal. Pero puedes escribir un
lista de nombres de dimensiones para obtener un orden arbitrario de dimensiones.

¡¿¡Quieres más!?! Bien bien. Forma minúscula realiza todas las operaciones ICV de la biblioteca minc
disponible en la línea de comando. Para los que gustan de las cosas definidas, un ICV es una imagen
variable de conversión (no me preguntes por qué la llamé así), que básicamente te permite decir la
datos cómo se verá. En otras palabras, realiza un montón de conversiones por ti.
Estas conversiones incluyen el cambio de tipo, rango y normalización de los valores de vóxel,
expandir o contraer imágenes (por duplicación de voxel o promediado) para dar un
tamaño de imagen y conversión de imágenes vectoriales a escalares.

Para que no se confunda, déjeme decirle claramente aquí: mincreforma hace todo el
Conversiones de ICV primero y luego se aplica el material de reordenamiento de dimensiones y de hiperlab
el resultado de eso. Entonces, si quieres mezclarlos (como -imgsize, -Comienzo, -contar),
primero tenlo claro en tu cabeza.

De acuerdo, agárrate a tu asiento: aquí tienes una lista de opciones.

CAMPUS

Tenga en cuenta que las opciones se pueden especificar en forma abreviada (siempre que sean únicas) y
se puede dar en cualquier lugar de la línea de comando.

General opciones

-2 Cree archivos de salida en formato MINC 2.0.

-golpear
Sobrescribe un archivo existente.

-noclobber
No sobrescriba un archivo existente (predeterminado).

-verboso
Imprime información de progreso para cada fragmento de datos copiados (predeterminado). Un trozo
varía en tamaño dependiendo principalmente de si está reordenando dimensiones o no y
qué tan grande se permite que sea el búfer interno.

-tranquilo No imprima información de progreso.

-max_chunk_size_in_kb tamaño
Especifique el tamaño máximo del búfer de copia (en kbytes). El valor predeterminado es 4096 kbytes
(4 megas).

Imagen conversión opciones (píxel tipo y distancia):

El valor predeterminado para tipo, signo y rango válido es usar los del archivo de entrada. Si el tipo es
especificado, tanto el signo como el rango válido se establecen en el valor predeterminado para ese tipo. Si el signo es
especificado, el rango válido se establece en el valor predeterminado para el tipo y el signo.

-Tipo de archivo
No realice ninguna conversión de tipo (predeterminado).

-byte Almacene los vóxeles de salida en formato entero de 8 bits.

-corto Almacene los vóxeles de salida en formato entero de 16 bits.

-En t Almacene los vóxeles de salida en formato entero de 32 bits.

-largo Sustituida por -En t.

-flotador Almacene los vóxeles de salida en formato de coma flotante de 32 bits.

-doble
Almacene los vóxeles de salida en formato de coma flotante de 64 bits.

-firmado
Escriba los valores como enteros con signo (predeterminado para cortos y largos). Ignorado por
tipos de coma flotante.

-no firmado
Escriba los valores como enteros sin signo (predeterminado para byte). Ignorado por flotar
tipos de puntos.

-rango válido min max
especifica el rango válido de valores de vóxeles de salida en su representación entera.
El valor predeterminado es el rango completo para el tipo y el signo. Esta opción se ignora para
valores de coma flotante.

-rango_imagen min max
Normalice las imágenes a un valor real mínimo y máximo dado (no al valor de vóxel).

-normalizar
Normalice las imágenes al mínimo y al máximo reales para todo el archivo de entrada.

-nonormalizar
No normalizar imágenes (predeterminado).

-nopixfill
No convierta valores fuera de rango en el archivo de entrada, simplemente cópielos.

-pixfill
Reemplace los valores fuera de rango en el archivo de entrada por el valor más pequeño posible (predeterminado).

-pixfillvalor propuesta de
Especifique un nuevo valor de píxel para reemplazar los valores fuera de rango en el archivo de entrada.

Imagen conversión opciones (dimensión dirección y Talla):

-escalar
Convierta imágenes vectoriales en imágenes escalares (una imagen vectorial es una con vector_dimensión
como la dimensión variable más rápida). La dimensión vectorial se elimina y los valores se
promediado.

-noscalar
No convierta imágenes vectoriales en imágenes escalares (predeterminado).

+ dirección
Voltee las imágenes para dar un valor de paso positivo para los ejes espaciales. Tenga en cuenta que el volteo
de ejes espaciales solo se aplica a las "dimensiones de la imagen". Estos son los dos mas rapidos
dimensiones variables (no vectoriales) en el archivo. Si quieres voltear una imagen que no es
dimensión, puede convertirla en una dimensión de imagen con -dimensionar nombre oscuro= -1 (la
-1 significa que realmente no cambies el tamaño). Mira los ejemplos.

-dirección
Voltee las imágenes para dar un valor de paso negativo para los ejes espaciales.

-cualquier dirección
No voltee imágenes a lo largo de ejes espaciales (predeterminado).

+ xdirection
Voltee las imágenes para dar un xspace positivo: valor de paso (de izquierda a derecha).

-xdirección
Voltee las imágenes para dar un xspace negativo: valor de paso (de derecha a izquierda).

-xanidirección
No voltee las imágenes a lo largo del eje x.

+ ydirection
Voltee las imágenes para dar un espacio y: valor de paso positivo (posterior a anterior).

-dirección
Voltee las imágenes para dar un espacio y: valor de paso negativo (anterior a posterior).

-yanydirección
No voltee las imágenes a lo largo del eje y.

+ direcciónz
Voltee las imágenes para dar un valor positivo de zspace: step (inferior a superior).

-zdirección
Voltee las imágenes para dar un espacio z negativo: valor de paso (superior a inferior).

-zanydirección
No voltee las imágenes a lo largo del eje z.

-mantener
Conserve la relación de aspecto al cambiar el tamaño de las imágenes. Esto significa que los vóxeles se replican
(o promediado) el mismo número de veces a lo largo de cada dimensión de la imagen.

-nokeepaspect
No fuerce la conservación de la relación de aspecto al cambiar el tamaño de las imágenes (predeterminado).

-imgsize tamaño
Especifique el tamaño de imagen deseado (usado si -hacer or -colsize no dado).

-hacer tamaño
Especifique el número deseado de filas en la imagen.

-colsize tamaño
Especifique el número deseado de columnas en la imagen.

-dimensionar dimensión=tamaño
Especifique el tamaño de una dimensión con nombre (dimensión=tamaño). Tenga en cuenta que el cambio de tamaño solo
se aplica a las "dimensiones de la imagen", normalmente las dos que varían más rápidamente (no vectoriales)
dimensiones. Para cambiar el tamaño de las dimensiones, todas las dimensiones de variación más rápida hasta el
dimensión nombrada se convierten en dimensiones de imagen, y estas se ven afectadas por
las opciones de dirección. El nombre y el tamaño de la dimensión deben estar en una línea de comandos
argumento, por lo que si usa espacios (lo cual está bien), recuerde usar comillas para ocultarlos
de la cáscara.

Reorganización opciones:

-transverso
Escribe cortes transversales.

-sagital
Escribe cortes sagitales.

-coronal
Escribe cortes coronales.

-desorden dim1,dim2,dim3, ...
Especifique el orden de las dimensiones, donde ¿oscuro? son los nombres de las dimensiones. Puedes dar
menos dimensiones de las que existen en el archivo: se supone que son las que varían más rápidamente
dimensiones en el archivo de salida (por lo que -transverso es exactamente equivalente a -desorden
zspace, yspace, xspace). Nuevamente, se permiten espacios entre los nombres, pero recuerde
escóndelos del caparazón con comillas.

-rango tenue oscuro=comienzo[,contar]
Especificar el rango de subíndices de dimensión para dimensión oscuro. Si contar falta o
0, entonces se considera que significa 1, pero elimine la dimensión del archivo de salida (un
la cuenta de 1 mantendrá una dimensión de tamaño 1). Un negativo contar significa voltear los datos
a lo largo de esa dimensión, en este caso comienzo especifica la coordenada de vóxel más alta
para la dimensión-rango tenue xespacio = 3, -3 da una versión invertida de
-rango tenue xespacio = 1,3). Las opciones -Comienzo y -contar proporcionar una forma alternativa de
especificar la misma información.

-Comienzo coord0,coord1,coord2, ...

Especifica la esquina de inicio de la hiperslab (las coordenadas van desde la variación más lenta
dimensión al más rápido). Si se dan menos coordenadas que las dimensiones que existen en el
archivo, entonces se supone que se aplican a las dimensiones variables más lentas y
las coordenadas restantes se establecen en 0. Consulte -rango tenue para más detalles. Ambos -Comienzo y
-contar dar vectores que correspondan a las dimensiones del archivo de entrada después de la imagen
Se han aplicado opciones de conversión (ICV).

-contar size0,size1,size2, ...
Especifica las longitudes de los bordes de la hiperslab para leer (las coordenadas van desde la variación más lenta
dimensión al más rápido). Si se dan menos tamaños de los que existen en el archivo,
entonces se supone que se aplican a las dimensiones variables más lentas y al resto
los tamaños se establecen en el tamaño completo de la dimensión. Ver -rango tenue para más información.
Ambos -Comienzo y -contar dar vectores que correspondan a las dimensiones del archivo de entrada después
Se han aplicado las opciones de conversión de imagen (ICV).

Desaparecido datos opciones:

-sin relleno
Utilice el valor cero para los puntos fuera del volumen de entrada (predeterminado).

-llenar Utilice un valor de relleno para los puntos fuera del volumen de entrada (valor mínimo posible).

-valor de relleno propuesta de
Especifique un valor de relleno para los puntos fuera del volumen de entrada (este es un valor real,
no es un valor de píxel).

Generic opciones para todos comandos:

-ayuda Imprima un resumen de las opciones de la línea de comandos y salga.

-versión
Imprima el número de versión del programa y salga.

EJEMPLOS:

Suponga que tenemos un volumen con dimensiones zspace, yspace, xspace (que es transversal)
y tamaños 128, 256, 256. Si queremos obtener el segmento 40 (manteniendo las coordenadas
información para la dimensión zspace), entonces podemos usar

mincreshape original.mnc new.mnc -dimrange zspace = 40,1

Alternativamente, podríamos usar

mincreshape original.mnc nuevo.mnc -start 40,0,0 -count 1,256,256

O simplemente

mincreshape original.mnc nuevo.mnc -start 40 -count 1

Si quisiéramos deshacernos de la dimensión zspace, podríamos usar

mincreshape original.mnc new.mnc -dimrange zspace = 40,0

Saquemos un bloque del medio y gírelo a lo largo de xspace:

mincreshape original.mnc nuevo.mnc \
-start 40,10,240 -count 1,200, -200

Pero, ¿por qué reprimirse? Salgamos de los límites:

mincreshape original.mnc nuevo.mnc \
-start 40, -100,340 -count 1,200, -200

Si desea un volumen sagital, use esto:

mincreshape original.mnc nuevo.mnc -sagital

¿Qué tal unas cabezas de lado? Voltear xey. Y conviértalo a byte para ahorrar espacio mientras
estamos en eso:

mincreshape original.mnc new.mnc -dimorder xspace, yspace -byte

Le gusta almacenar volúmenes en orden x, y, z (¡eso es z variando más rápido! Conozco a algunas personas que
¡hazlo!)? Bueno.

mincreshape original.mnc new.mnc -dimorder xspace, yspace, zspace

Pero eres minimalista (y no te importa arriesgarte). Aquí está lo mismo (pero
podría romperse para otro archivo):

mincreshape original.mnc nuevo.mnc -dimorder zspace

Asegurémonos de que todas las dimensiones tengan un atributo de paso negativo (ver opción + dirección
para algunos detalles):

mincreshape original.mnc new.mnc -direction -dimsize zspace = -1

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