Este es el comando rastep que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
rastep - (Programa de elipsoide térmico Raster3D)
SINOPSIS
rasposo [-h] [-Yo asi] [-Bcolor Bmín Bmax] [-problema nivel] [-fantasía [0-3]] [-radio R] <
archivo.pdb > elipsoides.r3d
rasposo -tabular [archivo de tabulación] [-por_tipo_atomo] [-con [archivocomtab]] < archivo.pdb >
Estadísticas de texto
raspar lee un archivo de coordenadas PDB. Este archivo debe contener registros ANISOU que describan
átomos refinados anisotrópicamente. raspar puede crear un archivo de entrada para Raster3D
renderizar el programa o realizar un análisis estadístico de la anisotropía atómica para varios
clases de átomos de entrada. Por defecto, el programa crea una escena de elipsoide + palo
descripción en la que cada átomo está representado por un elipsoide que encierra una isosuperficie de
la función de densidad de probabilidad. Estos se conocen comúnmente como elipsoides térmicos.
El programa se puede ejecutar en un modo alternativo, controlado por la opción -tabulate, en la que
la salida principal a stdout es una lista de los valores propios de la matriz Uij, seguida de
la correspondiente anisotropía atómica e isotrópica Ueq, para cada átomo en el archivo de entrada
con un registro ATOM y un registro ANISOU coincidente. Este modo es utilizado por el
herramientas de validación Parvati y Skittls.
EJEMPLOS
Describir elipsoides térmicos con un nivel de probabilidad del 50%, con colores CPK predeterminados, y
envíelo para su procesamiento inmediato en un archivo PNG
rastep <infile.pdb | render -png imagen.png
Para describir los mismos elipsoides coloreados por Biso, omitiendo los registros de encabezado para que el
El archivo de entrada resultante se puede combinar con otros componentes de la escena.
rastep -h -Bcolor 10. 30. <infile.pdb> elipsoides.r3d
cat header.r3d ellipsoids.r3d otherstuff.r3d | render> imagen.png
OPCIONES
-carro
Selección automática del ángulo de visión, elegido para minimizar la dispersión de los átomos a lo largo de la vista
dirección.
-Bcolor Bmín Bmax
Asignar colores basados en valores B en lugar de comparar los registros ATOM con la entrada o los valores predeterminados
Registros de COLOR. Los átomos con B <= Bmin serán de color azul oscuro; átomos con B> = Bmax será
ser de color rojo claro; A los átomos con Bmin <B <Bmax se les asignarán colores sombreados suavemente
a través del espectro de azul a rojo.
-fantasía [0-6]
La sección -lujoso La opción selecciona representaciones cada vez más complejas de los elipsoides renderizados.
-fancy0 [predeterminado] = superficie sólida
-fancy1 = ejes principales del elipsoide, con superficie de delimitación transparente
-fancy2 = planos ecuatoriales coloreados del elipsoide
-fancy3 = planos ecuatoriales coloreados con superficie de delimitación transparente
-fancy4 = superficie delimitadora transparente que contiene el eje principal más largo
-fancy5 = para los amantes de ORTEP, un elipsoide sólido al que le falta un octante
-fancy6 = para los amantes de ORTEP que quieren el octante que falta en un color diferente
-h
Suprime los registros de encabezado en la salida. Por defecto rasposo producirá un archivo de salida que
comienza con registros de encabezado que contienen un conjunto predeterminado de opciones de escalado y procesamiento.
La sección -h flag suprimirá estos registros de encabezado. Esta opción es útil para producir archivos.
que describen solo una parte de una escena, y que luego se combinarán con el descriptor
archivos producidos por otros programas.
-Yo asi
Fuerza superficies de probabilidad isotrópicas (esferas). Por defecto, rastep buscará ANISOU
registros en el archivo PDB y utilícelos para generar elipsoides. Si no hay registro ANISOU
presente para un átomo dado, el valor B dado en el registro ATOM / HETATM se utilizará para
generar una esfera en su lugar. Seleccionando el -Yo asi forzará al programa a utilizar la B
valor en el registro ATOM incluso si también está presente un registro ANISOU.
-mini
Autoorientación (como en -auto) y parcela de pequeño tamaño (176x208).
-nohidrógenos
No trace los hidrógenos, incluso si están presentes en el archivo PDB.
-problema nivel
De forma predeterminada, las isosuperficies se dibujan para encerrar el nivel de probabilidad del 50% en la densidad
función descrita por los valores Uij en el registro ANISOU. los -problema opción le permite
en su lugar, seleccione un nivel de probabilidad diferente. Si 0 <Plevel <1 este valor se interpreta
como una fracción; si Plevel> 1, este valor se interpreta como un porcentaje.
-radio R
Por defecto, rastep dibuja enlaces con radio 0.10A entre átomos vecinos usando el mismo
algoritmo como varillas. Esta opción le permite cambiar el radio de los enlaces. Si el radio
se establece en 0 no se dibujan bonos.
-tabular [archivo de tabulación]
La opción -tabulate solicita que el programa acumule e imprima estadísticas en el
distribución de anisotropía entre átomos en el archivo de entrada en lugar de producir una entrada
archivo para renderizar. Los ejes principales y la anisotropía de cada átomo se escriben en stdout. Un
El resumen estadístico general se escribe en tabfile si se especifica, de lo contrario, en stdout.
-por_tipo_atomo
La opción -by_atomtype es un modificador para -tabulate. Causa una subdivisión adicional de
átomos por tipo de átomo en la preparación de resúmenes estadísticos. Los tipos de átomos se toman de
columnas 77:78 de los registros PDB ATOM.
-con [archivocomtab]
Tabular la distribución de la anisotropía en las conchas por distancia desde el centro de masa. Salida a
comtabfile si se especifica, de lo contrario a stdout.
NOTAS
Hay poca, si es que hay alguna, coherencia en el formato entre los diversos programas que escriben
parámetros de desplazamiento anisotrópico. Este programa interpreta los valores de Uij en el orden
especificado para registros ANISOU en formato PDB. Es decir, las columnas 29-70 del registro PDB son
interpretados como números enteros que representan 10000 * Uij, en el orden U11 U22 U33 U12 U13 U23.
Tenga en cuenta en particular que el orden de los términos cruzados no es el mismo que el utilizado por ORTEP
o shelx, ninguno de los cuales usa el formato PDB de todos modos. Sin embargo, el programa shelxpro
producir registros PDB correctamente formateados a partir de un archivo de coordenadas Shelx.
FUENTE
web URL:
http://www.bmsc.washington.edu/raster3d/raster3d.html póngase en contacto con:
Ethan A. Merritt
Universidad de Washington, Seattle WA 98195
[email protected]
Use rastep en línea usando los servicios de onworks.net
