wiggle2gff3p: en línea en la nube

PROGRAMA:

NOMBRE

wiggle2gff3.pl: convierte archivos de formato UCSC WIG en archivos gff3

SINOPSIS

wiggle2gff3.pl [opciones] WIG_FILE> load_data.gff3

Convierte archivos de formato UCSC WIG en archivos gff3 adecuados para cargar en GBrowse
bases de datos. Se utiliza para datos cuantitativos de alta densidad como CNV, SNP y expresión.
matrices

DESCRIPCIÓN

Use este convertidor cuando tenga datos cuantitativos densos para mostrar usando el xyplot,
densidad o glifos de mapas de calor, y demasiados elementos de datos (miles) para cargar en GBrowse. Eso
crea uno o más archivos binarios de espacio eficiente que contienen los datos cuantitativos, como
así como un pequeño archivo GFF3 que se puede cargar en Chado u otras bases de datos de GBrowse.

El uso típico es el siguiente:

% wiggle2gff3.pl --method = microarray_oligo my_data.wig> my_data.gff3


Se aceptan las siguientes opciones:

--method = Establezca el método para las líneas GFF3 que representan
cada punto de datos cuantitativos en la pista.
El valor predeterminado es "microarray_oligo".

--source = Establezca el campo de origen para el archivo GFF3. El valor predeterminado es
ninguna.

--gff3 Crea un archivo con formato GFF3 (el predeterminado)

--featurefile Crea un archivo de formato "featurefile" - este es el
formato simplificado utilizado para cargas de GBrowse. Esta
La opción es incompatible con la opción --gff3.

--sample Si es verdadero, entonces se muestrearán archivos muy grandes (> 5 MB)
obtener la desviación mínima, máxima y estándar; de lo contrario
se escaneará todo el archivo para obtener estas estadísticas.
Esto procesará los archivos más rápido, pero puede perder valores atípicos.
valores.

--ruta = Especifique el directorio en el que colocar el movimiento binario
archivos. El predeterminado es el directorio temporal actual
(/ Tmp o lo que sea apropiado para su sistema operativo).

--base = Igual que "--ruta".

--trackname especifica la base del nombre de la pista para la creación del archivo wig

--help Esta documentación.

Este script aceptará una variedad de estilos de opciones, incluidas las opciones abreviadas.
("--meth = foo"), opciones de un solo carácter ("-m foo") y otras variantes comunes.

Binario menearse archivos
Los archivos binarios "wiggle" creados por esta utilidad se pueden leer usando el
Bio :: Graphics :: Módulo Wiggle. Los datos cuantitativos se escalan al rango de 1-255
(perdiendo mucha precisión, pero aún más que suficiente para la visualización de datos), y almacenados
en un formato empaquetado en el que cada archivo corresponde a la longitud de un solo cromosoma o
contig.

Una vez creados, los archivos binarios no se deben mover ni cambiar de nombre, a menos que tenga cuidado de
realizar los cambios correspondientes a los nombres de ruta dados por el atributo "wigfile" en el GFF3
líneas características del archivo. También debe tener cuidado al usar el comando cp para copiar el
archivos binarios; están formateados con "agujeros" de tal manera que los datos faltantes no
ocupar espacio en el disco. Si los cp, los agujeros se llenarán con ceros y el
se perderá el ahorro de espacio. Es mejor usar el comando "tar" con su opción --sparse para
mover los archivos de un lugar a otro.

Ejemplo PELUCA Archive
Este ejemplo es dehttp://genome.ucsc.edu/goldenPath/help/wiggle.html>:

# nombre de archivo: ejemplo.wig
#
# 300 gráfico de barras ancho de base, autoScale está activado por defecto == graficando
# los límites cambiarán dinámicamente para mostrar siempre el rango completo de datos
# en la ventana de visualización, prioridad = 20 posiciona esto como el segundo gráfico
# Nota, sistema de coordenadas semiabierto relativo a cero en uso para el formato de cama
track type = wiggle_0 name = "Formato de cama" description = "Formato de cama" \
visibilidad = a todo color = 200,100,0 altColor = 0,100,200 prioridad = 20
chr19 59302000 59302300 -1.0
chr19 59302300 59302600 -0.75
chr19 59302600 59302900 -0.50
chr19 59302900 59303200 -0.25
chr19 59303200 59303500 0.0
chr19 59303500 59303800 0.25
chr19 59303800 59304100 0.50
chr19 59304100 59304400 0.75
chr19 59304400 59304700 1.00
# 150 gráfico de barras de ancho de base en posiciones espaciadas arbitrariamente,
# línea de umbral dibujada en y = 11.76
# rango de visualización de autoScale off establecido en [0:25]
# prioridad = 10 posiciona esto como el primer gráfico
# Nota, sistema de coordenadas de un relativo en uso para este formato
track type = wiggle_0 name = "variableStep" description = "formato de variableStep" \
visibilidad = escala automática completa = fuera de vista Límites = 0.0: 25.0 color = 255,200,0 \
yLineMark = 11.76 yLineOnOff = en prioridad = 10
variableStep chrom = chr19 span = 150
59304701 10.0
59304901 12.5
59305401 15.0
59305601 17.5
59305901 20.0
59306081 17.5
59306301 15.0
59306691 12.5
59307871 10.0
# Gráfico de 200 puntos de ancho de base en cada 300 bases, gráfico de 50 píxeles de alto
# autoScale desactivado y rango de visualización establecido en [0: 1000]
# prioridad = 30 posiciona esto como el tercer gráfico
# Nota, sistema de coordenadas de un relativo en uso para este formato
tipo de pista = wiggle_0 nombre = "FixedStep" description = "Fixed Step" visibilidad = completa \
autoScale = off viewLimits = 0: 1000 color = 0,200,100 maxHeightPixels = 100: 50: 20 \
graphType = prioridad de puntos = 30
FixedStep chrom = chr19 start = 59307401 step = 300 span = 200
1000
900
800
700
600
500
400
300
200
100

Puede convertir esto en un archivo GFF3 cargable con el siguiente comando:

wiggle2gff3.pl --meth = example --so = example --path = / var / gbrowse / db example.wig \
> ejemplo.gff3

La salida se verá así:

## gff-versión 3

ejemplo de chr19 ejemplo 59302001 59304700. . . Nombre = Formato de cama; wigfile = / var / gbrowse / db / track001.chr19.1199828298.wig
ejemplo de chr19 ejemplo 59304701 59308020. . . Nombre = variableStep; wigfile = / var / gbrowse / db / track002.chr19.1199828298.wig
ejemplo de chr19 ejemplo 59307401 59310400. . . Nombre = FixedStep; wigfile = / var / gbrowse / db / track003.chr19.1199828298.wig

Use wiggle2gff3p en línea usando los servicios de onworks.net