Este es el comando qualityScores que se pueden ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
qualityScores: un componente de la suite subread
USO
QualityScores [opciones] -i -o
Argumentos requeridos:
-i
Nombre del archivo de entrada, incluidos los datos leídos. El formato predeterminado es Fastq.
-o
Nombre del archivo de salida que es un archivo de texto que incluye puntuaciones Phred para cada base de lectura.
Argumentos opcionales:
--gzFASTQentrada El archivo de entrada está en formato Fastq comprimido con gzip.
--BAEntrada
El archivo de entrada está en formato BAM.
- Entrada SAM
El archivo de entrada está en formato SAM.
--primera terminación
Utilice solo las primeras lecturas en los datos del extremo emparejado. Solo aplicable para BAM / SAM de extremo emparejado
entrada.
--segundo final
Utilice solo segundas lecturas en datos de extremo emparejado. Solo aplicable para BAM / SAM de extremo emparejado
entrada.
--contado-lecturas Número total de lecturas que se extraerán de la entrada
expediente. 10,000 por defecto.
--phred-offset <33 | 64> se refieren al alineador de subread.
Utilice QualityScores en línea utilizando los servicios de onworks.net
