Este es el comando proftmb que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
proftmb - predicción por residuo de barriles beta transmembrana bacterianos
SINOPSIS
profmb [opciones]
DESCRIPCIÓN
proftmb predice barriles beta transmembrana bacterianos a partir de la secuencia utilizando el perfil alimentado
Modelos ocultos de Markov (HMM).
Salida formato
Autoanotación. Letras de predicción: 'i' - dentro del citoplasma, 'O' - fuera del citoplasma,
'U' - arriba (en la cadena que sale del citoplasma), 'D' - abajo (en la cadena que se mueve hacia el citoplasma).
Referencias
Bigelow, H. y Rost, B. (2006). PROFtmb: un servidor web para predecir bacterias
proteínas de barril beta transmembrana. Nucleic Acids Res, 34 (problema del servidor web), W186-8.
A invocar la menú, tipo:
profmb --menú
El opciones son:
-d, --directorio-raíz
ruta raíz donde los archivos (opciones -s, -r, -l, -a, -e, -t, -u, -z, -n) residen
-a, --reducción-estado-decodificación
reducción de estado para decodificación
-b, --informe-estado-reducción
reducción de estado para la presentación de informes
-m, - estados de hebra de membrana
lista de estados de la cadena de la membrana
-z, --archivo-curva-z
archivo que contiene medias y sd en valores de longitud integral
-x, --z-calibración-curva
cobertura de mapeo de archivos y valores de precisión a puntuaciones z
-n, - frecuencia nula
archivo de frecuencia de fondo
-c, - puntaje mínimo de corte
puntuación z mínima para la predicción por residuo
-o, --outfile-prefijo
prefijo del archivo de salida para los tres archivos generados: PREFIX_dat.txt,
PREFIJO_proftmb_pretty.txt PREFIJO_proftmb_tabular.txt
-s, --datos-modelo-estático
datos que representan la arquitectura del modelo
-t, --parámetros-entrenados
parámetros que representan los datos de entrenamiento codificados
-q, --test-blastQ-archivo-o-dir
perfil psiblast-Q) o directorio (nombre de ruta completo o relativo al directorio actual)
con muchos perfiles
-w, --nombre-secuencia-única
if -q La opción apunta a un solo archivo, este es el nombre
-v, --list-blastQ-archivos
lista de archivos psiblast para procesar en el directorio (déjelo en blanco para procesar todos los archivos)
--outfile-bonita
archivo de salida bonito (anula el nombre automático PREFIX_proftmb_pretty.txt)
- pestaña de archivo de salida
archivo de salida tabulado (anula el nombre automático
PREFIJO_proftmb_tabular.txt)
--datos de archivo de salida
archivo de salida de datos (anula el nombre automático PREFIX_dat.txt)
--versión
información de la versión de salida y salir
--tranquilo
tranquilizarse
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