Este es el comando quiver que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
carcaj: llamador de consenso genómico diseñado para datos de Pacific Biosciences
DESCRIPCIÓN
Carcaj es un algoritmo para llamar a un consenso de alta precisión a partir de múltiples lecturas de PacBio,
utilizando un par-HMM explotando tanto las llamadas base como las métricas de QV para inferir el verdadero subyacente
Secuencia de ADN.
Fecha presentar requisitos
Para hacer las llamadas de consenso más precisas posibles, Quiver hace uso de una batería de
métricas de valor de calidad calculadas por la basecaller. Si está utilizando un SMRTportal
versión de instalación 1.4 o posterior, entonces SMRTportal cargará toda la información de Quiver
necesidades, por lo que puede omitir el resto de esta sección.
En SMRTportal versiones 1.3.3 y anteriores, de forma predeterminada solo un subconjunto de estos valores de calidad
están incluidos en el .cmp.h5 archivos producidos por SMRTanalysis. Conseguir un .cmp.h5 con todos los
QV cargados, necesitará utilizar el RS_Mapping_QV protocolo para crear un cmp.h5 se declara en
Carcaj.
Si está utilizando una versión anterior a SMRTportal / SMRTanalysis 1.3.3, actualice.
EJEMPLOS
Correr Carcaj
Por ejemplo,
$ carcaj -j8 align_reads.bam \
> -r ruta / a / lambda.fasta \
> -o variantes.gff -o consenso.fasta
utilizará 8 CPU para ejecutar Quiver en align_reads.bam, dando salida a la secuencia de consenso y
variantes.
Tenga en cuenta que si está utilizando un archivo cmp.h5 y no ha utilizado el RS_Mapping_QV protocolo para
generar ese archivo --- o si el archivo fuente bas.h5 fue generado por un instrumento anterior a 1.3.1
software --- el cmp.h5 no contendrá la batería completa de métricas QV requeridas para un óptimo
Precisión del carcaj. El comando seguirá funcionando, pero dará una advertencia de que su
la precisión será subóptima.
Ejecutar Carcaj on Múltiple Entrada Archivos
Múltiples archivos de alineación en un FOFN (Archivo de nombres de archivo) se pueden agitar contra un solo
referenciaConsenso genómico > = 1.1.0).
Un ejemplo de entrada FOFN:
$ gato align_reads.fofn
/ruta/a/reads1.bam
/ruta/a/reads2.bam
se puede utilizar en lugar de un archivo de lecturas:
$ carcaj -j8 align_reads.fofn \
> -r ruta / a / lambda.fasta \
> -o variantes.gff -o consenso.fasta
Quiver también se puede utilizar con archivos XML DataSet. Consulte pbcore para obtener detalles sobre la generación de nuevos
Archivos XML DataSet para sus archivos de alineación.
Alta precisión asamblea consenso
Quiver permite precisiones de consenso en conjuntos de genomas con precisiones cercanas o incluso
excediendo Q60 (un error por millón de bases). Si usa el protocolo de ensamblaje HGAP en
SMRTportal 2.0 o posterior, Quiver se ejecuta automáticamente como el paso final de "pulido del ensamblaje".
Utilice quiver en línea utilizando los servicios de onworks.net
