progresivoMauve: en línea en la nube

PROGRAMA:

NOMBRE

progresivoMauve: construcción eficiente de múltiples alineaciones del genoma

DESCRIPCIÓN

Uso progresivo de Mauve:

Cuando cada genoma reside en un archivo separado: progressivoMauve [opciones]
...

Cuando todos los genomas están en un solo archivo: progressMauve [opciones]

OPCIONES

--island-gap-size =Se considera que los huecos de alineación por encima de este tamaño en nucleótidos
ser islas [20]

--profile =(Aún no implementado) Leer una alineación de secuencia existente en formato XMFA
y alinearlo con otras secuencias o alineaciones

--apply-backbone =Leer una alineación de secuencia existente en formato XMFA y aplicar
estadísticas de la columna vertebral

--disable-backbone Deshabilitar la detección de la red troncal

- mamás Encuentre solo MUM, no intente determinar localmente bloques colineales (LCB)

--seed-weight =Utilice el peso de semilla especificado para calcular los anclajes iniciales

--salida =Nombre del archivo de salida.
Imprime en la pantalla de forma predeterminada

--backbone-output =Nombre del archivo de salida de la red troncal (opcional).

--match-input =Utilice el archivo de coincidencias especificado en lugar de buscar coincidencias

--input-id-matrix =Una matriz de identidad que describe la similitud entre todos los pares de entrada.
secuencias / alineaciones

--max-gap-aligner-length =Número máximo de pares de bases con los que intentar alinearse
el alineador con huecos

--input-guide-tree =Un árbol guía filogenético en formato NEWICK que describe la
orden en el que se alinearán las secuencias

- árbol-guía-de-salida =Escriba el árbol guía utilizado para la alineación con un archivo

--versión Mostrar información sobre la versión del software

--depurar Ejecutar en modo de depuración (realizar comprobaciones de coherencia internas, muy lento)

--scratch-path-1 =Designe una ruta que pueda usarse para el almacenamiento temporal de datos.
Deben especificarse dos o más rutas.

--scratch-path-2 =Designe una ruta que pueda usarse para el almacenamiento temporal de datos.
Deben especificarse dos o más rutas.

--colineal Suponga que las secuencias de entrada son colineales, no tienen reordenamientos

--scoring-esquema =Selecciona la función de puntuación de anclaje.
El valor predeterminado es la suma de pares existente (sp).

- sin escala de peso No escale pesos LCB por distancia de conservación y punto de corte
distancia

--max-breakpoint-distance-scale =Establezca la escala de peso máximo por
distancia del punto de ruptura.
Predeterminado a 0.5

- escala de distancia de conservación =Escale las distancias de conservación en esta cantidad.
Predeterminado a 0.5

--muscle-args =Opciones de línea de comandos adicionales para MUSCLE.
Todas las comillas deben escaparse con una barra invertida.

- refinamiento de saltos No realice un refinamiento iterativo

--alineación con saltos No realice una alineación con espacios

--pb-dist-estimar-min-score =Puntuación LCB mínima para estimar el punto de ruptura por pares
distancia

--mem-limpio Establezca esto en verdadero al depurar asignaciones de memoria

--gap-open =Penalización por hueco abierto

--repeat-Penalty =Establece si las puntuaciones de repetición son negativas o van a cero
para secuencias muy repetitivas.
El valor predeterminado es negativo.

--gap-extend =Penalización por extensión de brecha

--sustitución-matriz =Matriz de sustitución de nucleótidos en formato NCBI

--weight =Puntuación LCB mínima por pares

--min-escala-penalización =Penalización mínima de punto de ruptura después de escalar la penalización en
divergencia esperada

--hmm-p-go-homologous =Probabilidad de pasar de lo no relacionado a lo
estado homólogo [0.00001]

--hmm-p-go-unrelated =Probabilidad de pasar de lo homólogo a lo
estado no relacionado [0.000000001]

--hmm-identidad =Nivel esperado de identidad de secuencia entre pares de secuencias,
entre 0 y 1 [0.7]

--familia de semillas Utilice una familia de semillas espaciadas para mejorar la sensibilidad.

--semillas sólidas Utilice semillas sólidas. No permita sustituciones en partidos de ancla.

- codificación-semillas Utilice semillas de patrones de codificación. Útil para generar regiones de codificación de coincidencias con
Degeneración de la posición del 3er codón.

--desactivar el caché Deshabilite el almacenamiento en caché de búsqueda de anclaje recursivo para solucionar un error de bloqueo

--no-recursividad Deshabilitar la búsqueda de ancla recursiva

EJEMPLOS

progresivoMauve --output = my_seqs.xmfa my_genome1.gbk my_genome2.gbk my_genome3.fasta

Si los genomas están en un solo archivo y no tienen reordenamiento: progresivoMauve --colinear
--output = my_seqs.xmfa my_genomes.fasta

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