Este es el comando vcf-fix-ploidy que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
vcf-arreglar-ploidía - vcf-arreglar-ploidía
SINOPSIS
gato Broken.vcf | vcf-arreglar-ploidía [OPCIONES] > Fixed.vcf
OPCIONES
-a, - sexo asumido
M o F, obligatorio si la lista no está completa en -s
-l, --fija-probabilidades
Agregue o elimine het verosimilitudes (no es el comportamiento predeterminado)
-p, --ploidía
Definición de ploidía. El valor predeterminado se muestra a continuación.
-s, --muestras
Lista de sexos de muestra (sample_name [MF]).
-h, - ?, --ayuda
Este mensaje de ayuda.
"Predeterminado" ploidía definición:
ploidía => {
X => [
# Las regiones pseudoautosomales 60,001-2,699,520 y 154,931,044-155,270,560 con el
ploidía 2 {de => 1, a => 60_000, M => 1}, {de => 2_699_521, a => 154_931_043, M => 1},
], Y => [
# Sin chrY en mujeres y una copia en hombres {from => 1, to => 59_373_566, M => 1, F => 0},
], MT => [
# MT haploide en hombres y mujeres {de => 1, a => 16_569, M => 1, F => 1},
],
}
Use vcf-fix-ploidy en línea usando los servicios de onworks.net
