Este es el comando miraSearchESTSNPs que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
miraSearchESTSNPs - Pipeline para descubrir SNPs en tecnologías ecológicamente racionales de diferentes cepas
DESCRIPCIÓN
El programa miraSearchESTSNPs se puede utilizar para el ensamblaje de datos EST de diferentes cepas
(u organismos) y detección de SNP dentro de este conjunto. Este es el antiguo programa miraEST
que se renombró porque muchas personas se confundieron sobre si usar MIRA en modo est o
más milagroso.
miraSearchESTSNPs es una tubería que reconstruye las secuencias de transcripción de ARNm prístinas
recopilados en proyectos de secuenciación EST de más de una cepa, lo que puede ser una base confiable
para los pasos de análisis posteriores, como la agrupación en clústeres o el análisis de exones. Esto significa que incluso los genes
que contienen solo un SNP transcrito en diferentes alelos primero se tratan como diferentes
transcripciones. El último paso opcional del proceso de montaje se puede configurar como un simple
clusterer que puede ensamblar transcripciones que contienen la misma secuencia de exón, pero solo
difieren en las posiciones de SNP - en una secuencia de consenso. Luego, dichos SNP pueden analizarse,
clasificados y asignados de forma fiable a su correspondiente secuencia de transcriptoma de ARNm.
Sin embargo, es importante tener en cuenta que miraSearchESTSNPs es un ensamblador y no un
herramienta de agrupación soplada.
SINOPSIS
En la versión 3.9.17 esta funcionalidad está desactivada.
Use miraSearchESTSNPs en línea usando los servicios de onworks.net
