Este es el comando vcf-query que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
vcf-query - consulta archivos VCF
SINOPSIS
consulta-vcf [OPCIONES] archivo.vcf.gz
OPCIONES
-c, --columnas
Lista de nombres de columna separados por comas.
-f, --formato
El valor predeterminado es '% CHROM:% POS \ t% REF [\ t% SAMPLE =% GT] \ n'
-l, --lista-columnas
Lista de columnas.
-r, --región chr: de-a
Recupera la región. (Ejecuta tabix.)
-h, - ?, --ayuda
Este mensaje de ayuda.
EJEMPLOS
query-vcf file.vcf.gz 1: 1000-2000 -c NA001, NA002, NA003 query-vcf file.vcf.gz -r
1:1000-2000 -f '% CHROM:% POS \ t% REF [\ t% SAMPLE:% * =,] \ n' query-vcf file.vcf.gz -f
'[% GT \ t]% LINE \ n' query-vcf file.vcf.gz -f '% CROMO \ t% POS \ t% INFO / DP \ t% FILTRO \ n'
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