Este es el comando ugene que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
UGENE - suite de bioinformática integrada
SINOPSIS
ugene -ui
ugene [OPCIONES]
DESCRIPCIÓN
UGENE es un entorno multiplataforma para el análisis de secuencias de proteínas y ADN. UGENE
integra los algoritmos computacionales bioinformáticos más populares y proporciona GUI
e interfaz de línea de comandos para realizar análisis complejos de los datos genómicos.
Las principales características de UGENE:
* Visualización y análisis de secuencias de proteínas o ADN anotadas
* Visualización y edición de cromatogramas
* Visor 3D integrado para archivos en formatos PDB y MMDB
* Soporte integrado de solicitudes de búsqueda a bases de datos NCBI
* Alineación de secuencia múltiple usando MUSCLE3, MUSCLE4 y KAlign
* Creación y búsqueda de perfiles HMM, basados en la fuente de HMMER2 y HMMER3
* Algoritmos modernos de predicción de estructura secundaria de proteínas basados en GORIV y PsiPred
* Análisis filogenético con Phylip
* Diseño de PCR Primers usando el paquete Primer3
* Clonación in silico
* Busque sitios de unión de factores de transcripción en secuencias de ADN usando SITECON
* Búsqueda de enzimas de restricción e integración con REBASE
* Búsqueda de repeticiones directas e inversas
* Ensamblaje de referencia de ADN usando Bowtie
* Retraducción de proteínas
* Búsqueda de ORF
* Diseñador para consultas y flujos de trabajo computacionales complejos
UGENE tiene estructura modular y casi toda su funcionalidad viene dentro de complementos.
Internamente UGENE está diseñado con el apoyo del paralelismo para sacar provecho del uso
Computadoras multinúcleo. Cada tarea computacional en UGENE se realiza en segundo plano y no
no bloquea la interacción del usuario con la interfaz gráfica.
OPCIONES
-ui ejecutar la versión GUI de UGENE
--ayuda imprima un mensaje de uso que resuma brevemente todas las opciones de la línea de comandos y el programa
versión, luego salga.
--licencia
volcar información de licencia
--tarea = or nombre-esquema> [opciones de esquema]
ejecutar el esquema de flujo de trabajo dado
--barra-de-estado-ocultar
no muestra la barra de estado de la tarea
--ini-file =
cargar archivo de configuración UGENE personalizado
--log-no-show-nivel
no muestra el nivel de mensaje en el registro
--log-no-show-fecha
no mostrar información de fecha y hora en el registro
--log-no-show-categoría
no muestra la categoría de mensaje en el registro
--rastreo de nivel de registro
mostrar mensajes de registro de seguimiento
--nivel-de-registro-ninguno
no mostrar mensajes de registro
--información-nivel-de-registro
mostrar mensajes de error e información de registro (predeterminado)
--error-nivel-de-registro
mostrar solo mensajes de registro de errores
--log-nivel-detalles
mostrar mensajes de registro de detalles
--log-color-salida
mensajes de salida de colores
--task-remote-machine =
ejecutar las tareas proporcionadas en una máquina remota determinada
--ugene-mantenerse vivo
no detenga ugene después de terminar las tareas dadas
--transl =
cargar traducciones de un idioma especificado. El idioma se especifica como ISO de dos letras
639 código de idioma
COMANDOS
UGENE tiene comandos para las funciones más importantes. Los comandos se pueden ejecutar como
ugene [argumentos-comando]
ugene --tarea = [argumentos-comando]
Consulte la ayuda para cada comando en ejecución. ugene --help = .
La lista de comandos disponibles se puede volcar usando ugene --ayuda.
Utilice ugene en línea utilizando los servicios de onworks.net
