Este es el comando squizz que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
estrujar - Comprobador de formato de secuencia
SINOPSIS
estrujar [-AShlns] [-c formato] [-f formato] presentar
OPCIONES
Se permiten las siguientes opciones de línea de comando:
-A Restringir la detección / verificación a los formatos de alineación (conflicto con -S opción).
-S Restringir la detección / verificación a formatos de secuencia (conflicto con -A opción).
-c formato
Convierta la secuencia / alineación detectada en formato. Esta opción implica una alineación estricta
cheques.
-f formato
Suponga que el formato de entrada es formato. No intente detectar el formato, solo verifique que el
dado uno es correcto.
-h Visualización de uso.
-l Muestra todos los formatos admitidos.
-n Contar y reportar las entradas detectadas. Esta opción solo está disponible cuando la detección es
restringido a un solo tipo (con -A or -S opciones) y controles estrictos (sin -s
opción) están habilitadas.
-s Deshabilita las comprobaciones de formato estrictas (habilitadas de forma predeterminada).
DESCRIPCIÓN
estrujar es un verificador de archivos de formato de secuencia, pero también tiene algunas capacidades de conversión.
estrujar puede detectar los formatos de secuencia y alineación más comunes:
* CODATA, EMBL, RÁPIDO, GCC, GDE, BANCO GEN, IG, NBRF (pir), RAW y SWISSPROT.
* CLUSTAL, RÁPIDO, MSF, NEXUS, FELIPE (intercalado y secuencial) y STOCKHOLM.
estrujar también puede hacer algunas conversiones, si el formato del formato de entrada es compatible. Solo 3
los tipos están disponibles: secuencia a secuencia, alineación a alineación y alineación a
secuencia (la última, secuencia a alineación, requiere múltiples algoritmos de alineación y
no se puede manejar con herramientas de formato).
Las comprobaciones de formato estrictas validan los objetos detectados previamente, haciendo algo de cordura
cheques:
- Deben existir cadenas de secuencia.
- la alineación está compuesta por más de una secuencia.
- las cadenas de secuencia de alineación deben tener la misma longitud.
- los nombres de las secuencias de alineación deben existir y ser únicos.
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