Esta es la aplicación de Linux llamada BarraCUDA Fast Short Read Aligner para ejecutar en Linux en línea, cuya última versión se puede descargar como barracuda_0.7.107h.tar.gz. Se puede ejecutar en línea en el proveedor de alojamiento gratuito OnWorks para estaciones de trabajo.
Descargue y ejecute en línea esta aplicación llamada BarraCUDA Fast Short Read Aligner para ejecutar en Linux en línea con OnWorks de forma gratuita.
Siga estas instrucciones para ejecutar esta aplicación:
- 1. Descargue esta aplicación en su PC.
- 2. Ingrese en nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 3. Cargue esta aplicación en dicho administrador de archivos.
- 4. Inicie el emulador en línea OnWorks Linux o Windows en línea o el emulador en línea MACOS desde este sitio web.
- 5. Desde el SO OnWorks Linux que acaba de iniciar, vaya a nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 6. Descarga la aplicación, instálala y ejecútala.
SCREENSHOTS
Ad
BarraCUDA Fast Short Read Aligner para ejecutar en Linux en línea
DESCRIPCIÓN
Barracuda es un alineador de secuencia de alta velocidad basado en BWA de Sanger y utiliza la última arquitectura Nvidia CUDA para acelerar las alineaciones de las lecturas de secuencia generadas por secuenciadores de próxima generación.Caracteristicas
- Problemas resueltos con la compilación del software en Ubuntu 16.04
- Tweak: el límite de 8 núcleos de SAMPE ahora se ha levantado
- Software de asignación de lectura de secuenciación de índice FM que utiliza la aceleración NVIDIA CUDA
- Salidas en formato SAM para análisis posteriores
- Requiere una tarjeta gráfica NVIDIA con capacidad de cómputo 3.5 o superior y al menos 1GB de VRAM
- Requiere el kit de herramientas NVIDIA CUDA SDK 6.xo superior y el controlador NVIDIA 340 o superior
- BarraCUDA se publica en BMC Research Notes 2012, 5:27, doi: 10.1186 / 1756-0500-5-27
- URL del papel: http://www.biomedcentral.com/1756-0500/5/27
- Este proyecto cuenta con el apoyo del centro de excelencia CUDA de la Universidad de Cambridge.
Audiencia
Ciencia / Investigación
Interfaz de usuario
Línea de comando
Lenguaje de programación
C ++, C
Esta es una aplicación que también se puede obtener de https://sourceforge.net/projects/seqbarracuda/. Se ha alojado en OnWorks para poder ejecutarlo online de la forma más sencilla desde uno de nuestros Sistemas Operativos gratuitos.
