Este es el comando phyml que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
phyml - Estimación filogenética utilizando máxima verosimilitud
SINOPSIS:
phyml [argumentos de comando]
Todas las opciones siguientes son opcionales (excepto '-i' si desea utilizar la línea de comandos
interfaz).
Opciones de comando:
-i (o --aporte) nombre_archivo_seq
nombre_archivo_seq es el nombre del archivo de secuencia de nucleótidos o aminoácidos en PHYLIP
formato.
-d (o --tipo de datos) tipo de datos
tipo de datos es 'nt' para nucleótidos (predeterminado), 'aa' para secuencias de aminoácidos o
'genérico', (utilice el formato de archivo NEXUS y el parámetro 'símbolos' aquí).
-q (o --secuencial)
Cambia el formato entrelazado (predeterminado) a formato secuencial.
-n (o --múltiple) nb_data_sets
nb_data_sets es un número entero que corresponde al número de conjuntos de datos a analizar.
-p (o --pars) [] Utilice un árbol inicial de parsimonia mínima. Esta opción se tiene en cuenta
cuando la opción '-u' está ausente y cuando se deben realizar modificaciones de la topografía del árbol.
-b (o --oreja) int
int > 0: int es el número de réplicas de bootstrap.
int = 0: ni la prueba de razón de verosimilitud aproximada ni los valores de bootstrap son
calculado.
int = -1: prueba de razón de verosimilitud aproximada que devuelve estadísticas aLRT.
int = -2: prueba de razón de verosimilitud aproximada que devuelve una rama paramétrica basada en Chi2
soportes.
int = -4: (predeterminado) La rama tipo SH solo se admite.
-m (o --modelo) modelo
modelo: nombre del modelo de sustitución. - Nucleótido-modelos basados en: 85 HKY (predeterminado) |
JC69 | K80 | F81 | F84 | TN93 | GTR | personalizado (para la opción personalizada, una cadena de
seis dígitos identifica el modelo. Por ejemplo, 000000)
corresponde a F81 (o JC69 siempre que la distribución de frecuencias de nucleótidos sea
uniforme). 012345 corresponde a GTR. Esta opción se puede utilizar para codificar cualquier
modelo que está anidado dentro de GTR.
- Aminoácidos modelos basados: LG (predeterminado) | WAG | JTT | MtREV | día de descanso | DCMut |
RtREV | CpREV | VT flor62 | montemam | mtart | VIHw | VIHb | personalizado
--aa_rate_file nombre de archivo
nombre de archivo es el nombre del archivo que proporciona la tasa de sustitución de aminoácidos
matriz en formato PAML. Es obligatorio utilizar esta opción al analizar amino.
secuencias de ácido con el modelo "personalizado".
-f e, mo fA, fC, fG, fT
e : las frecuencias de los caracteres se determinan de la siguiente manera:
- Secuencias de nucleótidos: (empírica) se estiman las frecuencias de base de equilibrio
contando la ocurrencia de las diferentes bases en la alineación.
- Secuencias de aminoácidos: (empírica) las frecuencias de aminoácidos de equilibrio son
estimado contando la aparición de los diferentes aminoácidos en la alineación.
m : las frecuencias de los caracteres se determinan de la siguiente manera:
- Secuencias de nucleótidos: (ML) las frecuencias de base de equilibrio se estiman utilizando
máxima verosimilitud
- Secuencias de aminoácidos: (modelo) las frecuencias de aminoácidos de equilibrio son
estimado utilizando las frecuencias definidas por el modelo de sustitución.
"fA, fC, fG, fT" : solo válido para modelos basados en nucleótidos. fA, fC, fG y fT son
números flotantes que corresponden a las frecuencias de A, C, G y T respectivamente
(ADVERTENCIA: no use ningún espacio en blanco entre sus valores de frecuencias de nucleótidos,
¡solo comas!)
-t (o --ts/televisor) ts / tv_ratio
ts / tv_ratio : relación de transición / transversión. Solo secuencias de ADN. Puede ser un fijo
valor positivo (ej: 4.0) oe para obtener la estimación de máxima verosimilitud.
-v (o --pinv) prop_invar
prop_invar: proporción de sitios invariables. Puede ser un valor fijo en [0,1]
range o e para obtener la estimación de máxima verosimilitud.
-c (o --clases) nb_subst_cat
nb_subst_cat : número de categorías de tasa de sustitución relativa. Defecto:
nb_subst_cat = 4. Debe ser un número entero positivo.
-a (o --alfa) gama
gama : distribución del parámetro de forma de distribución gamma. Puede ser un fijo
valor positivo o e para obtener la estimación de máxima verosimilitud.
-s (o --buscar) movimiento
Opción de operación de búsqueda de topoLOGÍA de árbol. Pueden ser cualquiera de los dos NNI (predeterminado, rápido) o SPR (a
un poco más lento que NNI) o MEJOR (lo mejor de la búsqueda NNI y SPR).
-u (o --árbol de entrada) archivo_árbol_usuario
archivo_árbol_usuario : nombre de archivo del árbol inicial. El árbol debe estar en formato Newick.
-o params
Esta opción se centra en la optimización de parámetros específicos.
params= tlr: la topoLOGÍA del árbol (t), la longitud de la rama (l) y los parámetros de velocidad (r) son
optimizado.
params= tl: se optimizan la topoLOGÍA del árbol y la longitud de las ramas.
params= lr: se optimizan la longitud de la rama y los parámetros de velocidad.
params= l: se optimizan las longitudes de las ramas.
params= r: se optimizan los parámetros de tasa.
params= n: no se optimiza ningún parámetro.
--rand_start
Esta opción establece el árbol inicial en aleatorio. Solo es válido si las búsquedas SPR son
a realizar.
--n_rand_starts número
número es el número de árboles aleatorios iniciales que se utilizarán. Solo es válido si SPR
se realizarán búsquedas.
--r_semilla número
número es la semilla utilizada para iniciar el generador de números aleatorios. Debe ser un entero.
--print_site_lnl
Imprima la probabilidad de cada sitio en el archivo * _phyml_lk.txt.
--print_trace
Imprima cada filogenia explorada durante el proceso de búsqueda de árbol en el archivo
* _phyml_trace.txt.
--run_id ID_cadena
Añade la cadena ID_cadena al final de cada archivo de salida PhyML. Esta opción puede
ser útil cuando se ejecutan simulaciones que involucran PhyML.
--tranquilo
Sin preguntas interactivas (para ejecutar en modo por lotes) y salida silenciosa.
--no_memory_check
No hay preguntas interactivas sobre el uso de la memoria (para ejecutar en modo por lotes). Salida normal
de otra manera.
--alias_subpatt
El alias de sitio se generaliza a nivel de subárbol. A veces conducen a más rápido
cálculos. Véase Kosakovsky Pond SL, Muse SV, Sytematic Biology (2004) para una
ejemplo.
--boot_progress_display número (predeterminado = 20)
número es la frecuencia con la que se actualizará la barra de progreso de bootstrap. Debe ser
un entero.
PHYLIP-COMO INTERFAZ
También puede usar PhyML sin argumento, en este caso cambie el valor de un parámetro por
escribiendo su carácter correspondiente como se muestra en la pantalla.
EJEMPLOS
Archivo de secuencia de ADN entrelazado, parámetros predeterminados:
fiml -i secuencias1
Archivo de secuencia intercalado AA, parámetros predeterminados:
fiml -i secuencias2 -d aa
Archivo de secuencia secuencial AA, con personalización:
fiml -i secuencias3 -q -d aa -m JTT -c 4 -a e
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