Este es el comando seqstat que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
seqstat: muestra las estadísticas y el formato de un archivo de secuencia
SINOPSIS
seqstat [opciones] archivoseq
DESCRIPCIÓN
seqstat lee un archivo de secuencia archivoseq y muestra una serie de estadísticas sencillas al respecto.
Las estadísticas impresas incluyen el nombre del formato, el tipo de residuo del primero
secuencia (proteína, ARN o ADN), el número de secuencias, el número total de residuos,
y el promedio y rango de las longitudes de secuencia.
OPCIONES
-a Mostrar información detallada adicional: una tabla con una línea por secuencia que muestra
nombre, longitud y línea descriptiva. Estas líneas tienen el prefijo * para
habilitar fácilmente grep 'sacarlos y clasificarlos.
-h Imprimir ayuda breve; incluye el número de versión y un resumen de todas las opciones, incluyendo
opciones de expertos.
-B (Babelfish). Detectar automáticamente y leer un formato de archivo de secuencia que no sea el predeterminado
(FASTA). Se reconoce casi cualquier formato de archivo de secuencia común (incluido Genbank,
Formatos de secuencia no alineados EMBL, SWISS-PROT, PIR y GCG, y Estocolmo, GCG MSF,
y formatos de alineación Clustal). Consulte la documentación impresa para obtener una lista completa
de formatos compatibles.
EXPERT OPCIONES
--informato
Especifique que el archivo de secuencia está en formato , en lugar del FASTA predeterminado
formato. Los ejemplos comunes incluyen Genbank, EMBL, GCG, PIR, Stockholm, Clustal, MSF,
o PHYLIP; consulte la documentación impresa para obtener una lista completa de los formatos aceptados
nombres. Esta opción anula el formato esperado predeterminado (FASTA) y el -B
Opción de autodetección Babelfish.
--tranquilo
Suprima el encabezado detallado (nombre del programa, número y fecha de lanzamiento, los parámetros
y opciones vigentes).
Utilice seqstat en línea utilizando los servicios de onworks.net
